PDB-3skg: Crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (BACE-WT) co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3skg

タイトル

Crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (BACE-WT) complex with (2S)-2-((3R)-3-acetamido-3-isobutyl-2-oxo-1-pyrrolidinyl)-N-((1S,2R)-1-(3,5-difluorobenzyl)-2-hydroxy-2-(1,2,3,4-tetrahydro-3-isoquinolinyl)ethyl)-4-phenylbutanamide

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Alzheimer's disease / BACE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.88 Å

データ登録者

Muckelbauer, J.K.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Synthesis and in vivo evaluation of cyclic diaminopropane BACE-1 inhibitors.
著者: Thompson, L.A. / Shi, J. / Decicco, C.P. / Tebben, A.J. / Olson, R.E. / Boy, K.M. / Guernon, J.M. / Good, A.C. / Liauw, A. / Zheng, C. / Copeland, R.A. / Combs, A.P. / Trainor, G.L. / Camac, ...

履歴

登録	2011年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月19日	Group: Database references
改定 1.2	2011年11月2日	Group: Database references
改定 1.3	2012年12月5日	Group: Database references
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3skg.cif.gz	315.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3skg.ent.gz	255.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3skg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/3skg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/3skg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3skfC 3r2f C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qp8-2 2qmf-1 2qp8-1 3kmx-3 3cid-1 2vkm-2 4gid-1 3lpi-3 5qd1-1 6dhc-3 2qk5-2 3lpk-2 3l5d-2 2vkm-1 2p4j-4 5qd6-2 3lpk-3 1xn2-1 6bfx-2 4zsm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

D: Beta-secretase 1

E: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

204 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.9 kDa, 1 ポリマー
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3

D: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.9 kDa, 1 ポリマー
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4

E: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.240, 130.451, 86.872
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.65, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta- ...Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 50220.492 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 14-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-PB8 / (2S)-2-[(3R)-3-(acetylamino)-3-(2-methylpropyl)-2-oxopyrrolidin-1-yl]-N-{(1R,2S)-3-(3,5-difluorophenyl)-1-hydroxy-1-[(3R)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-3-yl]propan-2-yl}-4-phenylbutanamide 分子量: 660.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₄₆F₂N₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.541

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月10日 / 詳細: MICROMAX CONFOCAL

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.541 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.9 % / Av σ(I) over netI: 11.32 / 数: 251674 / R_merge(I) obs: 0.172 / Χ²: 1.09 / D res high: 2.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 42876 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.24	50	99.2	1	0.093	1.515	5.7
4.96	6.24	100	1	0.116	1.067	6
4.33	4.96	100	1	0.116	1.584	6
3.94	4.33	100	1	0.133	1.227	6
3.65	3.94	100	1	0.151	1.246	5.9
3.44	3.65	100	1	0.186	0.923	5.9
3.27	3.44	100	1	0.253	0.853	5.9
3.12	3.27	100	1	0.348	0.954	5.8
3	3.12	100	1	0.431	0.761	5.8
2.9	3	100	1	0.532	0.722	5.8

反射

解像度: 2.878→30.628 Å / Num. obs: 42876 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 4.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.9-3	5.8	0.532	1	100
3-3.12	5.8	0.431	1	100
3.12-3.27	5.8	0.348	1	100
3.27-3.44	5.9	0.253	1	100
3.44-3.65	5.9	0.186	1	100
3.65-3.94	5.9	0.151	1	100
3.94-4.33	6	0.133	1	100
4.33-4.96	6	0.116	1	100
4.96-6.24	6	0.116	1	100
6.24-50	5.7	0.093	1	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CrystalClear		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.88→30.628 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.868 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.757 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 23.461 / SU ML: 0.462 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.566 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.34813	2159	5 %	RANDOM
R_work	0.25467	-	-	-
obs	0.25943	40650	98.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.42 Å²	0 Å²	0.24 Å²
2-	-	-3.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.88→30.628 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12136	0	192	106	12434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.022	12667
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.504	1.964	17246
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.835	5	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.118	23.916	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.663	15	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.529	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.151	0.2	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	9744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.274	0.2	6494
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.333	0.2	8319
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.226	0.2	568
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.304	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.182	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.454	2	8020
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.269	2.5	12396
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.484	3	5534
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.641	4.5	4850
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.878→2.953 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.495	142	-
R_work	0.294	2615	-
obs	-	-	86.24 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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