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- PDB-3sk2: Crystal structure of phenazine resistance protein EhpR from Enter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sk2
タイトルCrystal structure of phenazine resistance protein EhpR from Enterobacter agglomerans (Erwinia herbicola, Pantoea agglomerans) Eh1087 in complex with griseoluteic acid
要素EhpR
キーワードGRISEOLUTEATE-BINDING PROTEIN / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


organic acid binding / response to antibiotic / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Glyoxalase/dioxygenase/EhpR / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-formyl-9-methoxyphenazine-1-carboxylic acid / Phenazine antibiotic resistance protein EhpR
類似検索 - 構成要素
生物種Pantoea agglomerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.01 Å
データ登録者Blankenfeldt, W. / Yu, S.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Atomic resolution structure of EhpR: phenazine resistance in Enterobacter agglomerans Eh1087 follows principles of bleomycin / mitomycin C resistance in other bacteria.
著者: Yu, S. / Vit, A. / Devenish, S. / Mahanty, H.K. / Itzen, A. / Goody, R.S. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2011年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EhpR
B: EhpR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1263
ポリマ－29,8442
非ポリマー2821
水8,773487
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area13530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.500, 79.770, 82.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 EhpR


分子量: 14921.942 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pantoea agglomerans (バクテリア)
株: Eh1087 / 遺伝子: ehpR / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLys(S) / 参照: UniProt: Q8GPH6
#2: 化合物 ChemComp-GRI / 6-formyl-9-methoxyphenazine-1-carboxylic acid


分子量: 282.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10N2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.13 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Na-citrate, 0.2 M ammonium acetate, 27-30% (w/v) PEG 4000, pre-incubation with 2.5 mM griseoluteic acid on ice for 1 hour, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.01→20 Å / Num. all: 125504 / Num. obs: 125504 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.01→1.11 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 29661 / Rsym value: 0.359 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: dimer of the apo structure

解像度: 1.01→19.389 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 2 / 位相誤差: 11.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1459 6275 5 %
Rwork0.1257 --
obs0.1267 125498 98.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.17 Å / VDWプローブ半径: 0.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.803 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9007 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.1023 Å2-0 Å2
3----0.7984 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.01→19.389 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2110 0 21 487 2618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0222498
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0853478
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.311995
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.131385
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014456
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.01-1.02150.24341830.23743480X-RAY DIFFRACTION88
1.0215-1.03350.24391910.21983629X-RAY DIFFRACTION91
1.0335-1.04610.22271950.19643721X-RAY DIFFRACTION94
1.0461-1.05930.22282010.18363872X-RAY DIFFRACTION97
1.0593-1.07330.18552100.18773949X-RAY DIFFRACTION98
1.0733-1.0880.21372050.18153947X-RAY DIFFRACTION99
1.088-1.10350.17752120.14614010X-RAY DIFFRACTION100
1.1035-1.120.16172080.15123959X-RAY DIFFRACTION100
1.12-1.13750.1592120.14274025X-RAY DIFFRACTION100
1.1375-1.15610.13852110.11643947X-RAY DIFFRACTION100
1.1561-1.17610.13252120.11064033X-RAY DIFFRACTION100
1.1761-1.19750.13852100.11613956X-RAY DIFFRACTION100
1.1975-1.22050.12942100.10254045X-RAY DIFFRACTION100
1.2205-1.24540.13892100.11293971X-RAY DIFFRACTION100
1.2454-1.27250.10942120.09074016X-RAY DIFFRACTION100
1.2725-1.30210.1352120.1084027X-RAY DIFFRACTION100
1.3021-1.33460.11542090.09853995X-RAY DIFFRACTION100
1.3346-1.37070.14172140.10064012X-RAY DIFFRACTION100
1.3707-1.4110.12632090.09364015X-RAY DIFFRACTION100
1.411-1.45650.12262140.0934042X-RAY DIFFRACTION100
1.4565-1.50860.10882110.0924025X-RAY DIFFRACTION100
1.5086-1.5690.12732110.09044014X-RAY DIFFRACTION100
1.569-1.64030.13342110.0994025X-RAY DIFFRACTION100
1.6403-1.72680.12252150.10214071X-RAY DIFFRACTION100
1.7268-1.83490.12192140.10464050X-RAY DIFFRACTION100
1.8349-1.97640.15152120.11734038X-RAY DIFFRACTION99
1.9764-2.17510.11442150.11474089X-RAY DIFFRACTION100
2.1751-2.48920.14612120.12594043X-RAY DIFFRACTION98
2.4892-3.1340.16792130.154044X-RAY DIFFRACTION97
3.134-19.39230.15972210.1444173X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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