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万見
- PDB-3sj9: crystal structure of the C147A mutant 3C of CVA16 in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sj9
タイトルcrystal structure of the C147A mutant 3C of CVA16 in complex with FAGLRQAVTQ peptide
要素
  • 3C protease
  • FAGLRQAVTQ peptide
キーワードHYDROLASE / binding to its substrate-peptide / chymotrypsin-like fold / protease
機能・相同性
機能・相同性情報


T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain ...Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.399 Å
データ登録者Lu, G. / Qi, J. / Chen, Z. / Xu, X. / Gao, F. / Lin, D. / Qian, W. / Liu, H. / Jiang, H. / Yan, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Enterovirus 71 and Coxsackievirus A16 3C Proteases: Binding to Rupintrivir and Their Substrates and Anti-Hand, Foot, and Mouth Disease Virus Drug Design.
著者: Lu, G. / Qi, J. / Chen, Z. / Xu, X. / Gao, F. / Lin, D. / Qian, W. / Liu, H. / Jiang, H. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2011年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C protease
B: FAGLRQAVTQ peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1492
ポリマ－22,1492
非ポリマー00
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area8910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.519, 62.519, 110.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 3C protease


分子量: 21058.121 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-183 / 変異: C147A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
株: Beijing0907 / 遺伝子: 3C / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C8CIL7, picornain 3C
#2: タンパク質・ペプチド FAGLRQAVTQ peptide


分子量: 1091.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.2 M lithium sulfate, 25% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月28日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.399→50 Å / Num. all: 9118 / Num. obs: 9106 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rsym value: 0.157 / Net I/σ(I): 20.158
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.576 / Mean I/σ(I) obs: 5.067 / Num. unique all: 885 / Rsym value: 0.576 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SJ8

3sj8


解像度: 2.399→27.523 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.26 / 位相誤差: 20.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2413 424 4.87 %RANDOM
Rwork0.1949 ---
obs0.1971 8714 96.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.605 Å2 / ksol: 0.393 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6841 Å2-0 Å20 Å2
2---1.6841 Å2-0 Å2
3---3.3683 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.399→27.523 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1447 0 0 111 1558
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7581991
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.178538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003258
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.399-2.74580.29831440.23592621262194
2.7458-3.45840.2311370.19912725272596
3.4584-27.5250.22441430.17442944294498
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.346 Å / Origin y: -14.8711 Å / Origin z: -18.8853 Å
111213212223313233
T0.1015 Å2-0.012 Å2-0.0051 Å2-0.0744 Å20.0012 Å2--0.0845 Å2
L0.5841 °2-0.0719 °20.1725 °2-0.8519 °20.2928 °2--0.3638 °2
S-0.0396 Å °0.0409 Å °0.0302 Å °-0.0365 Å °0.0526 Å °-0.0265 Å °-0.0154 Å °0.0019 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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