PDB-3siz: Crystal structure of the mutant S127A of orotidine 5'-monophospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3siz

タイトル

Crystal structure of the mutant S127A of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor BMP

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

lyase/lyase inhibitor / tim barrel / lyase-lyase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.321 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Desai, B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the mutant S127A of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor BMP
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Desai, B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

履歴

登録	2011年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3siz.cif.gz	108.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3siz.ent.gz	82.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3siz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/3siz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/3siz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ltpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3g1f-4 3lld-d 3g1h-2 3p5z-d 3g1h-4 3ltp-d 3nqf-d 3g18-d 5hyz-d 3wjy-1 3pc0-d 4fxr-d 3g1f-5 3rlv-d 3g22-d 3g1h-7 1so3-d 3v1p-d 3g1y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.895, 64.164, 61.572
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.60, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24868.697 Da / 分子数: 2 / 変異: S127A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 株: Delta H / 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE / 6-ヒドロキシウリジン5′-りん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₁₀P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG 4000, 0.1M Sodium citrate, 0.2M ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月16日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.321→32.356 Å / Num. all: 98290 / Num. obs: 98290 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3LTP

3ltp

解像度: 1.321→32.356 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.193	4908	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1717	-	-	-
all	0.1728	98290	-	-
obs	0.1728	98290	99.8 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.05 Å² / k_sol: 0.369 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.8047 Å²	-0 Å²	-1.6212 Å²
2-	-	2.1907 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.3861 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.321→32.356 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3313	0	56	424	3793

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3544
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.054	4804
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.185	1391
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	541
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	636

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.321-1.3358	0.3093	160	0.3183	3042	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3358-1.3515	0.3124	167	0.2937	3064	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3515-1.368	0.2848	158	0.2829	3128	X-RAY DIFFRACTION	100
1.368-1.3853	0.289	166	0.2695	3059	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3853-1.4036	0.3059	167	0.2555	3118	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4036-1.4228	0.2513	155	0.2361	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4228-1.4431	0.245	158	0.2176	3130	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4431-1.4647	0.2351	154	0.2092	3142	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4647-1.4875	0.2385	151	0.196	3067	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4875-1.5119	0.2181	158	0.1894	3139	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5119-1.538	0.2366	168	0.1833	3113	X-RAY DIFFRACTION	100
1.538-1.566	0.188	177	0.1766	3083	X-RAY DIFFRACTION	100
1.566-1.5961	0.1811	160	0.1716	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5961-1.6287	0.2041	154	0.1648	3121	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6287-1.6641	0.1862	167	0.1628	3118	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6641-1.7028	0.1943	152	0.1557	3079	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7028-1.7454	0.1723	180	0.1621	3120	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7454-1.7926	0.1885	183	0.166	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7926-1.8453	0.1918	181	0.1618	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8453-1.9048	0.1918	154	0.1629	3143	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9048-1.9729	0.1857	151	0.161	3124	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9729-2.0519	0.1975	166	0.1637	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0519-2.1453	0.2034	172	0.1692	3129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1453-2.2583	0.163	145	0.1585	3125	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2583-2.3998	0.1872	182	0.1594	3142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3998-2.585	0.1809	179	0.1625	3104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.585-2.845	0.21	155	0.1713	3144	X-RAY DIFFRACTION	100
2.845-3.2564	0.1956	150	0.1672	3157	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2564-4.1014	0.1605	181	0.1496	3133	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1014-32.3657	0.1657	157	0.1599	3177	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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