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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3siy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a DUF1989 family protein (TM1040_0329) from SILICIBACTER SP. TM1040 at 1.35 A resolution | ||||||
要素 | DUF1989 family protein | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | Domain of unknown function DUF1989 / Domain of unknown function (DUF1989) / metal ion binding / DUF1989 domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ruegeria sp. TM1040 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of a DUF1989 family protein (TM1040_0329) from SILICIBACTER SP. TM1040 at 1.35 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3siy.cif.gz | 401.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3siy.ent.gz | 333.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3siy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3siy_validation.pdf.gz | 450.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3siy_full_validation.pdf.gz | 455.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3siy_validation.xml.gz | 45.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3siy_validation.cif.gz | 68.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/3siy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/3siy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY AND CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26301.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ruegeria sp. TM1040 (バクテリア) 遺伝子: TM1040_0329 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q1GJV4 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.83 % 解説: INITIAL DATA PROCESSING FOR PHASING WAS DONE WITH XDS AND XSCALE. DUE TO THE PRESENCE OF STRONG ICE RINGS, THE REMOTE WAVELENGTH DATA WERE REPROCESSED FOR REFINEMENT TO EXCLUDE SPOTS ...解説: INITIAL DATA PROCESSING FOR PHASING WAS DONE WITH XDS AND XSCALE. DUE TO THE PRESENCE OF STRONG ICE RINGS, THE REMOTE WAVELENGTH DATA WERE REPROCESSED FOR REFINEMENT TO EXCLUDE SPOTS OVERLAPPING THE ICE RINGS. RESOLUTION BINS 3.91-3.86, 3.70-3.64, 2.26-2.24, 2.08-2.02, 2.30-2.21, 1.96-1.88 AND 1.49-1.46 WERE EXCLUDED FROM INTEGRATION WITH MOSFLM. THE STATISTICS REPORTED IN THE REMARK 200 SECTION ARE FROM THE SCALING OF THE REFINEMENT DATASET WITH SCALA. |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 22.0% PEG 3350, 0.1M Magnesium Chloride, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97971,0.97941 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月12日 詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.35→58.798 Å / Num. all: 152479 / Num. obs: 152479 / % possible obs: 85.8 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 10.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 11.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.35→58.798 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU B: 1.796 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.059 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. X-RAY FLUORESCENCE EXCITATION AND WAVELENGTH SCANS AND ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS SUPPORT THE MODELING OF ZINC (ZN) IONS. 4. MAGNESIUM ION (MG) AND CHLORIDE IONS (CL) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION ARE MODELED. 5. THE DATASET USED FOR REFINEMENT WAS PROCESSED WITH ICE RINGS EXCLUDED FROM INTEGRATION.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 51.93 Å2 / Biso mean: 15.5987 Å2 / Biso min: 6.07 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→58.798 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
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