PDB-3sij: The X-ray crystal structure of poly(ADP-ribose) glycohydrolase E1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sij

タイトル

The X-ray crystal structure of poly(ADP-ribose) glycohydrolase E115A mutant from Thermomonospora curvata

要素

poly(ADP-ribose) glycohydrolase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

Conserved hypothetical protein CHP02452 / Microbial-type PARG, catalytic domain / Microbial-type PARG, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Microbial-type PARG catalytic domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Thermomonospora curvata (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Dunstan, M.S. / Leys, D.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: The structure and catalytic mechanism of a poly(ADP-ribose) glycohydrolase.
著者: Slade, D. / Dunstan, M.S. / Barkauskaite, E. / Weston, R. / Lafite, P. / Dixon, N. / Ahel, M. / Leys, D. / Ahel, I.

履歴

登録	2011年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月28日	Group: Database references
改定 1.2	2011年10月12日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sij.cif.gz	115.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sij.ent.gz	89 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sij.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/3sij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/3sij	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sigSC 3sihC 3siiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sii-d 3sig-d 4mwz-2 2q34-d 2ddr-2 2qh5-1 1ytw-d 1zjz-d 4qtr-2 3i48-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: poly(ADP-ribose) glycohydrolase

29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.100, 105.430, 44.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	poly(ADP-ribose) glycohydrolase / PARG 分子量: 29705.648 Da / 分子数: 1 / 変異: E115A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (バクテリア) 株: ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NCIMB 10081 / 遺伝子: Tcur_1721 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1AC29, poly(ADP-ribose) glycohydrolase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.43 %
結晶化	手法: シッティングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: 10% PEG6000, 0.1 M Bicine, pH 9.0, SITTING DROP, VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.976
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→45.251 Å / Num. all: 18831 / Num. obs: 18831 / % possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SIG

3sig

解像度: 1.9→45.251 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8645 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 20.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2264	975	5.18 %	RANDOM
R_work	0.1771	-	-	-
obs	0.1794	18831	98.4 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.237 Å² / k_sol: 0.367 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.96 Å² / B_iso mean: 33.3747 Å² / B_iso min: 10.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2951 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.3368 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.0417 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.251 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2024	0	0	123	2147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2073
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.015	2813
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	303
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	377
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.039	744

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-2.0002	0.2969	144	0.2221	2467	2611	97
2.0002-2.1255	0.2526	129	0.1896	2478	2607	98
2.1255-2.2896	0.2363	136	0.1815	2546	2682	99
2.2896-2.52	0.2693	139	0.1815	2499	2638	98
2.52-2.8846	0.2593	152	0.19	2531	2683	99
2.8846-3.6341	0.2183	143	0.1729	2601	2744	99
3.6341-45.2636	0.1868	132	0.164	2731	2863	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 4.8747 Å / Origin y: -13.863 Å / Origin z: -13.2311 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1449 Å²	-0.035 Å²	-0.0041 Å²	-	0.1446 Å²	0.0278 Å²	-	-	0.1174 Å²
L	0.6512 °²	-0.7923 °²	0.4595 °²	-	1.0635 °²	-0.1204 °²	-	-	1.1406 °²
S	0.0539 Å °	0.1312 Å °	-0.0053 Å °	-0.0384 Å °	-0.1115 Å °	0.032 Å °	-0.2542 Å °	0.2816 Å °	0.0284 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	3 - 276
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 402

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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