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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sic | ||||||
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タイトル | MOLECULAR RECOGNITION AT THE ACTIVE SITE OF SUBTILISIN BPN': CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES USING GENETICALLY ENGINEERED PROTEINACEOUS INHIBITOR SSI (STREPTOMYCES SUBTILISIN INHIBITOR) | ||||||
要素 |
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キーワード | COMPLEX(PROTEINASE/INHIBITOR) / COMPLEX(PROTEINASE-INHIBITOR) / COMPLEX(PROTEINASE-INHIBITOR) complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 subtilisin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / fibrinolysis / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Mitsui, Y. / Takeuchi, Y. / Nakamura, K.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1991 タイトル: Molecular recognition at the active site of subtilisin BPN': crystallographic studies using genetically engineered proteinaceous inhibitor SSI (Streptomyces subtilisin inhibitor). 著者: Takeuchi, Y. / Noguchi, S. / Satow, Y. / Kojima, S. / Kumagai, I. / Miura, K. / Nakamura, K.T. / Mitsui, Y. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Refined Crystal Structure of the Complex of Subtilisin Bpn' and Streptomyces Subtilisin Inhibitor at 1.8 Angstroms Resolution 著者: Takeuchi, Y. / Satow, Y. / Nakamura, K.T. / Mitsui, Y. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984 タイトル: Crystal Structure at 2.6 Angstroms Resolution of the Complex of Subtilisin Bpn' with Streptomyces Subtilisin Inhibitor 著者: Hirono, S. / Akagawa, H. / Mitsui, Y. / Iitaka, Y. #3: ジャーナル: Nature / 年: 1979 タイトル: Crystal Structures of Streptomyces Subtilisin Inhibitor and its Complex with Subtilisin Bpn' 著者: Mitsui, Y. / Satow, Y. / Watanabe, Y. / Hirono, S. / Iitaka, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3sic.cif.gz | 84.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3sic.ent.gz | 66.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3sic.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/3sic ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/3sic | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO E 168 / 2: CIS PROLINE - PRO I 37 | ||||||||
詳細 | SSI IS A DIMERIC MOLECULE (I=2=) CONSISTING OF TWO IDENTICAL SUBUNITS. IT BINDS TWO SUBTILISIN BPN' MOLECULES(2E) TO FORM A DIMERIC COMPLEX E=2=I=2=. HOWEVER, THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CORRESPONDS TO HALF THE COMPLEX MOLECULE (EI). IN THIS ENTRY, COORDINATES FOR ALL NON-HYDROGEN ATOMS ARE PROVIDED FOR ONE CHAIN OF SUBTILISIN USING CHAIN IDENTIFIER *E* COORDINATES FOR THE OTHER EI COMPLEX CAN BE GENERATED BY TRANSFORMING (X,Y,Z) TO (-X,-Y,Z). |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27552.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) 参照: UniProt: P00782, subtilisin | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 10938.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P01006 | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.01 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: unknown / 詳細: seeding | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 19948 / Num. measured all: 62627 / Rmerge(I) obs: 0.0857 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.178 / 最高解像度: 1.8 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 23197 / Rfactor obs: 0.178 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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