PDB-3si7: The crystal structure of the NBD1 domain of the mouse CFTR protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3si7

タイトル

The crystal structure of the NBD1 domain of the mouse CFTR protein, deltaF508 mutant

要素

Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator

キーワード

HYDROLASE / cystic fibrosis / ATP-binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

RHO GTPases regulate CFTR trafficking / RHOQ GTPase cycle / positive regulation of mast cell activation / transepithelial chloride transport / positive regulation of establishment of Sertoli cell barrier / Aggrephagy / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / Sec61 translocon complex binding / water transport / channel-conductance-controlling ATPase ...RHO GTPases regulate CFTR trafficking / RHOQ GTPase cycle / positive regulation of mast cell activation / transepithelial chloride transport / positive regulation of establishment of Sertoli cell barrier / Aggrephagy / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / Sec61 translocon complex binding / water transport / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / enamel mineralization / intracellular pH elevation / negative regulation of type B pancreatic cell development / amelogenesis / chloride channel inhibitor activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / ABC-family proteins mediated transport / Clathrin-mediated endocytosis / multicellular organismal-level water homeostasis / Ub-specific processing proteases / cholesterol transport / membrane hyperpolarization / vesicle docking involved in exocytosis / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / chloride transport / chloride transmembrane transporter activity / sperm capacitation / chloride channel activity / cholesterol biosynthetic process / positive regulation of exocytosis / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / chloride channel complex / microvillus / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / sodium ion transmembrane transport / ABC-type transporter activity / cellular response to cAMP / cellular response to forskolin / chloride transmembrane transport / response to endoplasmic reticulum stress / isomerase activity / establishment of localization in cell / PDZ domain binding / lung development / vasodilation / recycling endosome membrane / protein-folding chaperone binding / early endosome membrane / basolateral plasma membrane / early endosome / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cell surface / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Brautigam, C.A. / Caspa, E. / Thomas, P.J.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Requirements for efficient correction of DeltaF508 CFTR revealed by analyses of evolved sequences
著者: Mendoza, J.L. / Schmidt, A. / Li, Q. / Nuvaga, E. / Barrett, T. / Bridges, R.J. / Feranchak, A.P. / Brautigam, C.A. / Thomas, P.J.

履歴

登録	2011年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3si7.cif.gz	437.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3si7.ent.gz	360.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3si7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/3si7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/3si7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1r0y-4 1q3h-1 1r0x-4 1q3h-4 1r0w-3 1r10-1 1r0w-2 1xf9-4 1r0x-2 1r0w-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#123 - 2010年3月
P-糖タンパク質 (P-glycoprotein)
類似性 (10)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
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#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
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#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (2)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
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#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (2)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
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登録構造単位

A: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator

B: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator

C: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator

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ヘテロ分子

130 kDa, 4 ポリマー
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1

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単位格子

Length a, b, c (Å)	170.546, 170.546, 109.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

#1: タンパク質	Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / CFTR / ATP-binding cassette sub-family C member 7 / Channel conductance-controlling ATPase / cAMP- ...CFTR / ATP-binding cassette sub-family C member 7 / Channel conductance-controlling ATPase / cAMP-dependent chloride channel 分子量: 31951.152 Da / 分子数: 4 / 断片: Nucleotide-binding domain 1, UNP residues 389-673 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cftr, Abcc7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26361, EC: 3.6.3.49
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.47 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.5 M Sodium Acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97156 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月2日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97156 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 76676 / Num. obs: 76676 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.25→2.28 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.7_650	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.25→49.9 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2274	3847	5.02 %	random
R_work	0.1815	-	-	-
obs	0.1838	76625	99.94 %	-
all	-	76676	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.483 Å² / k_sol: 0.341 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3017 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.3017 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6034 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→49.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8318	0	160	291	8769

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8635
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.076	11640
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.137	3197
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1309
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1458

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.2789	0.2689	134	0.2424	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2789-2.3089	0.2286	132	0.2048	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3089-2.3405	0.256	153	0.2006	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3405-2.3739	0.2905	123	0.2216	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3739-2.4094	0.2863	139	0.2222	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4094-2.447	0.2997	145	0.2311	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.447-2.4871	0.294	160	0.2176	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4871-2.53	0.2899	139	0.2166	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.576	0.2913	140	0.2168	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.576-2.6255	0.3238	153	0.2176	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6255-2.6791	0.2726	150	0.2134	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6791-2.7374	0.265	140	0.2083	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7374-2.8011	0.219	147	0.1997	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8011-2.8711	0.2636	140	0.2019	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8711-2.9487	0.2384	143	0.2093	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9487-3.0355	0.238	136	0.2133	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0355-3.1334	0.2528	147	0.2007	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1334-3.2454	0.243	140	0.1887	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2454-3.3753	0.2134	136	0.1881	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3753-3.5289	0.2219	141	0.1757	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5289-3.7149	0.2093	130	0.1661	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7149-3.9476	0.1966	151	0.158	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9476-4.2522	0.1847	148	0.1411	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2522-4.6798	0.1664	126	0.1378	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6798-5.3563	0.2178	153	0.1483	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3563-6.7458	0.2252	136	0.1938	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7458-49.9	0.2211	165	0.186	2903	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6925	0.2753	-0.2468	0.6424	0.2148	0.2629	0.2113	-0.3886	0.0055	0.0332	-0.1176	-0.3783	-0.2056	0.1726	-0.0311	0.4302	-0.092	-0.1383	0.5387	0.0217	0.579	152.946	17.9124	32.8343
2	0.1783	0.0004	0.0189	0.3645	-0.0162	0.2988	-0.0596	0.1502	0.188	0.2246	-0.0891	0.1164	-0.1532	-0.182	0.0694	0.2437	0.0103	-0.039	0.3919	-0.0764	0.3313	145.4282	6.3036	34.3526
3	0.2711	-0.0837	-0.1542	0.3199	0.1967	0.1444	0.0585	0.2183	0.012	-0.1618	-0.1922	0.2719	0.0232	-0.0824	-0.0224	0.1901	-0.0178	-0.0424	0.3801	-0.1055	0.2319	145.4703	-1.9277	25.506
4	0.39	0.0554	-0.3718	1.4122	-0.7594	0.7093	0.0242	0.0916	0.1198	-0.2557	-0.1593	-0.3213	0.0287	0.2757	0.101	0.2867	0.0013	0.0329	0.6781	0.081	0.3004	161.9204	4.5184	14.8599
5	0.2122	0.08	0.0617	0.2683	0.0719	0.0313	-0.0835	0.2285	0.0269	0.0236	0.3699	-0.0406	-0.063	-0.1671	-0.1282	0.6029	-0.0697	-0.0022	0.9694	0.007	0.318	141.2517	3.0246	54.121
6	0.9686	-0.3296	0.1841	0.8599	-0.5413	0.4307	-0.5673	0.3066	0.0588	0.3358	0.2563	-0.1925	-0.1001	-0.3753	-0.4121	0.222	-0.1345	0.2797	0.4324	-0.0651	0.0662	138.3104	-7.123	70.8163
7	0.0051	0.0015	0.013	0.0224	-0.0007	0.0304	-0.0339	0.1066	-0.1042	-0.055	0.049	-0.0392	0.0102	0.0213	0.0819	0.468	-0.2842	0.3331	0.5949	-0.3364	0.4373	138.7842	-22.1216	58.4185
8	0.1086	-0.0388	-0.0731	0.3185	0.2678	0.2325	-0.1523	0.0225	-0.1652	0.0952	-0.1091	0.453	0.1416	-0.0264	0.1342	0.5513	0.1138	0.1316	0.5046	-0.0417	0.6622	101.9385	8.676	90.4662
9	0.4901	0.0485	0.1966	0.3016	0.0415	0.6184	0.1079	0.0413	-0.0345	-0.0819	-0.044	-0.0876	-0.0203	0.0051	0.0125	0.2058	0.0136	0.0822	0.242	-0.0398	0.2894	116.9033	-0.8854	96.0826
10	0.8258	0.1046	-0.0715	0.2334	0.0959	0.7643	0.1092	-0.1239	0.2904	0.0739	-0.2205	-0.0569	-0.3149	-0.0409	-0.0078	0.3539	-0.0388	0.1046	0.2867	-0.0869	0.4531	120.4125	15.1571	106.7082
11	0.1756	0.1125	-0.2286	0.7908	-0.2746	0.3191	0.025	0.0109	-0.0288	0.1304	-0.1861	0.1562	-0.0642	-0.1284	0.0632	0.4502	-0.2581	0.0639	0.8534	-0.0014	0.5096	97.0725	-19.6336	35.4292
12	0.3863	0.2045	0.014	0.7373	-0.1342	0.8327	-0.1213	0.0905	0.0433	-0.0826	-0.1327	0.1145	-0.1219	0.0429	0.1626	0.7094	0.017	-0.1197	0.9167	-0.0134	0.6742	89.0089	-13.9439	23.7285
13	0.2258	-0.1306	-0.2124	0.8826	-0.1722	0.4406	0.134	-0.2933	-0.2364	0.3809	-0.0811	0.3325	0.0639	-0.3065	-0.0005	0.3452	-0.1721	-0.0021	0.5063	0.0461	0.3115	103.1855	-19.4833	32.5073
14	0.8933	-0.7544	0.3184	0.9438	-0.4367	2.1259	0.3194	-0.297	-0.1561	0.1031	0.0306	0.2001	-0.2591	-0.228	-0.1349	0.2903	-0.0222	0.0252	0.3668	-0.0629	0.3306	114.8539	-1.0977	20.991
15	0.2416	-0.1382	-0.1489	0.2413	0.1576	0.431	0.1431	-0.1452	-0.0226	0.0558	-0.0517	0.0378	0.0838	-0.0921	-0.0058	0.1847	-0.0647	-0.0539	0.2515	0.002	0.3129	116.1128	-17.8087	20.9499
16	0.1615	0.3764	-0.0342	1.3577	-0.31	0.2264	-0.0524	0.0972	-0.1014	-0.2509	-0.0347	-0.1737	0.1252	-0.1407	0.0516	0.3196	-0.1366	-0.1081	0.3475	-0.0278	0.4488	106.3166	-31.54	13.21

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 390:452)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 453:512)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 513:636)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 637:669)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 389:436)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 437:644)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 645:669)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 388:436)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 437:644)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 645:669)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resseq 390:404)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resseq 405:436)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resseq 437:491)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resseq 492:512)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resseq 513:645)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resseq 646:669)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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