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- PDB-3shm: Structure-function Analysis of Receptor Binding in Adeno-Associat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3shm
タイトルStructure-function Analysis of Receptor Binding in Adeno-Associated Virus Serotype 6 (AAV-6)
要素Capsid protein VP1
キーワードVIRUS / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus - 6 (アデノ随伴ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.019 Å
データ登録者Xie, Q. / Lerch, T.F. / Meyer, N.L. / Chapman, M.S.
引用ジャーナル: Virology / 年: 2011
タイトル: Structure-function analysis of receptor-binding in adeno-associated virus serotype 6 (AAV-6).
著者: Xie, Q. / Lerch, T.F. / Meyer, N.L. / Chapman, M.S.
履歴
登録2011年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP1
G: Capsid protein VP1
H: Capsid protein VP1
I: Capsid protein VP1
J: Capsid protein VP1
K: Capsid protein VP1
L: Capsid protein VP1
M: Capsid protein VP1
N: Capsid protein VP1
O: Capsid protein VP1
P: Capsid protein VP1
Q: Capsid protein VP1
R: Capsid protein VP1
S: Capsid protein VP1
T: Capsid protein VP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,161,20620
ポリマ－1,161,20620
非ポリマー00
水00
1
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP1
G: Capsid protein VP1
H: Capsid protein VP1
I: Capsid protein VP1
J: Capsid protein VP1
K: Capsid protein VP1
L: Capsid protein VP1
M: Capsid protein VP1
N: Capsid protein VP1
O: Capsid protein VP1
P: Capsid protein VP1
Q: Capsid protein VP1
R: Capsid protein VP1
S: Capsid protein VP1
T: Capsid protein VP1

A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP1
G: Capsid protein VP1
H: Capsid protein VP1
I: Capsid protein VP1
J: Capsid protein VP1
K: Capsid protein VP1
L: Capsid protein VP1
M: Capsid protein VP1
N: Capsid protein VP1
O: Capsid protein VP1
P: Capsid protein VP1
Q: Capsid protein VP1
R: Capsid protein VP1
S: Capsid protein VP1
T: Capsid protein VP1

A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP1
G: Capsid protein VP1
H: Capsid protein VP1
I: Capsid protein VP1
J: Capsid protein VP1
K: Capsid protein VP1
L: Capsid protein VP1
M: Capsid protein VP1
N: Capsid protein VP1
O: Capsid protein VP1
P: Capsid protein VP1
Q: Capsid protein VP1
R: Capsid protein VP1
S: Capsid protein VP1
T: Capsid protein VP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,483,61960
ポリマ－3,483,61960
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation2
Buried area954200 Å2
ΔGint-4302 kcal/mol
Surface area835180 Å2
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
4
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP1
G: Capsid protein VP1
H: Capsid protein VP1
I: Capsid protein VP1
J: Capsid protein VP1
K: Capsid protein VP1
L: Capsid protein VP1
M: Capsid protein VP1
N: Capsid protein VP1
O: Capsid protein VP1
P: Capsid protein VP1
Q: Capsid protein VP1
R: Capsid protein VP1
S: Capsid protein VP1
T: Capsid protein VP1


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.16 MDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,161,20620
ポリマ－1,161,20620
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
単位格子
Length a, b, c (Å)258.357, 258.357, 612.966
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
91
101
111
121
131
141
151
161
171
181
191
201

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and resid 221:736
211chain B and resid 221:736
311chain C and resid 221:736
411chain D and resid 221:736
511chain E and resid 221:736
611chain F and resid 221:736
711chain G and resid 221:736
811chain H and resid 221:736
911chain I and resid 221:736
1011chain J and resid 221:736
1111chain K and resid 221:736
1211chain L and resid 221:736
1311chain M and resid 221:736
1411chain N and resid 221:736
1511chain O and resid 221:736
1611chain P and resid 221:736
1711chain Q and resid 221:736
1811chain R and resid 221:736
1911chain S and resid 221:736
2011chain T and resid 221:736

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要素

#1: タンパク質
Capsid protein VP1


分子量: 58060.320 Da / 分子数: 20 / 断片: UNP residues 221-736 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus - 6 (アデノ随伴ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HELA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O56137

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 4-6% PEG6000, 100 mM HEPES, 50 mM magnesium, pH 7.3, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9186
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9186 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.019→48.672 Å / Num. all: 68828 / Num. obs: 68828 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID
3.019-3.430.2751.151
3.43-4.330.1243.451
4.33-400.0726.771

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
GLRF位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY AAV2

解像度: 3.019→48.672 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 1.04 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2864 980 1.42 %
Rwork0.273 --
obs0.2732 68828 22.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.04 Å / VDWプローブ半径: 0.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.782 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.3609 Å20 Å20 Å2
2---20.3609 Å20 Å2
3---66.0176 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.89 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.019→48.672 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数82000 0 0 0 82000
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00284520
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.451115280
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.74830320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03112040
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00315240
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
13C4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
14D4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
15E4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
16F4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
17G4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
18H4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
19I4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
110J4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
111K4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
112L4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
113M4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
114N4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
115O4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
116P4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
117Q4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
118R4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
119S4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
120T4100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.019-3.177700.41367715X-RAY DIFFRACTION18
3.1777-3.37670.40372110.37815237X-RAY DIFFRACTION22
3.3767-3.63740.3022140.309410114X-RAY DIFFRACTION28
3.6374-4.00320.28292400.285613175X-RAY DIFFRACTION31
4.0032-4.58210.23161450.23889263X-RAY DIFFRACTION22
4.5821-5.77150.27091400.237912241X-RAY DIFFRACTION32
5.7715-48.67870.2432300.256810103X-RAY DIFFRACTION24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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