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万見
- PDB-3sh4: Laminin G like domain 3 from human perlecan -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sh4
タイトルLaminin G like domain 3 from human perlecan
要素LG3 peptide
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Actin disassambly / integrin alpha12 beta1
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen V binding / extracellular matrix structural constituent conferring compression resistance / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation ...collagen V binding / extracellular matrix structural constituent conferring compression resistance / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / Laminin interactions / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / plasma membrane protein complex / negative regulation of cell adhesion / circulatory system development / low-density lipoprotein particle receptor binding / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / smoothened signaling pathway / RSV-host interactions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / basement membrane / Non-integrin membrane-ECM interactions / animal organ regeneration / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / Retinoid metabolism and transport / Degradation of the extracellular matrix / positive regulation of endothelial cell proliferation / embryo implantation / lysosomal lumen / receptor-mediated endocytosis / negative regulation of angiogenesis / brain development / lipid metabolic process / Golgi lumen / : / amyloid-beta binding / angiogenesis / Attachment and Entry / cell differentiation / response to hypoxia / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / Amyloid fiber formation / negative regulation of cell population proliferation / focal adhesion / calcium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Laminin IV / Laminin B (Domain IV) / Laminin IV type A domain profile. / Laminin B domain / : / Laminin/attractin EGF domain / : / Laminin G domain / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. ...Laminin IV / Laminin B (Domain IV) / Laminin IV type A domain profile. / Laminin B domain / : / Laminin/attractin EGF domain / : / Laminin G domain / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin / Laminin-type EGF domain / Laminin G domain / SEA domain profile. / SEA domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Immunoglobulin domain / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / EGF-like domain / Immunoglobulin domain / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Epidermal growth factor-like domain. / Jelly Rolls - #200 / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Basement membrane-specific heparan sulfate proteoglycan core protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Van Le, B. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the LG3 Domain of Endorepellin, an Angiogenesis Inhibitor.
著者: Van Le, B. / Kim, H. / Choi, J. / Kim, J.H. / Hahn, M.J. / Lee, C. / Kim, K.K. / Hwang, H.Y.
履歴
登録2011年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LG3 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5721
ポリマ－20,5721
非ポリマー00
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.950, 54.655, 64.353
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 LG3 peptide / Laminin-G like domain 3 / HSPG2


分子量: 20571.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P98160
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 3.5M sodium formate, 0.1 sodium acetate pH4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.5→41.67 Å / Num. all: 23231 / Num. obs: 22563 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→33.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 1.485 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2129 1155 5.1 %RANDOM
Rwork0.1768 ---
obs0.1787 22563 97.12 %-
all-23231 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.58 Å2 / Biso mean: 16.5469 Å2 / Biso min: 5.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→33.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1451 0 0 202 1653
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0211487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2341.9632023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4015194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.39723.38268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.71415216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4821513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0221182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4481.5961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.42221532
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6953526
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7114.5491
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 70 -
Rwork0.231 1520 -
all-1590 -
obs--93.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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