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- PDB-3sh2: Staphylococcus aureus Dihydrofolate Reductase complexed with NADP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sh2
タイトルStaphylococcus aureus Dihydrofolate Reductase complexed with NADPH and 6-ethyl-5-(3-(4-methoxybiphenyl-3-yl)prop-1-ynyl)pyrimidine-2,4-diamine (UCP120J)
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / oxidoreductase / NADP / NADPH / One-carbon metabolism / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5DR / Chem-NDP / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.999 Å
データ登録者Frey, K.M. / Anderson, A.C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Toward New Therapeutics for Skin and Soft Tissue Infections: Propargyl-Linked Antifolates Are Potent Inhibitors of MRSA and Streptococcus pyogenes.
著者: Viswanathan, K. / Frey, K.M. / Scocchera, E.W. / Martin, B.D. / Swain Iii, P.W. / Alverson, J.B. / Priestley, N.D. / Anderson, A.C. / Wright, D.L.
履歴
登録2011年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Non-polymer description
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9346
ポリマ－38,7262
非ポリマー2,2084
水00
1
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4673
ポリマ－19,3631
非ポリマー1,1042
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4673
ポリマ－19,3631
非ポリマー1,1042
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.163, 86.163, 103.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 1 - 157 / Label seq-ID: 1 - 157

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細monomer

-
要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase / DHFR


分子量: 19363.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: dfrA, dfrB, folA / プラスミド: pET41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A017, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-5DR / 6-ethyl-5-[3-(4-methoxybiphenyl-3-yl)prop-1-yn-1-yl]pyrimidine-2,4-diamine


分子量: 358.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22N4O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15 % PEG 10000, 150 mM sodium acetate, 100 mM MES pH 6.5, 5 % butyrlactone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77.2 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月3日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally focusing at 3.3:1 demagnification
単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.999→37.32 Å / Num. all: 8349 / Num. obs: 7931 / % possible obs: 99.91 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 57.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rsym value: 0.173 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.999→3.1 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 418 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Sa DHFR bound to folate and NADPH (Dale et al. 1997)

解像度: 2.999→37.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 18.034 / SU ML: 0.326 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.432 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2496 418 4.8 %RANDOM
Rwork0.2165 ---
all0.2181 8349 --
obs0.2181 7931 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.47 Å2 / Biso mean: 57.8438 Å2 / Biso min: 45.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å2-0 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.999→37.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2544 0 150 0 2694
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9832.0163782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.885312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.59224.194124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.66915452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4141512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022074
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1550.21117
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21840
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1040.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1420.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0060.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2231.51607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.40522564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.25231357
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.4634.51218
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
628TIGHT POSITIONAL0.010.05
645MEDIUM POSITIONAL0.320.5
628TIGHT THERMAL0.070.5
645MEDIUM THERMAL0.12
LS精密化 シェル解像度: 2.999→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 32 -
Rwork0.315 614 -
all-646 -
obs-418 99.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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