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- PDB-3sgb: STRUCTURE OF THE COMPLEX OF STREPTOMYCES GRISEUS PROTEASE B AND T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sgb
タイトルSTRUCTURE OF THE COMPLEX OF STREPTOMYCES GRISEUS PROTEASE B AND THE THIRD DOMAIN OF THE TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • PROTEINASE B (SGPB)
  • TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR (OMTKY3)
キーワードCOMPLEX(SERINE PROTEINASE-INHIBITOR)
機能・相同性
機能・相同性情報


streptogrisin B / molecular function inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Peptidase S1A, alpha-lytic prodomain / Alpha-lytic protease prodomain / Peptidase S1A, streptogrisin / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain ...Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Peptidase S1A, alpha-lytic prodomain / Alpha-lytic protease prodomain / Peptidase S1A, streptogrisin / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Streptogrisin-B / Ovomucoid
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Read, R.J. / Fujinaga, M. / Sielecki, A.R. / James, M.N.G.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1983
タイトル: Structure of the complex of Streptomyces griseus protease B and the third domain of the turkey ovomucoid inhibitor at 1.8-A resolution.
著者: Read, R.J. / Fujinaga, M. / Sielecki, A.R. / James, M.N.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Crystal and Molecular Structures of the Complex of Alpha-Chymotrypsin with its Inhibitor Turkey Ovomucoid Third Domain at 1.8 Angstroms Resolution
著者: Fujinaga, M. / Sielecki, A.R. / Read, R.J. / Ardelt, W. / Laskowskijunior, M. / James, M.N.G.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1982
タイトル: Refined Crystal Structure of the Molecular Complex of Streptomyces Griseus Protease B, a Serine Protease, with the Third Domain of the Ovomucoid Inhibitor from Turkey
著者: Fujinaga, M. / Read, R.J. / Sielecki, A. / Ardelt, W. / Laskowski Junior, M. / James, M.N.G.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1980
タイトル: Crystal Structure Studies and Inhibition Kinetics of Tripeptide Chloromethyl Ketone Inhibitors with Streptomyces Griseus Protease B
著者: James, M.N.G. / Brayer, G.D. / Delbaere, L.T.J. / Sielecki, A.R. / Gertler, A.
#4: ジャーナル: Can.J.Biochem. / 年: 1979
タイトル: The 2.8 Angstroms Resolution Structure of Streptomyces Griseus Protease B and its Homology with Alpha-Chymotrypsin and Streptomyces Griseus Protease A
著者: Delbaere, L.T.J. / Brayer, G.D. / James, M.M.G.
#5: ジャーナル: Can.J.Biochem. / 年: 1978
タイトル: Amino Acid Sequence Alignment of Bacterial and Mammalian Pancreatic Serine Proteases Based on Topological Equivalences
著者: James, M.N.G. / Delbaere, L.T.J. / Brayer, G.D.
#6: ジャーナル: Miami Winter Symp. / 年: 1976
タイトル: Relationship between the Structures and Activities of Some Microbial Serine Proteases. II. Comparison of the Tertiary Structures of Microbial and Pancreatic Serine Proteases
著者: James, M.N.G.
#7: ジャーナル: Nature / 年: 1975
タイトル: Tertiary Structural Differences between Microbial Serine Proteases and Pancreatic Serine Enzymes
著者: Delbaere, L.T.J. / Hutcheon, W.L.B. / James, M.N.G. / Theissen, W.E.
#8: ジャーナル: Can.J.Biochem. / 年: 1974
タイトル: 4.5 Angstroms Resolution Structure of a Bacterial Serine Protease from Streptomyces Griseus
著者: Codding, P.W. / Delbaere, L.T.J. / Hayakawa, K. / Hutcheon, W.L.B. / James, M.N.G. / Jurasek, L.
履歴
登録1983年1月21日処理サイト: BNL
置き換え1983年7月12日ID: 2SGB
改定 1.01983年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
Remark 700SHEET THE SEVEN-STRANDED SHEETS BL1 AND BL2 PRESENTED ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY SIX- ...SHEET THE SEVEN-STRANDED SHEETS BL1 AND BL2 PRESENTED ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY SIX-STRANDED BETA BARRELS. THIS IS DENOTED BY THE FIRST STRAND RECURRING AS THE LAST STRAND.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: PROTEINASE B (SGPB)
I: TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR (OMTKY3)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6922
ポリマ－24,6922
非ポリマー00
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.350, 54.520, 45.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PROTEINASE B (SGPB)


分子量: 18665.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
器官: PANCREATIC / 参照: UniProt: P00777
#2: タンパク質 TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR (OMTKY3)


分子量: 6026.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P68390
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.33 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mM1dropMgCl2
210-15 mg/mlenzyme1drop
31.0 M1reservoirLi2SO4precipitant
40.7-1.0 M1reservoirKH2PO4precipitant

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. all: 20227 / Num. obs: 18082 / Num. measured all: 13937 / Rmerge(I) obs: 2 / Biso Wilson estimate: 13.1 Å2

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解析

精密化解像度: 1.8→6 Å / Rfactor Rwork: 0.125
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1690 0 0 182 1872
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 13457 / σ(I): 2 / 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 6 Å / Rfactor obs: 0.125
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.0170.008
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d0.0370.016
X-RAY DIFFRACTIONo_planar_d0.0420.016
X-RAY DIFFRACTIONo_plane_restr0.0210.012
X-RAY DIFFRACTIONo_chiral_restr0.1920.08

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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