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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sef
タイトル2.4 Angstrom resolution crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroE) from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 in complex with shikimate and NADPH
要素Shikimate 5-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / shikimate / alpha/beta domain / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / shikimate metabolic process / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shikimate dehydrogenase / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily ...Shikimate dehydrogenase / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Chem-SKM / Shikimate dehydrogenase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Light, S.H. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.4 Angstrom resolution crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroE) from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 in complex with shikimate and NADPH
著者: Halavaty, A.S. / Light, S.H. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月10日Group: Data collection
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Shikimate 5-dehydrogenase
B: Shikimate 5-dehydrogenase
C: Shikimate 5-dehydrogenase
D: Shikimate 5-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,9378
ポリマ-132,0984
非ポリマー1,8394
2,414134
1
A: Shikimate 5-dehydrogenase
D: Shikimate 5-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7943
ポリマ-66,0492
非ポリマー7451
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area23910 Å2
手法PISA
2
B: Shikimate 5-dehydrogenase
C: Shikimate 5-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1435
ポリマ-66,0492
非ポリマー1,0943
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area22870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.030, 86.079, 81.018
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Shikimate 5-dehydrogenase


分子量: 33024.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
: N16961 / 遺伝子: aroE, VC_0056 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21/Magic / 参照: UniProt: Q9KVT3, shikimate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-SKM / (3R,4S,5R)-3,4,5-TRIHYDROXYCYCLOHEX-1-ENE-1-CARBOXYLIC ACID / SHIKIMATE / シキミ酸


分子量: 174.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C7H10O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein: 6.8 mg/mL in 10 mM Tris/HCl pH 8.3, 0.25 M NaCl, 5 mM BME. Soak: 5 mM NADPH, 5 mM dehydroshikimate. Crystallization: PEGsII (B11: 0.2 M Na acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 20 % (w/v) ...詳細: Protein: 6.8 mg/mL in 10 mM Tris/HCl pH 8.3, 0.25 M NaCl, 5 mM BME. Soak: 5 mM NADPH, 5 mM dehydroshikimate. Crystallization: PEGsII (B11: 0.2 M Na acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 20 % (w/v) PEG3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月8日 / 詳細: Be-Lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 41040 / Num. obs: 41040 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 18.92
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PGJ
解像度: 2.4→29.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 24.191 / SU ML: 0.252 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.712 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2756 2059 5 %RANDOM
Rwork0.23459 ---
obs0.23666 38956 99.7 %-
all-38956 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.938 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å21.04 Å2
2--1.64 Å20 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8076 0 120 134 8330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0228400
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2671.97711374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.797313787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg0.4551057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.84424.409381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg2.834151409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg1.9651555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.21274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021707
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5731.55231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0841.52182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08728332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.48133169
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.494.53042
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.396→2.458 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 141 -
Rwork0.295 2840 -
obs--97.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.663-0.7734-0.44862.31670.39361.8933-0.0498-0.1101-0.12610.11870.19330.040.06320.0855-0.14350.00720.012700.04770.02630.04644.7694-10.521235.6029
20.24690.3563-0.15511.1875-0.46520.409-0.00390.0388-0.0341-0.07450.02030.05560.0365-0.0131-0.01640.0235-0.0103-0.02140.0888-0.0020.061410.3263-1.917320.5795
31.05790.32340.07142.25750.58091.3333-0.02080.0007-0.06130.0343-0.0142-0.29770.13040.08550.03510.01420.00370.00450.0740.01760.084926.54071.298518.4548
41.38050.426-0.00330.5589-0.34790.43260.0032-0.05270.06880.1055-0.0128-0.0318-0.07720.03240.00960.0337-0.0171-0.02510.0844-0.00820.055918.759911.332626.9888
54.43241.19851.26041.913-0.07741.0995-0.1424-0.1730.4429-0.09190.00160.3514-0.1394-0.14370.14080.04740.0233-0.01880.05970.00320.11011.746.424634.3809
61.77850.0238-0.18122.46511.02272.1343-0.02740.12230.0607-0.3520.03260.1241-0.1115-0.1132-0.00530.0575-0.0201-0.03260.03850.03110.0436-36.340215.8752-3.5895
70.9547-0.44560.34450.3736-0.04931.0007-0.0299-0.14930.03080.05290.02760.08880.0529-0.1040.00230.0129-0.01160.01580.0635-0.01030.0865-29.449214.478315.1963
84.95620.0571-0.79932.3897-0.26012.0406-0.184-0.39480.23460.35530.1262-0.05240.0346-0.08560.05780.0620.0284-0.01330.0593-0.03450.0203-17.588216.357527.697
91.31920.70360.08270.97830.5181.1988-0.0525-0.09960.01220.0123-0.0162-0.09130.05440.01890.06870.03130.0299-0.01020.04670.00560.0708-11.07968.411214.4028
101.6739-0.23160.89440.3984-0.24161.171-0.0748-0.1181-0.1641-0.01070.06630.02950.16920.010.00850.08110.02570.0210.03790.01180.0886-22.03913.46444.7706
110.66760.8378-0.54512.0973-0.40233.32760.0714-0.1304-0.05020.0811-0.1897-0.0331-0.0570.32210.11830.0222-0.031-0.02850.0650.04230.0426-26.091714.2581-19.5947
122.35550.28410.61040.1271-0.09431.6446-0.02440.13590.00910.01260.0618-0.005-0.02310.0072-0.03740.0444-0.0247-0.04850.06590.01750.0738-35.613620.3752-39.9779
134.1745-0.53570.49372.7092-0.40712.342-0.01720.21940.47760.12030.0712-0.0156-0.5980.1308-0.0540.1957-0.036-0.0230.02350.03270.1236-34.866233.1097-41.4777
142.4656-2.15772.2732.4314-2.30032.77380.0106-0.28830.1638-0.08730.07570.0822-0.0336-0.2134-0.08630.05420.0039-0.04480.1239-0.04840.1657-44.288823.2635-34.3745
155.0625-1.9701-0.3943.0458-0.88032.1737-0.13620.3418-0.47090.030.02980.430.4028-0.16050.10640.1159-0.04770.03430.0581-0.00490.1018-41.33857.73-24.8804
161.6557-0.7020.70631.2886-1.10522.86290.23740.2010.13050.0722-0.1897-0.1855-0.37090.1798-0.04770.12480.01270.0370.040.03410.05714.7433-1.731856.182
170.88080.4028-0.36040.47590.07521.12460.0621-0.07590.14650.0375-0.0337-0.0039-0.2677-0.0163-0.02840.13830.01170.01050.0096-0.01740.07-3.2749-3.804672.3782
181.0112-0.23730.23371.90080.41851.011-0.0221-0.0538-0.09270.21180.022-0.12740.00060.070700.0686-0.0199-0.01520.06040.00110.0264-1.9863-18.93880.5002
190.64480.4487-0.84652.1302-0.89981.26870.13340.11150.02970.1291-0.03050.1653-0.125-0.1362-0.10290.07440.02570.00880.06630.01010.0555-13.1679-17.187469.9153
203.86250.5866-0.22664.5626-1.60712.76090.0883-0.12010.39-0.41470.10410.7245-0.3247-0.5423-0.19240.16130.1259-0.0440.18050.03490.1738-12.4272-3.622157.0299
210.33122.24871.604815.293710.90687.78190.0642-0.10960.12510.4255-0.69930.85360.2783-0.50470.63510.21780.0135-0.01840.26820.06380.212623.9367-1.047530.4739
222.7687-1.8164-0.25842.4191-0.19910.13560.18430.64170.0235-0.4211-0.13570.16450.0667-0.143-0.04860.1912-0.0182-0.05560.2603-0.01660.1515-16.44518.939210.4679
2384.9734-17.0694-11.27144.62139.860549.9075-0.9652-1.1456-0.7467-0.0771-0.02010.2893-1.3928-1.10150.98521.12740.19740.17220.0702-0.01050.3821-27.057914.77993.0191
2429.750848.539835.253579.195357.518141.775-0.72820.9632-0.8253-1.30531.6481-1.353-0.96041.1315-0.91990.24390.21540.17660.42670.02090.2376-34.435419.0188-22.458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2A86 - 152
3X-RAY DIFFRACTION3A153 - 201
4X-RAY DIFFRACTION4A202 - 253
5X-RAY DIFFRACTION5A254 - 276
6X-RAY DIFFRACTION6B5 - 60
7X-RAY DIFFRACTION7B61 - 158
8X-RAY DIFFRACTION8B159 - 183
9X-RAY DIFFRACTION9B184 - 222
10X-RAY DIFFRACTION10B223 - 276
11X-RAY DIFFRACTION11C5 - 103
12X-RAY DIFFRACTION12C104 - 152
13X-RAY DIFFRACTION13C153 - 193
14X-RAY DIFFRACTION14C202 - 252
15X-RAY DIFFRACTION15C253 - 275
16X-RAY DIFFRACTION16D5 - 86
17X-RAY DIFFRACTION17D87 - 152
18X-RAY DIFFRACTION18D153 - 203
19X-RAY DIFFRACTION19D204 - 253
20X-RAY DIFFRACTION20D254 - 276
21X-RAY DIFFRACTION21A279
22X-RAY DIFFRACTION22B279
23X-RAY DIFFRACTION23B280
24X-RAY DIFFRACTION24C279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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