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- PDB-3se7: ancient VanA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3se7
タイトルancient VanA
要素VanA
キーワードLIGASE / alpha-beta structure / D-alanine-D-lactate ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Wright, G.D. / Morar, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Antibiotic resistance is ancient.
著者: D'Costa, V.M. / King, C.E. / Kalan, L. / Morar, M. / Sung, W.W. / Schwarz, C. / Froese, D. / Zazula, G. / Calmels, F. / Debruyne, R. / Golding, G.B. / Poinar, H.N. / Wright, G.D.
履歴
登録2011年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月19日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VanA
B: VanA
C: VanA
D: VanA
E: VanA
F: VanA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,53824
ポリマ－222,2036
非ポリマー3,33518
水4,234235
1
A: VanA
B: VanA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1798
ポリマ－74,0682
非ポリマー1,1126
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area24570 Å2
手法PISA
2
C: VanA
D: VanA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1798
ポリマ－74,0682
非ポリマー1,1126
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area24710 Å2
手法PISA
3
E: VanA
F: VanA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1798
ポリマ－74,0682
非ポリマー1,1126
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area24730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.133, 136.032, 178.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A2 - 342
2116B2 - 342
3116C2 - 342
4116D2 - 342
5116E2 - 342
6116F2 - 342

-
要素

#1: タンパク質
VanA


分子量: 37033.844 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 遺伝子: VanA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium acetate, 25% PEG3000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.07→108.1 Å / Num. all: 38900 / Num. obs: 38823 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.07→3.12 Å / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.07→108.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 48.182 / SU ML: 0.392 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.521 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26268 1963 5.1 %RANDOM
Rwork0.19348 ---
all0.19705 36990 --
obs0.19705 36901 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.808 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.66 Å20 Å20 Å2
2---4.98 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.07→108.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14492 0 198 235 14925
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.02214921
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1771.9920339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.72151958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.13223.924553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.565152317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4191591
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.22418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02111075
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9031.59726
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.677215545
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.55335195
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2334.54794
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2341 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Aloose positional0.275
Bloose positional0.255
Cloose positional0.295
Dloose positional0.295
Eloose positional0.35
Floose positional0.285
Aloose thermal3.4310
Bloose thermal2.8410
Cloose thermal2.7610
Dloose thermal2.8910
Eloose thermal2.9210
Floose thermal2.910
LS精密化 シェル解像度: 3.07→3.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 137 -
Rwork0.226 2698 -
obs--99.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5651-0.53650.54874.5554-0.26652.24140.0089-0.06090.1996-0.2406-0.0016-0.2787-0.08390.1282-0.00730.0203-0.00040.02970.0797-0.02380.14-37.125235.6036-6.056
21.5656-0.10270.662.99870.99772.22130.0399-0.1464-0.0950.0154-0.02820.11560.3146-0.1079-0.01170.0583-0.01150.01090.03660.01210.0742-37.53786.8999-5.8413
31.0717-0.11780.07112.2548-0.40152.59790.0405-0.05150.0941-0.0191-0.0005-0.1707-0.12940.1699-0.040.01230.0022-0.00620.0896-0.04330.1031-45.152935.9342-68.4327
41.51290.01810.42694.29121.30372.8786-0.0799-0.1697-0.15430.19890.03610.25660.2422-0.1560.04390.03140.0040.02080.07120.01990.1353-45.62077.0296-67.8284
50.9675-0.31080.19072.5563-1.39683.42040.071-0.0615-0.0679-0.0235-0.0167-0.00750.49280.0934-0.05430.12170.00290.03210.0782-0.01640.098-3.241430.0773-50.7712
61.02450.74640.47145.271.75512.89730.0365-0.15270.1650.566-0.09410.2564-0.1674-0.10710.05760.12120.020.04880.10610.01060.1114-3.065359.2326-51.3064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 339
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 340
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 339
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 340
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 339
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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