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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sd2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative member of duf3244 protein family (BT_3571) from Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482 at 1.40 A resolution | ||||||
要素 | Putative member of DUF3244 protein family | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Immunoglobulin-like beta-sandwich / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulin-like - #3080 / Protein of unknown function DUF3244 / Domain of unknown function (DUF3244) / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DUF3244 domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of a Putative member of DUF3244 protein family (BT_3571) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 1.40 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3sd2.cif.gz | 52.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3sd2.ent.gz | 40.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3sd2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/3sd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/3sd2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11282.390 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 19-118 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: BT_3571 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8A1T7 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THIS CONSTRUCT (RESIDUES 19-118) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THIS CONSTRUCT (RESIDUES 19-118) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 % 解説: DATA WERE SCALED USING XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT AS SEPARATE WHEN COMPUTING R MERGE, COMPLETENESS AND 結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 | 詳細: 30.00% polyethylene glycol 200, 1.00M lithium sulfate, 0.1M sodium citrate pH 5.6, NANODROP', VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97935,0.97898 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月26日 詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (ho rizontal focusing) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.4→29.325 Å / Num. obs: 21813 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 16.649 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 14.97 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.4→29.325 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 1.812 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.059 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. THE SIDECHAIN OF CYS A109 SHOWS MULTIPLE CONFORMATIONS. IT WAS MODELED WITH A DISULFIDE BOND BETWEEN CONFORMER A AND THE SYMMETRY RELATED CONFORMER A. CONFORMERS B AND C WERE MODELED AS NOT FORMING A DISULFIDE BOND TO SYMMETRY RELATED ATOMS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.97 Å2 / Biso mean: 21.8402 Å2 / Biso min: 11.64 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.325 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.401→1.437 Å / Total num. of bins used: 20
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