PDB-3scj: Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3scj

タイトル

Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus civet strain complexed with human receptor ACE2

要素

Angiotensin-converting enzyme 2
Spike glycoprotein

キーワード

HYDROLASE/VIRAL PROTEIN / beta-sheet / HYDROLASE-VIRAL PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / negative regulation of signaling receptor activity / carboxypeptidase activity / Attachment and Entry / positive regulation of cardiac muscle contraction / viral life cycle / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / cilium / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / endocytic vesicle membrane / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / suppression by virus of host tetherin activity / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Wu, K. / Peng, G. / Wilken, M. / Geraghty, R. / Li, F.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Mechanisms of host receptor adaptation by severe acute respiratory syndrome coronavirus.
著者: Wu, K. / Peng, G. / Wilken, M. / Geraghty, R.J. / Li, F.

履歴

登録	2011年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.2	2020年9月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3scj.cif.gz	582.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3scj.ent.gz	496.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3scj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3scj_validation.pdf.gz	468.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3scj_full_validation.pdf.gz	523.5 KB	表示
XML形式データ	3scj_validation.xml.gz	57.6 KB	表示
CIF形式データ	3scj_validation.cif.gz	78 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/3scj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/3scj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3sciC 3sckC 3sclC 2ajf C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d0h-2 3d0i-2 7c8d-d 3sci-2 7kmb-d 2ajf-1 7608 3scl-1 2ajf-2 3d0h-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (13) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (8) #12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Angiotensin-converting enzyme 2

B: Angiotensin-converting enzyme 2

E: Spike glycoprotein

F: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

183 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Angiotensin-converting enzyme 2

E: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Angiotensin-converting enzyme 2

F: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
91.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.219, 119.277, 113.236
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.19, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	E
2	3	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	19 - 102
2	1	1	6	B	19 - 102
1	2	1	6	A	290 - 397
2	2	1	6	B	290 - 397
1	3	1	6	A	417 - 430
2	3	1	6	B	417 - 430
1	1	2	6	A	103 - 289
2	1	2	6	B	103 - 289
1	2	2	6	A	398 - 416
2	2	2	6	B	398 - 416
1	3	2	6	A	431 - 615
2	3	2	6	B	431 - 615
1	1	3	6	E	323 - 506
2	1	3	6	F	323 - 506

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Angiotensin-converting enzyme 2 / ACE2 / ACE-related carboxypeptidase / Angiotensin-converting enzyme homolog / ACEH / ...ACE2 / ACE-related carboxypeptidase / Angiotensin-converting enzyme homolog / ACEH / Metalloprotease MPROT15 / Processed angiotensin-converting enzyme 2 分子量: 69982.562 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-615 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9BYF1, angiotensin-converting enzyme 2
#2: タンパク質	Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein / Spike protein S1 分子量: 21320.965 Da / 分子数: 2 / 断片: receptor binding domain (UNP residues 323-502) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SARS coronavirus (SARS コロナウイルス) 遺伝子: S, 2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P59594
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
配列の詳細	IN CHAINS E AND F, L472P AND D480G ARE NATURAL VARIANTS OF UNP P59594.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.02 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. all: 46566 / Num. obs: 44284 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 67

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
CNS		精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→47.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 57.85 / SU ML: 0.457 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.525 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27771	1926	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22961	-	-	-
obs	0.23206	35826	87.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 151.86 Å² / B_iso mean: 85.938 Å² / B_iso min: 40.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.87 Å²	-0 Å²	7 Å²
2-	-	0.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→47.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12540	0	4	0	12544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	12920
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.257	1.936	17574
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.33	5	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.576	24.587	654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.637	15	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.499	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	10072
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.191	1.5	7696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.194	2	12432
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.397	3	5224
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.321	4.5	5142
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.276	3	12920
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1655	LOOSE POSITIONAL	0.25	5
1	A	1655	LOOSE THERMAL	1.52	10
2	A	3215	LOOSE POSITIONAL	0.55	5
2	A	3215	LOOSE THERMAL	5.28	10
3	E	1401	LOOSE POSITIONAL	0.11	5
3	E	1401	LOOSE THERMAL	1.38	10

LS精密化シェル

解像度: 3→3.162 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	171	-
R_work	0.34	3335	-
obs	-	-	56.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.034	3.4694	0.1435	6.3664	1.1806	3.1121	-0.1419	-0.0849	-0.2692	0.0078	-0.1445	-0.5567	0.3797	0.1467	0.2864	0.1788	0.0024	-0.0368	0.0181	0.0672	0.3218	15.2236	-17.4227	61.288
2	1.025	1.1235	-0.6944	2.0642	-0.5862	1.5871	0.1877	0.0528	0.3136	0.3279	-0.1499	0.0542	-0.1193	0.1285	-0.0378	0.2757	-0.0463	-0.0539	0.1661	0.0617	0.3555	18.1908	9.0604	60.7063
3	1.0496	0.2742	3.6152	7.7034	-10.6272	30.0363	-0.5206	0.3786	0.7141	0.3888	0.0523	1.5827	-2.6391	1.3805	0.4683	0.6564	-0.1623	-0.011	0.2051	0.2007	1.0436	19.8038	28.7769	48.7884
4	2.8001	0.626	-1.4951	0.6814	-0.5217	0.9651	-0.3861	-0.1978	-0.1593	-0.164	0.1075	-0.2475	0.2921	0.1954	0.2786	0.2218	0.1394	0.0875	0.2645	0.0939	0.2119	40.0166	-3.375	45.2956
5	3.027	-0.5789	-2.3505	6.6246	4.5077	4.3736	-0.0555	0.0976	-0.002	0.1697	0.3428	-0.6588	0.1274	0.0809	-0.2874	0.2481	0.0658	-0.1462	0.2496	0.067	0.436	19.8468	8.8975	47.267
6	2.5608	0.2489	-1.3487	0.2882	-0.1101	1.0807	-0.2068	0.2088	0.038	-0.1461	0.1297	-0.0024	0.3012	-0.1125	0.0771	0.263	0.0143	0.0303	0.1834	0.0633	0.2938	30.8544	2.4034	38.502
7	1.1131	-1.1766	-2.4724	4.4883	4.1795	7.146	-0.2178	0.5093	0.1093	-0.5905	0.175	0.0448	0.0551	-0.6241	0.0429	0.3641	-0.1522	0.0092	0.6404	0.1497	0.155	2.5001	37.6333	-16.8791
8	1.0512	-0.5253	-0.4393	0.8354	-0.3915	4.4307	-0.0952	0.2229	0.0562	-0.1828	0.0695	-0.0931	-0.1436	-0.3624	0.0258	0.1688	-0.0313	0.0194	0.2628	-0.0117	0.2825	3.1539	38.9506	9.6838
9	1.8498	-2.7914	7.2776	17.294	-13.3349	29.0631	-0.1285	0.2397	0.0308	0.7818	0.1273	0.7678	-0.5259	0.8295	0.0012	0.0414	0.0046	0.0588	0.1103	-0.0906	0.3372	5.0187	28.9146	30.3877
10	1.6319	0.1966	-0.179	1.2343	-1.1504	1.6645	-0.0351	0.4586	0.1717	0.0022	0.4309	0.2478	-0.1396	-0.2479	-0.3958	0.1984	-0.0576	0.0652	0.2936	0.1148	0.3258	-19.2785	28.4026	4.6654
11	0.8648	-0.7627	1.1412	0.9655	1.4215	21.9371	0.0547	-0.1726	0.1836	-0.0289	0.0804	-0.2256	0.6908	-0.5784	-0.1351	0.2544	-0.0506	0.0854	0.2836	0.0069	0.3082	1.3171	25.8637	11.0396
12	1.4228	0.4539	-0.4614	0.9958	-0.9674	0.9673	-0.0701	0.1806	-0.18	-0.1804	0.2061	0.0757	0.18	-0.1564	-0.136	0.2212	-0.0836	0.0552	0.225	-0.0488	0.3271	-10.9087	19.9627	8.6671
13	1.8283	-0.129	-0.8423	4.0175	0.5308	1.6971	0.0837	-0.1281	0.0577	0.2574	-0.1392	0.4057	-0.1629	-0.1894	0.0554	0.2374	-0.0289	0.0175	0.0781	-0.01	0.0772	-8.4444	-10.3747	73.7591
14	1.8562	0.5509	0.5883	1.1947	0.2019	3.5951	-0.1634	0.525	0.0723	-0.1998	-0.0518	-0.3133	0.14	0.0287	0.2152	0.2523	0.0412	0.2503	0.2844	0.2385	0.4471	27.7368	48.9687	-14.2749

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	19 - 102
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	290 - 397
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	417 - 430
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	103 - 289
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	398 - 416
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	431 - 615
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	19 - 102
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	290 - 397
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	417 - 430
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	103 - 289
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	398 - 416
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	431 - 615
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	323 - 502
14	X-RAY DIFFRACTION	14	F	323 - 502

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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