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- PDB-3sbs: Crystal structure of Aar2 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sbs
タイトルCrystal structure of Aar2 protein
要素A1 cistron-splicing factor AAR2
キーワードSPLICING / VHS like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aar2, C-terminal domain-like / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 - #20 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / A1 cistron-splicing factor, AAR2 / AAR2, N-terminal / AAR2, C-terminal / AAR2, C-terminal domain superfamily / AAR2, N-terminal domain superfamily / AAR2 C-terminal repeat region / AAR2 N-terminal domain ...Aar2, C-terminal domain-like / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 - #20 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / A1 cistron-splicing factor, AAR2 / AAR2, N-terminal / AAR2, C-terminal / AAR2, C-terminal domain superfamily / AAR2, N-terminal domain superfamily / AAR2 C-terminal repeat region / AAR2 N-terminal domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
A1 cistron-splicing factor AAR2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Weber, G. / Santos, K.F. / Holton, N. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2011
タイトル: Mechanism for Aar2p function as a U5 snRNP assembly factor.
著者: Weber, G. / Cristao, V.F. / de L Alves, F. / Santos, K.F. / Holton, N. / Rappsilber, J. / Beggs, J.D. / Wahl, M.C.
履歴
登録2011年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A1 cistron-splicing factor AAR2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8061
ポリマ－42,8061
非ポリマー00
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.772, 101.772, 119.749
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 A1 cistron-splicing factor AAR2


分子量: 42805.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AAR2, YBL06.06, YBL0611, YBL074C / プラスミド: pETM-13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta 2 / 参照: UniProt: P32357
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 2.0 M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月19日
放射モノクロメーター: Double crystal (Si111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→77.5 Å / Num. all: 37326 / Num. obs: 37260 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.79 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→29.937 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2003 1862 5 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.1667 37260 99.84 %-
all-37326 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.833 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.307 Å2-0 Å20 Å2
2---4.307 Å2-0 Å2
3---8.6139 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.937 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2498 0 0 315 2813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012805
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1883815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5861066
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004506
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1002-2.1570.26111260.24312689X-RAY DIFFRACTION100
2.157-2.22040.26541260.21682684X-RAY DIFFRACTION100
2.2204-2.29210.24211480.20532682X-RAY DIFFRACTION100
2.2921-2.3740.25781300.19792693X-RAY DIFFRACTION100
2.374-2.4690.23161480.18222680X-RAY DIFFRACTION100
2.469-2.58130.22311340.17432705X-RAY DIFFRACTION100
2.5813-2.71730.22211410.17952712X-RAY DIFFRACTION100
2.7173-2.88740.22731530.17612696X-RAY DIFFRACTION100
2.8874-3.11010.22121680.17682695X-RAY DIFFRACTION100
3.1101-3.42270.2051570.17282723X-RAY DIFFRACTION100
3.4227-3.9170.17731520.15092741X-RAY DIFFRACTION100
3.917-4.93150.15771320.12532802X-RAY DIFFRACTION100
4.9315-29.94030.17821470.15862896X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7247-1.4626-0.86251.85211.33081.41280.0343-0.16090.07350.07590.0068-0.07230.132-0.0434-0.02970.1162-0.03760.00750.1783-0.00640.145211.8857-35.9159-17.6042
22.4879-1.129-0.44032.18440.25660.58710.11550.0868-0.0817-0.0946-0.13990.1328-0.0037-0.07380.02620.1737-0.02080.01310.3078-0.05650.2005-12.2907-23.5558-15.205
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 1:154
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 173:318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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