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- PDB-3say: Crystal structure of human glycogen synthase kinase 3 beta (GSK3b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3say
タイトルCrystal structure of human glycogen synthase kinase 3 beta (GSK3b) in complex with inhibitor 142
要素Glycogen synthase kinase-3 beta
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / ATP hydrolysis / phosphorylation / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / neuron projection organization / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / beta-catenin destruction complex disassembly / negative regulation of type B pancreatic cell development / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation ...regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / neuron projection organization / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / beta-catenin destruction complex disassembly / negative regulation of type B pancreatic cell development / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / maintenance of cell polarity / positive regulation of protein localization to centrosome / : / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of cilium assembly / negative regulation of protein acetylation / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / beta-catenin destruction complex / tau-protein kinase / CRMPs in Sema3A signaling / heart valve development / regulation of microtubule-based process / regulation of protein export from nucleus / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / Maturation of nucleoprotein / cellular response to interleukin-3 / Wnt signalosome / negative regulation of protein localization to nucleus / negative regulation of TOR signaling / regulation of long-term synaptic potentiation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Maturation of nucleoprotein / AKT phosphorylates targets in the cytosol / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of axon extension / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / negative regulation of phosphoprotein phosphatase activity / regulation of dendrite morphogenesis / establishment of cell polarity / regulation of axonogenesis / tau-protein kinase activity / glycogen metabolic process / ER overload response / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / protein kinase A catalytic subunit binding / dynactin binding / NF-kappaB binding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of osteoblast differentiation / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of autophagy / regulation of microtubule cytoskeleton organization / regulation of cellular response to heat / cellular response to retinoic acid / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of protein export from nucleus / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of protein ubiquitination / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / hippocampus development / positive regulation of cell differentiation / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / peptidyl-threonine phosphorylation / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / positive regulation of protein-containing complex assembly / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / tau protein binding / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / regulation of circadian rhythm / beta-catenin binding / circadian rhythm / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to amyloid-beta / Regulation of RUNX2 expression and activity / neuron projection development / positive regulation of neuron apoptotic process / p53 binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of protein binding / presynapse / insulin receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / kinase activity
類似検索 - 分子機能
Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / MALONIC ACID / Chem-OFT / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.231 Å
データ登録者Mazanetz, M.P. / Cheng, R.K.Y. / Rowan, F. / Laughton, C.A. / Barker, J.J. / Fischer, P.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human glycogen synthase kinase 3 beta (GSK3b) in complex with inhibitor 142
著者: Cheng, R.K.Y. / Rowan, F. / Barker, J.J.
履歴
登録2011年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.22016年12月7日Group: Structure summary
改定 1.32016年12月28日Group: Structure summary
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,6548
ポリマ－96,4572
非ポリマー1,1976
水3,981221
1
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7914
ポリマ－48,2291
非ポリマー5633
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8634
ポリマ－48,2291
非ポリマー6353
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.520, 110.780, 67.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glycogen synthase kinase-3 beta / GSK-3 beta


分子量: 48228.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSK3B / プラスミド: pTri-EX
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49841, tau-protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 227分子

#2: 化合物 ChemComp-OFT / (3Z)-N,N-diethyl-3-[(3E)-3-(hydroxyimino)-1,3-dihydro-2H-indol-2-ylidene]-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indole-5-sulfonamide


分子量: 412.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20N4O4S
#3: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.93 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 0.1M sodium Hepes pH 7.0, 2% (v/v) Tacsimate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月27日
詳細: Oxford Danfysik/SESO Two stage demagnification using two K-B pairs of bimorph type mirrors
放射モノクロメーター: ACCEL Fixed exit Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.864
11L, -K, H20.136
反射解像度: 2.231→46.14 Å / Num. all: 46924 / Num. obs: 46924 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 41.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.231→2.3 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3465 / Rsym value: 0.561 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JLD chain A

2jld


解像度: 2.231→46.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.911 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22983 2373 5.1 %RANDOM
Rwork0.20041 ---
obs0.20189 44525 97.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.111 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.64 Å20 Å2-11.31 Å2
2--9.63 Å20 Å2
3----5.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.231→46.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5474 0 83 221 5778
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225796
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5921.9947942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.985722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.92923.224245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.28915923
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2911540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.851.53549
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56425798
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.97332247
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2274.52128
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.231→2.289 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 142 -
Rwork0.308 2474 -
obs--73.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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