PDB-3sa6: Crystal structure of wild-type HIV-1 protease in complex with AF71

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sa6

タイトル

Crystal structure of wild-type HIV-1 protease in complex with AF71

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / drug resistance / drug design / protease inhibitors / AIDS / aspartyl protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
著者: Altman, M.D. / Nalam, M.N.L. / Ali, A. / Cao, H. / Rana, T.M. / Schiffer, C.A. / Tidor, B.

履歴

登録	2011年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3sa6_full_validation.pdf.gz	750.6 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/3sa6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/3sa6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3sa3C 3sa4C 3sa5C 3sa7C 3sa8C 3sa9C 3saaC 3sabC 3sacC 1f7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3sac-d 3o9e-d 6dgz-d 3o9c-d 2qnp-d 5jfp-d 2r38-d 3o9h-d 2pk6-d 3qrm-d 4cpt-d 3gga-1 3d1y-d 2bpx-d 4rvx-1 3i7e-d 4rvx-2 1hvr-d 3nu9-d 3qrs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.772, 58.377, 61.742
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HXB2 / 遺伝子: gag-pol, pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: O38732
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-F71 / 3-hydroxy-N-[(2S,3R)-3-hydroxy-4-([(2S)-2-methylbutyl]{[5-(1,2-oxazol-5-yl)thiophen-2-yl]sulfonyl}amino)-1-phenylbutan-2-yl]benzamide タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 583.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₃N₃O₆S₂ 参照: 3-HYDROXY-N-[(2S,3R)-3-HYDROXY-4-([(2S)-2-METHYLBUTYL]{[5-(1,2-OXAZOL-5-YL)THIOPHEN-2-YL]SULFONYL}AMINO)-1-PHENYLBUTAN-2-YL]BENZAMIDE
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.84 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: ハンギングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: 24-29% ammonium sulfate, 63 mM sodium citrate, 126 mM phosphate buffer, pH 6.2, HANGING DROP, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 18541 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 14.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.75-1.81	4	0.377	1741	0.957	1	92
1.81-1.89	5.1	0.277	1812	0.952	1	97
1.89-1.97	5	0.208	1815	1.087	1	97.8
1.97-2.07	5.2	0.14	1852	1.08	1	98
2.07-2.2	5.3	0.108	1884	1.088	1	98.8
2.2-2.38	4.5	0.099	1749	1.035	1	93.3
2.38-2.61	5.3	0.071	1889	1.039	1	99.3
2.61-2.99	5.3	0.053	1924	0.991	1	99.6
2.99-3.77	5.1	0.04	1894	1.044	1	97.4
3.77-50	5.2	0.032	1981	1.094	1	95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F7A

1f7a

解像度: 1.75→42.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / WR_factor R_free: 0.1924 / WR_factor R_work: 0.1681 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8725 / SU B: 4.695 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.1235 / SU R_free: 0.1102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1944	954	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1692	-	-	-
obs	0.1705	18509	96.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.16 Å² / B_iso mean: 26.9575 Å² / B_iso min: 16.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.77 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1498	0	50	158	1706

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.449	2.019	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.773	3	2681
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.29	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.198	24.737	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.017	15	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.592	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	295
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.409	1.5	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.104	1.5	420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.75	2	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.213	3	615
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.973	4.5	576

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	50	-
R_work	0.254	1182	-
all	-	1232	-
obs	-	-	89.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.365	-1.8033	-0.2075	4.6749	0.5322	1.7215	-0.2373	-0.3617	0.0451	0.3377	0.185	-0.0777	0.0653	0.1582	0.0523	0.0926	0.0382	0.004	0.0814	0.0011	0.0058	20.456	26.0269	29.4139
2	2.3516	-1.8619	0.0152	2.7131	0.7723	2.8269	-0.1164	-0.0508	-0.2809	0.1244	0.0759	0.2809	0.1096	-0.048	0.0404	0.0514	0	0.0253	0.0172	0.0156	0.0595	19.581	17.2712	22.5499
3	2.258	0.8482	0.9593	1.8216	-0.2778	0.6834	0.0419	0.0437	-0.1108	0.0529	-0.0148	-0.0791	0.0189	0.0302	-0.0271	0.0561	0.008	0.0075	0.0502	-0.012	0.033	26.2879	27.5466	18.2514
4	4.2496	0.672	0.7914	2.4224	-0.3276	2.6784	0.0262	-0.0163	-0.0441	-0.016	0.0197	-0.0185	-0.0121	-0.0211	-0.0459	0.0287	0.0053	0.0017	0.0326	0.0009	0.0158	13.6889	27.5702	19.1945
5	4.7764	-1.197	-1.9815	2.9802	0.8698	3.5256	-0.0817	-0.2018	0.0821	0.0967	0.1653	-0.3843	-0.0362	0.1371	-0.0836	0.0436	-0.0229	-0.0397	0.0658	0.0036	0.0952	39.2796	31.2262	23.7969
6	14.3991	-4.1423	-1.1556	1.6028	0.9039	0.8897	0.0665	0.435	-0.3914	-0.0359	-0.1602	0.1449	-0.0254	-0.1088	0.0938	0.0277	-0.0226	-0.0059	0.0749	-0.0135	0.1032	1.0915	21.7349	17.1216
7	4.4899	-0.6292	-0.1093	2.68	2.3178	3.2223	0.0792	0.093	0.1009	0.0602	0.0867	-0.3369	-0.0428	0.3099	-0.1659	0.0444	-0.001	0.0003	0.073	0.0372	0.084	39.453	32.1414	10.4423
8	4.881	-1.319	0.4526	4.9005	1.0458	1.7761	0.0974	0.0833	-0.0569	-0.1056	-0.0268	0.5398	0.0752	-0.3829	-0.0706	0.0578	0.0099	-0.0061	0.1514	0.0587	0.1031	0.3197	34.7368	13.4541
9	10.5407	-2.6683	-1.5971	1.3663	0.4521	2.6804	-0.0645	0.4113	-0.0795	-0.096	-0.1038	0.0238	0.0143	-0.0355	0.1683	0.0576	0.0048	0.0049	0.0457	-0.0019	0.0184	27.5153	30.9829	4.5774
10	6.1791	-1.6543	-0.7746	1.8068	-1.3876	1.9895	0.069	0.0869	0.0907	0.0107	0.0291	0.0751	-0.0796	-0.0505	-0.0981	0.0763	-0.0032	-0.0199	0.0466	0.0086	0.0663	12.4638	39.9544	11.6827
11	0.9928	-0.1613	-0.2393	2.9454	-0.3971	2.041	-0.003	0.0367	0.1057	0.0134	-0.0366	0.1837	-0.131	0.0444	0.0396	0.0541	0	-0.0215	0.0497	0.0011	0.0444	28.9149	33.7715	14.5744
12	4.3563	-3.3988	3.7574	5.4272	-5.5683	5.7646	0.2696	0.3304	0.0195	-0.408	-0.2325	0.0456	0.4162	0.3009	-0.0371	0.076	0.0242	-0.013	0.099	-0.0064	0.0182	10.4124	29.5424	11.9953
13	3.7364	-0.2484	0.4722	4.4051	-0.9995	1.5413	-0.0177	0.036	-0.0442	-0.006	-0.1322	-0.0519	0.0129	0.0609	0.1499	0.0357	0.0047	0.004	0.0283	-0.0179	0.0567	28.5631	19.3396	19.2272
14	5.1805	-0.9269	-1.5193	0.3359	-0.2885	2.3012	-0.0392	-0.2876	0.0873	0.0108	0.0731	-0.0071	-0.0078	-0.0053	-0.0339	0.0592	0.0299	0.0114	0.0831	-0.0126	0.0631	11.5691	28.7688	27.215
15	0.6026	-0.9456	2.6223	6.9045	-7.4636	13.5369	0.061	0.094	0.0231	-0.2022	-0.3973	-0.2345	0.2049	0.5497	0.3363	0.0389	0.0449	-0.0055	0.1092	-0.0108	0.1449	38.8418	23.4613	10.4921
16	6.2283	5.8998	-6.1028	12.2124	-8.7986	10.2632	0.4429	-0.0636	0.4033	0.5901	0.0105	0.4471	-0.5546	0.0119	-0.4535	0.066	0.0341	0.017	0.0559	0.0093	0.1293	1.7927	36.6805	21.4613
17	11.1978	3.5642	-5.2368	14.1305	-3.9217	13.561	0.0353	-0.3477	0.2867	0.374	-0.1342	-0.2089	-0.127	0.1576	0.099	0.0309	-0.0112	-0.0438	0.0343	-0.0093	0.0946	37.4624	24.2083	24.4973
18	24.2273	-14.3985	-1.2359	15.842	-0.0817	9.7165	-0.1225	0.4372	-0.2233	-0.0371	-0.2663	-0.0232	0.2628	0.1376	0.3889	0.0096	0	0.0095	0.0142	0.0098	0.0612	2.4877	23.0894	24.1003
19	1.7691	-1.056	-1.8309	2.9412	-0.9852	5.1933	-0.0241	-0.1636	0.029	0.0489	-0.0611	-0.2322	0.2064	0.3467	0.0852	0.0404	-0.0099	-0.005	0.0568	-0.0004	0.0615	36.2834	21.5242	19.6904
20	2.24	1.3471	-2.1097	3.3627	-1.0137	3.0882	0.004	-0.1613	0.0454	0.1313	0.0625	0.2936	-0.073	0.0004	-0.0665	0.0225	0.0269	-0.0036	0.0696	0.0169	0.0914	4.0805	28.5176	25.4457

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	21 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 20
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 20
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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