PDB-3s9f: The structure of Tryparedoxin I from Leishmania major

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s9f

タイトル

The structure of Tryparedoxin I from Leishmania major

要素

Tryparedoxin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / thioredoxin fold / disulfide reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / hydrogen peroxide catabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Fiorillo, A. / Ilari, A. / Colotti, G.

引用

ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2012
タイトル: The crystal structures of the tryparedoxin-tryparedoxin peroxidase couple unveil the structural determinants of Leishmania detoxification pathway.
著者: Fiorillo, A. / Colotti, G. / Boffi, A. / Baiocco, P. / Ilari, A.

履歴

登録	2011年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月2日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s9f.cif.gz	77.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s9f.ent.gz	57.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s9f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3s9f_validation.pdf.gz	431.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s9f_full_validation.pdf.gz	432.1 KB	表示
XML形式データ	3s9f_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	3s9f_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/3s9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/3s9f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tueC 1ewxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3aye-d 3grv-d 6tsm-d 3fyd-d 6tsp-d 6nc4-1 4f49-4 3h1z-d 2vl2-1 2iho-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryparedoxin

ヘテロ分子

18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tryparedoxin

ヘテロ分子

A: Tryparedoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.564, 134.663, 70.924
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Tryparedoxin 分子量: 18733.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 株: Friedlin / 遺伝子: TXN1, LMJF_29_1160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: E9ADX4
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20-24% PEG 3350, 0.1M tris HCl, 50mM magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月22日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→67.27 Å / Num. all: 15357 / Num. obs: 15146 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 24.2 Å² / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 21.03
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1537 / R_sym value: 0.557 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0043	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1ewx

1ewx

解像度: 1.8→67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 5.63 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24195	760	5 %	RANDOM
R_work	0.20135	-	-	-
obs	0.20327	14386	98.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.937 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1158	0	5	67	1230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.359	1.939	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.531	5	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.104	23.81	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.884	15	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.727	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	969
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.663	1.5	738
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.216	2	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.013	3	500
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.11	4.5	484

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.849 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	40	-
R_work	0.224	1047	-
obs	-	1047	97.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2203	3.0168	-1.0668	9.8577	1.7744	8.3519	-0.1543	0.096	-0.5408	-0.0385	0.0006	-0.1866	0.5757	0.0103	0.1537	0.1416	0.0033	0.0286	0.116	-0.0069	0.094	1.5298	11.9855	-21.1415
2	1.0166	2.2393	1.1445	5.1194	3.4067	5.8469	-0.2733	-0.0229	-0.1848	-0.5765	0.0862	-0.3586	-0.3492	0.8997	0.1871	0.0824	0.0167	0.0034	0.3575	0.0599	0.2052	8.2732	22.1183	-11.2603
3	2.3885	3.6375	0.099	12.7311	-1.5956	1.6732	-0.2314	0.5394	0.0146	-0.8983	-0.0048	-0.5325	0.3392	0.5577	0.2361	0.1492	0.0457	0.044	0.3694	0.0098	0.2156	10.6922	15.1671	-10.0654
4	2.511	-0.6139	-0.1189	3.3734	0.2886	3.4545	-0.0721	-0.2735	0.0743	0.4981	0.0184	-0.1002	0.1673	0.1765	0.0537	0.1138	0.0117	-0.0285	0.0738	-0.0113	0.0564	2.6168	19.5831	4.8494
5	1.4586	0.5698	-0.2538	2.6627	0.0596	3.405	-0.005	0.0504	0.2207	0.1087	-0.0017	0.0699	-0.3315	0.2023	0.0067	0.0783	-0.0116	-0.023	0.0658	-0.0118	0.1116	2.6597	26.6282	-3.6582
6	2.8694	-0.8092	-1.1978	3.824	0.9059	7.4381	0.0733	0.1859	0.1419	-0.0265	-0.041	0.2426	-0.0154	-0.4668	-0.0323	0.0046	-0.0096	0.0061	0.1041	-0.0191	0.1297	-8.3605	20.3117	-5.7958
7	2.0765	-1.3271	-2.5806	3.9055	4.0435	9.9354	0.0009	-0.0587	-0.0524	0.1104	-0.046	0.0436	0.3493	-0.1132	0.0451	0.096	-0.0075	0.0038	0.007	0.0007	0.0515	-3.8501	9.5512	0.2076
8	4.7665	-1.0725	1.0515	6.979	3.1343	9.5141	-0.0764	-0.4922	-0.2747	0.4414	0.0347	0.3412	0.7978	-0.0103	0.0417	0.3017	-0.0039	0.0252	0.0713	0.0418	0.0477	-1.4822	7.7113	8.932

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 17
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	18 - 29
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	30 - 62
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	63 - 93
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	94 - 113
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	114 - 130
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	131 - 145

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