[日本語] English
万見
- PDB-3s85: Discovery of New HIV Protease Inhibitors with Potential for Conve... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s85
タイトルDiscovery of New HIV Protease Inhibitors with Potential for Convenient Dosing and Reduced Side Effects: A-790742 and A-792611.
要素Protease/reverse transcriptase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Beta Barrel / Acid protease / Aspartic-type endopepidase activity / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / endonuclease activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYL N-[(2S)-1-[[(2S,3S,5S)-5-[[(2S)-2-(METHOXYCARBONYLAMINO)-3,3-DIMETHYL-BUTANOYL]AMINO]-3-OXIDANYL-6-PHENYL-1-(4-PYRIDIN-3-YLPHENYL)HEXAN-2-YL]AMINO]-3,3-DIMETHYL-1-OXIDANYLIDENE-BUTAN-2-YL]CARBAMATE / Chem-LK0 / Gag-Pol polyprotein / Protease/reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者DeGoey, D.A. / Flosi, W.J. / Grampovnik, D.J. / Flentge, C.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: 2-Pyridyl P1'-substituted symmetry-based human immunodeficiency virus protease inhibitors (A-792611 and A-790742) with potential for convenient dosing and reduced side effects.
著者: Degoey, D.A. / Grampovnik, D.J. / Flentge, C.A. / Flosi, W.J. / Chen, H.J. / Yeung, C.M. / Randolph, J.T. / Klein, L.L. / Dekhtyar, T. / Colletti, L. / Marsh, K.C. / Stoll, V. / Mamo, M. / ...著者: Degoey, D.A. / Grampovnik, D.J. / Flentge, C.A. / Flosi, W.J. / Chen, H.J. / Yeung, C.M. / Randolph, J.T. / Klein, L.L. / Dekhtyar, T. / Colletti, L. / Marsh, K.C. / Stoll, V. / Mamo, M. / Morfitt, D.C. / Nguyen, B. / Schmidt, J.M. / Swanson, S.J. / Mo, H. / Kati, W.M. / Molla, A. / Kempf, D.J.
履歴
登録2011年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Other
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protease/reverse transcriptase
B: Protease/reverse transcriptase
C: Protease/reverse transcriptase
D: Protease/reverse transcriptase
E: Protease/reverse transcriptase
F: Protease/reverse transcriptase
G: Protease/reverse transcriptase
H: Protease/reverse transcriptase
I: Protease/reverse transcriptase
J: Protease/reverse transcriptase
K: Protease/reverse transcriptase
L: Protease/reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,19318
ポリマ－129,96912
非ポリマー4,2236
水00
1
A: Protease/reverse transcriptase
B: Protease/reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3653
ポリマ－21,6622
非ポリマー7041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area10110 Å2
手法PISA
2
C: Protease/reverse transcriptase
D: Protease/reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3653
ポリマ－21,6622
非ポリマー7041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9950 Å2
手法PISA
3
E: Protease/reverse transcriptase
F: Protease/reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3653
ポリマ－21,6622
非ポリマー7041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
4
G: Protease/reverse transcriptase
H: Protease/reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3653
ポリマ－21,6622
非ポリマー7041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10010 Å2
手法PISA
5
I: Protease/reverse transcriptase
J: Protease/reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3653
ポリマ－21,6622
非ポリマー7041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10130 Å2
手法PISA
6
K: Protease/reverse transcriptase
L: Protease/reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3653
ポリマ－21,6622
非ポリマー7041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area9870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.478, 66.512, 87.595
Angle α, β, γ (deg.)110.41, 91.49, 93.64
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13E
23F
14G
24H
15I
25J
16K
26L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 99 / Label seq-ID: 1 - 99

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12CC
22DD
13EE
23FF
14GG
24HH
15II
25JJ
16KK
26LL

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Protease/reverse transcriptase


分子量: 10830.781 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QIQ7, UniProt: P12497*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-LK0 / methyl N-[(2S)-1-[[(2S,3S,5S)-5-[[(2S)-2-(methoxycarbonylamino)-3,3-dimethyl-butanoyl]amino]-3-oxidanyl-6-phenyl-1-(4-pyridin-3-ylphenyl)hexan-2-yl]amino]-3,3-dimethyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]carbamate


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 703.867 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H53N5O7
参照: METHYL N-[(2S)-1-[[(2S,3S,5S)-5-[[(2S)-2-(METHOXYCARBONYLAMINO)-3,3-DIMETHYL-BUTANOYL]AMINO]-3-OXIDANYL-6-PHENYL-1-(4-PYRIDIN-3-YLPHENYL)HEXAN-2-YL]AMINO]-3,3-DIMETHYL-1-OXIDANYLIDENE-BUTAN-2-YL]CARBAMATE

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.61 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 0.3-0.7M Sodium chloride, Na acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 58085 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 1.1 % / Biso Wilson estimate: 60.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 9.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / SU B: 19.468 / SU ML: 0.374 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.474 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28515 1500 5 %RANDOM
Rwork0.2346 ---
obs0.23719 28293 96.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20.88 Å2-0.78 Å2
2--2.37 Å21.55 Å2
3----1.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9120 0 306 0 9426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0229594
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0092.02213020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.93951176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.64225336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.957151704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5841548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.027128
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1740.23906
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.26352
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1080.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1220.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2561.56061
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.45129516
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.38333985
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6714.53504
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / 数: 760 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.380.5
2Cmedium positional0.380.5
3Emedium positional0.370.5
4Gmedium positional0.380.5
5Imedium positional0.40.5
6Kmedium positional0.490.5
1Amedium thermal0.292
2Cmedium thermal0.222
3Emedium thermal0.22
4Gmedium thermal0.232
5Imedium thermal0.292
6Kmedium thermal0.592
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.452 90 -
Rwork0.353 1956 -
obs--90.41 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る