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- PDB-3s84: Dimeric apoA-IV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s84
タイトルDimeric apoA-IV
要素Apolipoprotein A-IV
キーワードTRANSPORT PROTEIN / four helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-lipid complex assembly / : / chylomicron assembly / negative regulation of plasma lipoprotein oxidation / positive regulation of triglyceride catabolic process / chylomicron remodeling / response to lipid hydroperoxide / protein metabolic process => GO:0019538 / response to stilbenoid / regulation of intestinal cholesterol absorption ...protein-lipid complex assembly / : / chylomicron assembly / negative regulation of plasma lipoprotein oxidation / positive regulation of triglyceride catabolic process / chylomicron remodeling / response to lipid hydroperoxide / protein metabolic process => GO:0019538 / response to stilbenoid / regulation of intestinal cholesterol absorption / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / regulation of cholesterol transport / positive regulation of lipoprotein lipase activity / phosphatidylcholine metabolic process / very-low-density lipoprotein particle remodeling / Chylomicron remodeling / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activator activity / lipid transporter activity / Chylomicron assembly / lipoprotein metabolic process / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / chylomicron / phosphatidylcholine binding / high-density lipoprotein particle remodeling / phospholipid efflux / very-low-density lipoprotein particle / reverse cholesterol transport / cholesterol transfer activity / high-density lipoprotein particle assembly / high-density lipoprotein particle / triglyceride homeostasis / lipid transport / retinoid metabolic process / cholesterol efflux / leukocyte cell-cell adhesion / cholesterol binding / cholesterol biosynthetic process / lipid homeostasis / antioxidant activity / positive regulation of lipid biosynthetic process / lipid catabolic process / Retinoid metabolism and transport / removal of superoxide radicals / cholesterol metabolic process / innate immune response in mucosa / cholesterol homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / phospholipid binding / collagen-containing extracellular matrix / early endosome / blood microparticle / copper ion binding / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lipid binding / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2890 / Apolipoprotein / Apolipoprotein A/E / Apolipoprotein A1/A4/E domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Apolipoprotein A-IV
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Deng, X. / Davidson, W.S. / Thompson, T.B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: The Structure of Dimeric Apolipoprotein A-IV and Its Mechanism of Self-Association.
著者: Deng, X. / Morris, J. / Dressmen, J. / Tubb, M.R. / Tso, P. / Jerome, W.G. / Davidson, W.S. / Thompson, T.B.
履歴
登録2011年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein A-IV
B: Apolipoprotein A-IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3314
ポリマ－63,1392
非ポリマー1922
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11970 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area25870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.825, 70.825, 512.383
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Apolipoprotein A-IV / Apo-AIV / ApoA-IV / Apolipoprotein A4


分子量: 31569.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06727
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch plate / pH: 7.5
詳細: Crystal grew in pH 8.5 PEG and AmSO4, Dehydration in 60% PEG, Batch plate, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9794947, 0.9796317, 0.9494888
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月10日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing. Design parameters for this beamline are: Monochromator energy range 3.5 ...モノクロメーター: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing. Design parameters for this beamline are: Monochromator energy range 3.5 35 keV monochromator energy resolution E/E < 2x10-4 over full energy range
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97949471
20.97963171
30.94948881
反射解像度: 2.39→18.86 Å / Num. obs: 31511 / % possible obs: 99.9 % / Biso Wilson estimate: 74.37 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
CRANK位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→18.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9505 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2291 1583 5.09 %RANDOM
Rwork0.2002 ---
obs0.2016 31126 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 95.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.3438 Å20 Å20 Å2
2---4.3438 Å20 Å2
3---8.6877 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.565 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→18.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3906 0 10 22 3938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013992HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.125363HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1561SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes157HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes560HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3992HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.25
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion506SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5126SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2414 131 4.74 %
Rwork0.23 2634 -
all0.2306 2765 -
obs--99.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6036-1.1422-1.1394-2.52012.47670.41570.0441-0.36440.00270.38280.11370.00640.0423-0.1485-0.15780.0948-0.27610.16820.1412-0.0592-0.19564.213375.0675-60.3926
21.92980.3733-1.483119.04150.776700.14490.25850.0492-1.7735-0.37780.09820.035-0.45810.2330.2069-0.2339-0.034-0.0785-0.0169-0.44996.847460.0783-77.981
33.83145.03360.21286.688-1.30570.24780.2645-0.4312-0.30430.2566-0.557-0.16430.8769-0.50820.29250.3448-0.48060.16020.0295-0.0565-0.19860.954929.4412-58.5373
44.8626.3444-2.21137.704-3.84652.3671-0.49270.1136-0.5752-0.1342-0.0477-0.7602-0.50620.43790.54050.4773-0.41070.1095-0.10140.0046-0.185-8.97736.1706-35.9207
56.70581.2674-6.09266.735-5.83351.6588-0.0592-0.1968-0.00890.0472-0.1092-0.32280.1390.73460.16840.1741-0.13330.001-0.31760.0034-0.3212-24.2404-11.6116-13.1957
63.95653.0202-1.76823.5138-2.19240-0.0885-0.3871-0.39010.06580.11190.27210.36880.2458-0.02330.23020.07180.1161-0.09150.1442-0.0671-39.8169-28.368910.508
74.28154.9772-4.66164.3201-2.81157.4033-0.44610.2993-0.33750.0899-0.0870.21830.6391-0.14450.53310.2868-0.01510.1745-0.10480.0442-0.0083-48.2854-30.86326.0568
82.18671.4088-1.53140.8978-1.21563.287-0.07330.20930.2925-0.27510.33710.496-0.0145-0.5297-0.26380.2219-0.0558-0.0007-0.27360.0251-0.2718-31.9468-7.0414-16.5118
92.76230.2165-1.3399-0.36094.83684.3852-0.28530.48770.2987-0.2130.4963-0.0705-0.4227-0.0864-0.2110.4455-0.2218-0.0707-0.2810.0592-0.1999-22.4996.9895-23.1395
103.74125.2052-3.81424.7634-5.16863.72730.3691-0.18120.60090.28530.03790.8801-0.6845-0.0925-0.4070.54740.05530.208-0.23560.0352-0.0947-43.5931-12.15974.3945
11-1.9331.1165.57581.933-2.60600.00790.09950.2149-0.0285-0.08310.1979-0.2740.10110.07530.3184-0.0710.14810.30470.0097-0.1382-67.3033-25.47691.8447
1219.23779.9373-5.22915.2007-3.17371.66470.6193-0.8752-0.1960.4366-0.5953-0.0754-0.39380.3668-0.0240.08550.09320.093-0.27960.0488-0.3294-48.0071-25.716317.1267
135.88233.7904-2.61832.416-2.71898.971-0.0558-0.2902-0.1069-0.23130.0335-0.2335-1.37740.50720.02230.4495-0.15740.006-0.20140.0227-0.2965-24.1991-5.3766-4.1314
145.22155.85170.70815.0175-0.41500.1073-0.5638-0.37180.2561-0.8774-0.7478-0.65751.01730.77010.3946-0.34760.0445-0.2570.0735-0.3015-6.08319.8445-26.2233
15-1.87442.4255-1.088510.01821.236300.2978-0.142-0.20140.0412-0.2789-1.00290.2410.3392-0.01890.3879-0.7196-0.07610.16580.1518-0.34814.329728.0145-43.6805
160.36360.534-0.885516.2842-6.39764.88530.137-0.0613-0.0543-0.3375-0.4326-0.8404-0.04650.12650.2955-0.1605-0.30670.0754-0.3205-0.0374-0.460712.818253.2137-68.9824
170.59191.99580.57165.7179-3.08074.82470.3134-0.05620.22910.9248-0.1740.37440.4103-0.7994-0.13940.31-0.37760.1923-0.1061-0.1016-0.29385.286352.4844-58.178
18-1.55231.61131.00334.2395-0.758918.1608-0.41570.7062-0.13020.05090.64520.1931-0.232-0.4585-0.22950.4112-0.65320.12560.12030.0032-0.318-9.774123.0982-38.314
19-0.33251.40940.58074.74140.07250.1011-0.15540.01560.7271-0.15560.51851.3475-0.1582-0.8917-0.3631-0.0878-0.3862-0.0094-0.06160.04-0.1848-3.540544.7587-62.6734
205.4145-2.12014.4003-4.2529-0.379800.14950.1313-0.0215-0.4291-0.16230.7553-0.1468-0.15330.01280.1897-0.2177-0.4157-0.26920.06740.0740.17166.1794-77.0273
213.6036-1.1422-1.1394-2.52012.47670.41570.0441-0.36440.00270.38280.11370.00640.0423-0.1485-0.15780.0948-0.27610.16820.1412-0.0592-0.19564.213375.0675-60.3926
221.92980.3733-1.483119.04150.776700.14490.25850.0492-1.7735-0.37780.09820.035-0.45810.2330.2069-0.2339-0.034-0.0785-0.0169-0.44996.847460.0783-77.981
233.83145.03360.21286.688-1.30570.24780.2645-0.4312-0.30430.2566-0.557-0.16430.8769-0.50820.29250.3448-0.48060.16020.0295-0.0565-0.19860.954929.4412-58.5373
244.8626.3444-2.21137.704-3.84652.3671-0.49270.1136-0.5752-0.1342-0.0477-0.7602-0.50620.43790.54050.4773-0.41070.1095-0.10140.0046-0.185-8.97736.1706-35.9207
256.70581.2674-6.09266.735-5.83351.6588-0.0592-0.1968-0.00890.0472-0.1092-0.32280.1390.73460.16840.1741-0.13330.001-0.31760.0034-0.3212-24.2404-11.6116-13.1957
263.95653.0202-1.76823.5138-2.19240-0.0885-0.3871-0.39010.06580.11190.27210.36880.2458-0.02330.23020.07180.1161-0.09150.1442-0.0671-39.8169-28.368910.508
274.28154.9772-4.66164.3201-2.81157.4033-0.44610.2993-0.33750.0899-0.0870.21830.6391-0.14450.53310.2868-0.01510.1745-0.10480.0442-0.0083-48.2854-30.86326.0568
282.18671.4088-1.53140.8978-1.21563.287-0.07330.20930.2925-0.27510.33710.496-0.0145-0.5297-0.26380.2219-0.0558-0.0007-0.27360.0251-0.2718-31.9468-7.0414-16.5118
292.76230.2165-1.3399-0.36094.83684.3852-0.28530.48770.2987-0.2130.4963-0.0705-0.4227-0.0864-0.2110.4455-0.2218-0.0707-0.2810.0592-0.1999-22.4996.9895-23.1395
303.74125.2052-3.81424.7634-5.16863.72730.3691-0.18120.60090.28530.03790.8801-0.6845-0.0925-0.4070.54740.05530.208-0.23560.0352-0.0947-43.5931-12.15974.3945
31-1.9331.1165.57581.933-2.60600.00790.09950.2149-0.0285-0.08310.1979-0.2740.10110.07530.3184-0.0710.14810.30470.0097-0.1382-67.3033-25.47691.8447
3219.23779.9373-5.22915.2007-3.17371.66470.6193-0.8752-0.1960.4366-0.5953-0.0754-0.39380.3668-0.0240.08550.09320.093-0.27960.0488-0.3294-48.0071-25.716317.1267
335.88233.7904-2.61832.416-2.71898.971-0.0558-0.2902-0.1069-0.23130.0335-0.2335-1.37740.50720.02230.4495-0.15740.006-0.20140.0227-0.2965-24.1991-5.3766-4.1314
345.22155.85170.70815.0175-0.41500.1073-0.5638-0.37180.2561-0.8774-0.7478-0.65751.01730.77010.3946-0.34760.0445-0.2570.0735-0.3015-6.08319.8445-26.2233
35-1.87442.4255-1.088510.01821.236300.2978-0.142-0.20140.0412-0.2789-1.00290.2410.3392-0.01890.3879-0.7196-0.07610.16580.1518-0.34814.329728.0145-43.6805
360.36360.534-0.885516.2842-6.39764.88530.137-0.0613-0.0543-0.3375-0.4326-0.8404-0.04650.12650.2955-0.1605-0.30670.0754-0.3205-0.0374-0.460712.818253.2137-68.9824
370.59191.99580.57165.7179-3.08074.82470.3134-0.05620.22910.9248-0.1740.37440.4103-0.7994-0.13940.31-0.37760.1923-0.1061-0.1016-0.29385.286352.4844-58.178
38-1.55231.61131.00334.2395-0.758918.1608-0.41570.7062-0.13020.05090.64520.1931-0.232-0.4585-0.22950.4112-0.65320.12560.12030.0032-0.318-9.774123.0982-38.314
39-0.33251.40940.58074.74140.07250.1011-0.15540.01560.7271-0.15560.51851.3475-0.1582-0.8917-0.3631-0.0878-0.3862-0.0094-0.06160.04-0.1848-3.540544.7587-62.6734
405.4145-2.12014.4003-4.2529-0.379800.14950.1313-0.0215-0.4291-0.16230.7553-0.1468-0.15330.01280.1897-0.2177-0.4157-0.26920.06740.0740.17166.1794-77.0273
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|94 - A|105 }A94 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|106 - A|138 }A106 - 138
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|139 - A|159 }A139 - 159
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|160 - A|184 }A160 - 184
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|185 - A|201 }A185 - 201
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|202 - A|227 }A202 - 227
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|228 - A|252 }A228 - 252
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|253 - A|276 }A253 - 276
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|277 - A|297 }A277 - 297
10X-RAY DIFFRACTION10{ A|298 - A|332 }A298 - 332
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|92 - B|104 }B92 - 104
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|105 - B|140 }B105 - 140
13X-RAY DIFFRACTION13{ B|141 - B|161 }B141 - 161
14X-RAY DIFFRACTION14{ B|162 - B|182 }B162 - 182
15X-RAY DIFFRACTION15{ B|183 - B|196 }B183 - 196
16X-RAY DIFFRACTION16{ B|197 - B|231 }B197 - 231
17X-RAY DIFFRACTION17{ B|232 - B|266 }B232 - 266
18X-RAY DIFFRACTION18{ B|267 - B|298 }B267 - 298
19X-RAY DIFFRACTION19{ B|299 - B|324 }B299 - 324
20X-RAY DIFFRACTION20{ B|325 - B|332 }B325 - 332
21X-RAY DIFFRACTION21{ A|94 - A|105 }A94 - 105
22X-RAY DIFFRACTION22{ A|106 - A|138 }A106 - 138
23X-RAY DIFFRACTION23{ A|139 - A|159 }A139 - 159
24X-RAY DIFFRACTION24{ A|160 - A|184 }A160 - 184
25X-RAY DIFFRACTION25{ A|185 - A|201 }A185 - 201
26X-RAY DIFFRACTION26{ A|202 - A|227 }A202 - 227
27X-RAY DIFFRACTION27{ A|228 - A|252 }A228 - 252
28X-RAY DIFFRACTION28{ A|253 - A|276 }A253 - 276
29X-RAY DIFFRACTION29{ A|277 - A|297 }A277 - 297
30X-RAY DIFFRACTION30{ A|298 - A|332 }A298 - 332
31X-RAY DIFFRACTION31{ B|92 - B|104 }B92 - 104
32X-RAY DIFFRACTION32{ B|105 - B|140 }B105 - 140
33X-RAY DIFFRACTION33{ B|141 - B|161 }B141 - 161
34X-RAY DIFFRACTION34{ B|162 - B|182 }B162 - 182
35X-RAY DIFFRACTION35{ B|183 - B|196 }B183 - 196
36X-RAY DIFFRACTION36{ B|197 - B|231 }B197 - 231
37X-RAY DIFFRACTION37{ B|232 - B|266 }B232 - 266
38X-RAY DIFFRACTION38{ B|267 - B|298 }B267 - 298
39X-RAY DIFFRACTION39{ B|299 - B|324 }B299 - 324
40X-RAY DIFFRACTION40{ B|325 - B|332 }B325 - 332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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