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- PDB-3s7x: Unassembled Washington University Polyomavirus VP1 Pentamer R198K... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s7x
タイトルUnassembled Washington University Polyomavirus VP1 Pentamer R198K Mutant
要素Major capsid protein VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / jelly-roll fold / antiparallel beta sandwich / major capsid protein
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種WU Polyomavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Neu, U. / Wang, J. / Stehle, T.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Structures of the major capsid proteins of the human KI and WU polyomaviruses.
著者: Neu, U. / Wang, J. / Macejak, D. / Garcea, R.L. / Stehle, T.
履歴
登録2011年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein VP1
B: Major capsid protein VP1
C: Major capsid protein VP1
D: Major capsid protein VP1
E: Major capsid protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,86720
ポリマ－145,1145
非ポリマー75315
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20980 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area48810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.200, 166.200, 127.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
12A
22B
32C
42D
52E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A31 - 63
2113B31 - 63
3113C31 - 63
4113D31 - 63
5113E31 - 63
1213A67 - 104
2213B67 - 104
3213C67 - 104
4213D67 - 104
5213E67 - 104
1313A117 - 138
2313B117 - 138
3313C117 - 138
4313D117 - 138
5313E117 - 138
1413A140 - 182
2413B140 - 182
3413C140 - 182
4413D140 - 182
5413E140 - 182
1513A185 - 294
2513B185 - 294
3513C185 - 294
4513D185 - 294
5513E185 - 294
1126A1
2126B1
3126C1
4126D1
5126E1

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Major capsid protein VP1 / Major structural protein VP1


分子量: 29022.891 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 34-296 / 変異: R198K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) WU Polyomavirus (ウイルス) / 遺伝子: VP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5HBD5
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
Has protein modificationY
配列の詳細THE R198K MUTATION WAS INTRODUCED INTO THE WILD-TYPE PROTEIN TO REMOVE A NON-CANONICAL THROMBIN ...THE R198K MUTATION WAS INTRODUCED INTO THE WILD-TYPE PROTEIN TO REMOVE A NON-CANONICAL THROMBIN CLEAVAGE SITE TO OBTAIN A HOMOGENEOUS SAMPLE FOR CRYSTALLIZATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.48 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M trisodium citrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 20 % (v/v) isopropanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 282K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. all: 40144 / Num. obs: 39647 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→43.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 17.497 / SU ML: 0.315 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25296 3038 7.6 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.23545 36689 98.73 %-
all-39647 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.169 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.68 Å20 Å20 Å2
2--1.68 Å20 Å2
3----3.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→43.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9935 0 40 0 9975
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02210209
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1971.96913942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.42751291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.88323.918416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.367151556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9321560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0227794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.63726488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.008410535
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.89623719
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.35443407
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A960tight positional0.020.05
2B960tight positional0.020.05
3C960tight positional0.020.05
4D960tight positional0.020.05
5E960tight positional0.020.05
1A885loose positional0.025
2B885loose positional0.025
3C885loose positional0.025
4D885loose positional0.025
5E885loose positional0.025
1A960tight thermal0.040.5
2B960tight thermal0.040.5
3C960tight thermal0.040.5
4D960tight thermal0.040.5
5E960tight thermal0.040.5
1A885loose thermal0.0310
2B885loose thermal0.0310
3C885loose thermal0.0310
4D885loose thermal0.0310
5E885loose thermal0.0310
LS精密化 シェル解像度: 2.897→2.972 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 215 -
Rwork0.37 2649 -
obs--98.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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