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- PDB-3s7w: Structure of the TvNiRb form of Thioalkalivibrio nitratireducens ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s7w
タイトルStructure of the TvNiRb form of Thioalkalivibrio nitratireducens cytochrome c nitrite reductase with an oxidized Gln360 in a complex with hydroxylamine
要素Eight-heme nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / eight hemes c / Tyr-Cys (CE2-S) and Tyr-Gln (CE1-CG) bonds
機能・相同性
機能・相同性情報


ammonium ion metabolic process / nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) / nitrite reductase (cytochrome, ammonia-forming) activity / anaerobic electron transport chain / nitrate assimilation / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #3080 / Cytochrome c552 / Cytochrome c552 / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Multiheme cytochrome superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Helix Hairpins ...Helix Hairpins - #3080 / Cytochrome c552 / Cytochrome c552 / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Multiheme cytochrome superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / HEME C / NITRITE ION / Cytochrome c-552 / Cytochrome c-552
類似検索 - 構成要素
生物種Thioalkalivibrio nitratireducens (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Trofimov, A.A. / Polyakov, K.M. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the TvNiRb form of Thioalkalivibrio nitratireducens cytochrome c nitrite reductase with an oxidized Gln360 in a complex with hydroxylamine
著者: Trofimov, A.A. / Polyakov, K.M. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O.
履歴
登録2011年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eight-heme nitrite reductase
B: Eight-heme nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,54633
ポリマ－117,6692
非ポリマー10,87731
水19,6001088
1
A: Eight-heme nitrite reductase
B: Eight-heme nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Eight-heme nitrite reductase
B: Eight-heme nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Eight-heme nitrite reductase
B: Eight-heme nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)385,63999
ポリマ－353,0086
非ポリマー32,63193
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area96580 Å2
ΔGint-1318 kcal/mol
Surface area96830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.890, 194.890, 194.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-611-

HOH

21A-927-

HOH

31A-948-

HOH

41A-1044-

HOH

51A-1045-

HOH

61B-934-

HOH

71B-955-

HOH

81B-1043-

HOH

91B-1049-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Eight-heme nitrite reductase


分子量: 58834.641 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 33-551 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thioalkalivibrio nitratireducens (紅色硫黄細菌)
株: ALEN 2 / 参照: UniProt: Q5F2I3, UniProt: L0DSL2*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 1119分子

#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1088 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.38 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution (2.5mcl): 10.0 mg/ml TvNiRb, 0.05M Tris-HCl (pH7.2). Reservoir solution (2.5mcl): 1.26M tri-sodium citrate dihydrate, 0.09M HEPES/NaOH, 10% v/v glycerol, 0.1M hydroxylamine., ...詳細: Protein solution (2.5mcl): 10.0 mg/ml TvNiRb, 0.05M Tris-HCl (pH7.2). Reservoir solution (2.5mcl): 1.26M tri-sodium citrate dihydrate, 0.09M HEPES/NaOH, 10% v/v glycerol, 0.1M hydroxylamine., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.812 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.812 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→19.7 Å / Num. obs: 223578 / % possible obs: 97.2 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.79→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 84.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OT4

2ot4


解像度: 1.79→19.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.405 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17247 11224 5 %RANDOM
Rwork0.1531 ---
obs0.15408 212354 97.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.743 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.169 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8229 0 744 1088 10061
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0219491
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4592.14512961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.11551037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.57923.766470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.686151394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6721567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0217473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7181.55189
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27128326
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.08634302
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1784.54634
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.792→1.839 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 720 -
Rwork0.232 13719 -
obs--85.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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