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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3s7e | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Ara h 1 | ||||||
要素 | Allergen Ara h 1, clone P41B | ||||||
キーワード | ALLERGEN / bicupin / vicilin / seed storage protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Arachis hypogaea (トウジンマメ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å | ||||||
データ登録者 | Chruszcz, M. / Maleki, S.J. / Solberg, R. / Minor, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Structural and Immunologic Characterization of Ara h 1, a Major Peanut Allergen. 著者: Chruszcz, M. / Maleki, S.J. / Majorek, K.A. / Demas, M. / Bublin, M. / Solberg, R. / Hurlburt, B.K. / Ruan, S. / Mattisohn, C.P. / Breiteneder, H. / Minor, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3s7e.cif.gz | 286 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3s7e.ent.gz | 232.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3s7e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3s7e_validation.pdf.gz | 444.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3s7e_full_validation.pdf.gz | 460.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3s7e_validation.xml.gz | 28.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3s7e_validation.cif.gz | 38.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/3s7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/3s7e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 172 - 585 / Label seq-ID: 4 - 417
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47599.012 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 170-586 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ) プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P43238 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 15% PEG400, 100 mM NaCl, Na citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5718 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月25日 / 詳細: mirrors (VariMax) | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: VariMax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5718 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 19169 / Num. obs: 19169 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 18.5 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 680 / Rsym value: 0.159 / % possible all: 64.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2EA7 解像度: 2.71→25.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.76 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.717 / SU B: 36.192 / SU ML: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. LOW VALUES OF THE CORRELATION COEFFICIENTS ARE MOST LIKELY CAUSED BY POOR QUALITY OF THE CRYSTAL USED FOR THE EXPERIMENT. DIFFRACTION DATA ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. LOW VALUES OF THE CORRELATION COEFFICIENTS ARE MOST LIKELY CAUSED BY POOR QUALITY OF THE CRYSTAL USED FOR THE EXPERIMENT. DIFFRACTION DATA FROM THIS CRYSTAL ARE HIGHLY ANISOTROPIC.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.248 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.71→25.69 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.71→2.78 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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