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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3s7e | ||||||
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Title | Crystal structure of Ara h 1 | ||||||
![]() | Allergen Ara h 1, clone P41B | ||||||
![]() | ALLERGEN / bicupin / vicilin / seed storage protein | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chruszcz, M. / Maleki, S.J. / Solberg, R. / Minor, W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and Immunologic Characterization of Ara h 1, a Major Peanut Allergen. Authors: Chruszcz, M. / Maleki, S.J. / Majorek, K.A. / Demas, M. / Bublin, M. / Solberg, R. / Hurlburt, B.K. / Ruan, S. / Mattisohn, C.P. / Breiteneder, H. / Minor, W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 286 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 232.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3s7iC ![]() 2ea7S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 172 - 585 / Label seq-ID: 4 - 417
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 47599.012 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 170-586 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 15% PEG400, 100 mM NaCl, Na citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 92 / Detector: CCD / Date: Jan 25, 2011 / Details: mirrors (VariMax) | |||||||||||||||
Radiation | Monochromator: VariMax / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5718 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. all: 19169 / Num. obs: 19169 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 18.5 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 680 / Rsym value: 0.159 / % possible all: 64.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2EA7 Resolution: 2.71→25.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.76 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.717 / SU B: 36.192 / SU ML: 0.355 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.098 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. LOW VALUES OF THE CORRELATION COEFFICIENTS ARE MOST LIKELY CAUSED BY POOR QUALITY OF THE CRYSTAL USED FOR THE EXPERIMENT. DIFFRACTION DATA ...Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. LOW VALUES OF THE CORRELATION COEFFICIENTS ARE MOST LIKELY CAUSED BY POOR QUALITY OF THE CRYSTAL USED FOR THE EXPERIMENT. DIFFRACTION DATA FROM THIS CRYSTAL ARE HIGHLY ANISOTROPIC.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.248 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.71→25.69 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.71→2.78 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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