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- PDB-3s70: Crystal structure of active caspase-6 bound with Ac-VEID-CHO solv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s70
タイトルCrystal structure of active caspase-6 bound with Ac-VEID-CHO solved by As-SAD
要素
  • Caspase-6
  • aldehyde inhibitor Ac-VEID-CHO
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / caspase-6 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-6 / Breakdown of the nuclear lamina / regulation of programmed cell death / positive regulation of necroptotic process / cellular response to staurosporine / : / : / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / pyroptotic inflammatory response / hepatocyte apoptotic process ...caspase-6 / Breakdown of the nuclear lamina / regulation of programmed cell death / positive regulation of necroptotic process / cellular response to staurosporine / : / : / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / pyroptotic inflammatory response / hepatocyte apoptotic process / Apoptotic cleavage of cellular proteins / protein autoprocessing / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / activation of innate immune response / cysteine-type peptidase activity / epithelial cell differentiation / positive regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain ...Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-L-valyl-L-alpha-glutamyl-N-[(2S)-1-carboxy-3-oxopropan-2-yl]-L-isoleucinamide / ACETATE ION / CACODYLATE ION / Caspase-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.625 Å
データ登録者Su, X.-D. / Liu, X. / Wang, X.-J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Get phases from arsenic anomalous scattering: de novo SAD phasing of two protein structures crystallized in cacodylate buffer
著者: Liu, X. / Zhang, H. / Wang, X.-J. / Li, L.-F. / Su, X.-D.
履歴
登録2011年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Other
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-6
B: aldehyde inhibitor Ac-VEID-CHO
C: Caspase-6
D: aldehyde inhibitor Ac-VEID-CHO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,25814
ポリマ－65,0784
非ポリマー1,17910
水12,016667
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6910 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.390, 89.450, 61.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Caspase-6 / CASP-6 / Apoptotic protease Mch-2 / Caspase-6 subunit p18 / Caspase-6 subunit p11


分子量: 32054.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP6 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA(DE3) / 参照: UniProt: P55212, caspase-6
#2: タンパク質・ペプチド aldehyde inhibitor Ac-VEID-CHO


タイプ: Polypeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 484.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
参照: N-acetyl-L-valyl-L-alpha-glutamyl-N-[(2S)-1-carboxy-3-oxopropan-2-yl]-L-isoleucinamide

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非ポリマー , 4種, 677分子

#3: 化合物
ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20%(w/v) PEG 8000, 0.2M magnesium acetate, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.625→25.3 Å / Num. all: 69470 / Num. obs: 68845 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 10.53 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.625→19.481 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9054 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1939 3483 5.06 %
Rwork0.1637 --
obs0.1652 68845 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.715 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 57.07 Å2 / Biso mean: 13.5034 Å2 / Biso min: 2.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.835 Å2-0 Å21.1745 Å2
2--2.249 Å20 Å2
3----0.414 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.625→19.481 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3892 0 29 667 4588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064069
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0445490
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074595
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004704
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.211465
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.625-1.64730.25561240.22282628275299
1.6473-1.67080.2231330.20732630276399
1.6708-1.69570.24841460.20192609275599
1.6957-1.72220.23981440.20612640278499
1.7222-1.75040.23131350.1922595273099
1.7504-1.78060.22581290.176526502779100
1.7806-1.81290.19921520.17472594274699
1.8129-1.84780.18381470.162626402787100
1.8478-1.88550.18731290.16292591272099
1.8855-1.92640.20731540.16442615276999
1.9264-1.97120.2111340.16182643277799
1.9712-2.02040.18671320.15142600273299
2.0204-2.0750.16721260.14892635276199
2.075-2.1360.17081230.14342629275299
2.136-2.20480.17491390.14732613275299
2.2048-2.28350.1941590.15292583274299
2.2835-2.37480.18871380.14462623276199
2.3748-2.48270.18551430.14922595273899
2.4827-2.61330.18281530.14982589274299
2.6133-2.77660.2021440.15632637278199
2.7766-2.99030.20771550.15432589274499
2.9903-3.28990.17671300.15182637276799
3.2899-3.7630.18621450.14152574271998
3.763-4.72970.13861290.12542623275298
4.7297-19.48220.15391400.1512600274096
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.7247 Å / Origin y: 48.8324 Å / Origin z: 48.7457 Å
111213212223313233
T0.0216 Å20.002 Å2-0.0036 Å2-0.0215 Å20.0045 Å2--0.0264 Å2
L0.1651 °2-0.0126 °2-0.1024 °2-0.1533 °20.0307 °2--0.2935 °2
S-0.0072 Å °-0.0145 Å °0.0102 Å °0.0011 Å °0.007 Å °0.0037 Å °0.0023 Å °-0.0017 Å °-0.0011 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA31 - 292
2X-RAY DIFFRACTION1allB0 - 4
3X-RAY DIFFRACTION1allC31 - 291
4X-RAY DIFFRACTION1allD0 - 4
5X-RAY DIFFRACTION1allC - A1 - 681
6X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 8
7X-RAY DIFFRACTION1allA1
8X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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