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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3s6u | ||||||
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タイトル | Caclcium-bound Ac-ASP-7 | ||||||
要素 | Ac-ASP-7 | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / PR domain / CAP domain / SCP/TAPS | ||||||
機能・相同性 | Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ancylostoma caninum (いぬこうちゅう) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Osman, A. / Wang, C.K. / Winter, A. / Loukas, A. / Tribolet, L. / Gasser, R. / Hofmann, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biotechnol Adv タイトル: Hookworm SCP/TAPS protein structure--A key to understanding host-parasite interactions and developing new interventions. 著者: Osman, A. / Wang, C.K. / Winter, A. / Loukas, A. / Tribolet, L. / Gasser, R.B. / Hofmann, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3s6u.cif.gz | 83.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3s6u.ent.gz | 61.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3s6u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3s6u_validation.pdf.gz | 434.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3s6u_full_validation.pdf.gz | 441.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3s6u_validation.xml.gz | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3s6u_validation.cif.gz | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/3s6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/3s6u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23511.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ancylostoma caninum (いぬこうちゅう) 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) #2: 化合物 | ChemComp-CA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | AS PER THE THE AUTHORS THERE IS AN UNEXPLAINED SEQUENCE MISMATCH BETWEEN THE GENBANK SEQUENCE AND ...AS PER THE THE AUTHORS THERE IS AN UNEXPLAINE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% MPD, 0.1 M TRIS, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1.3778 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3778 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→61 Å / Num. obs: 23262 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 54.2 Å2 / Rsym value: 0.063 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 14.5 % / Mean I/σ(I) obs: 14.9 / Num. unique all: 1777 / Rsym value: 0.169 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3S6S 解像度: 2.7→24.78 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.6 / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.588 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→24.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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