[日本語] English
万見
- PDB-3s6p: Crystal Structure of Helicoverpa Armigera Stunt Virus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s6p
タイトルCrystal Structure of Helicoverpa Armigera Stunt Virus
要素(Capsid protein) x 2
キーワードVIRUS / capsid / coat protein / beta barrel / Ig-like domain / icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1660 / V-type ATP synthase subunit C fold - #20 / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 - #70 / V-type ATP synthase subunit C fold / Peptidase N2 / Peptidase family A21 / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / Jelly Rolls - #20 / Helix Hairpins / Helix non-globular ...Helix Hairpins - #1660 / V-type ATP synthase subunit C fold - #20 / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 - #70 / V-type ATP synthase subunit C fold / Peptidase N2 / Peptidase family A21 / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / Jelly Rolls - #20 / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Helicoverpa armigera stunt virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Speir, J.A. / Chen, Z. / Taylor, D.J. / Johnson, J.E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Helicoverpa armigera stunt virus
著者: Speir, J.A. / Natarajan, P. / Taylor, D.J. / Chen, Z. / Johnson, J.E.
履歴
登録2011年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
E: Capsid protein
B: Capsid protein
F: Capsid protein
C: Capsid protein
G: Capsid protein
D: Capsid protein
H: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,17412
ポリマ－283,0238
非ポリマー1514
水23,5821309
1
A: Capsid protein
E: Capsid protein
B: Capsid protein
F: Capsid protein
C: Capsid protein
G: Capsid protein
D: Capsid protein
H: Capsid protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,990,459720
ポリマ－16,981,395480
非ポリマー9,064240
水8,647480
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
E: Capsid protein
B: Capsid protein
F: Capsid protein
C: Capsid protein
G: Capsid protein
D: Capsid protein
H: Capsid protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.42 MDa, 40 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,415,87260
ポリマ－1,415,11640
非ポリマー75520
水72140
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
E: Capsid protein
B: Capsid protein
F: Capsid protein
C: Capsid protein
G: Capsid protein
D: Capsid protein
H: Capsid protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.7 MDa, 48 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,699,04672
ポリマ－1,698,14048
非ポリマー90624
水86548
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein
E: Capsid protein
B: Capsid protein
F: Capsid protein
C: Capsid protein
G: Capsid protein
D: Capsid protein
H: Capsid protein
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 17 MDa, 480 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,990,459720
ポリマ－16,981,395480
非ポリマー9,064240
水8,647480
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)404.120, 405.570, 406.040
Angle α, β, γ (deg.)119.20, 114.44, 94.79
Int Tables number1
Space group name H-MP1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.752261, 0.176658, 0.634744), (0.464573, 0.540928, -0.701124), (-0.467209, 0.822312, 0.324851)
3generate(0.351403, 0.750407, 0.559834), (0.928346, -0.20187, -0.312131), (-0.121217, 0.629401, -0.767573)
4generate(0.351402, 0.928348, -0.121216), (0.750407, -0.20187, 0.6294), (0.559834, -0.312132, -0.767573)
5generate(0.75226, 0.464573, -0.467208), (0.176658, 0.540928, 0.822311), (0.634745, -0.701125, 0.324851)
6generate(0.880399, 0.128626, 0.456458), (0.128626, -0.991201, 0.031223), (0.456457, 0.031223, -0.889197)
7generate(0.974746, 0.158553, -0.157278), (-0.058524, -0.498304, -0.865028), (-0.215522, 0.852386, -0.476442)
8generate(0.806769, -0.036691, 0.589732), (-0.510468, 0.459383, 0.726908), (-0.297582, -0.887484, 0.351889)
9generate(0.974746, -0.058524, -0.215522), (0.158554, -0.498304, 0.852385), (-0.157278, -0.86503, -0.476442)
10generate(0.586122, 0.572289, -0.573545), (0.572289, -0.793516, -0.206943), (-0.573546, -0.206944, -0.792606)
11generate(0.327834, -0.509771, 0.795404), (0.307314, 0.853684, 0.420463), (-0.893358, 0.106602, 0.436522)
12generate(0.661437, -0.681125, -0.313972), (0.648875, 0.309758, 0.694994), (-0.376126, -0.663421, 0.646845)
13generate(0.373454, -0.878765, 0.297172), (0.921985, 0.316268, -0.223434), (0.102364, 0.357429, 0.928318)
14generate(0.314326, -0.510202, -0.800561), (0.607615, 0.75606, -0.243277), (0.729391, -0.409968, 0.547654)
15generate(-0.154315, 0.521148, 0.839403), (0.521147, -0.678848, 0.517278), (0.839403, 0.517279, -0.166837)
16generate(0.508785, -0.378313, 0.773321), (0.600457, -0.487771, -0.63367), (0.616926, 0.786744, -0.021014)
17generate(0.806768, -0.510469, -0.297582), (-0.036691, 0.459383, -0.887483), (0.589732, 0.726909, 0.351889)
18generate(0.508785, 0.600458, 0.616926), (-0.378312, -0.48777, 0.786743), (0.773321, -0.633672, -0.021014)
19generate(0.327833, 0.307315, -0.893358), (-0.509771, 0.853684, 0.106601), (0.795404, 0.420463, 0.436523)
20generate(-0.079627, -0.290337, 0.953609), (-0.290336, -0.908414, -0.300823), (0.953609, -0.300824, -0.011958)
21generate(0.494105, -0.862643, 0.108232), (-0.569831, -0.415357, -0.709067), (0.656628, 0.288679, -0.696788)
22generate(0.373454, 0.921987, 0.102364), (-0.878764, 0.316268, 0.357428), (0.297172, -0.223435, 0.928318)
23generate(0.661437, 0.648875, -0.376126), (-0.681125, 0.309758, -0.66342), (-0.313972, 0.694995, 0.646845)
24generate(0.494105, -0.569832, 0.656628), (-0.862641, -0.415357, 0.288678), (0.108231, -0.709068, -0.696788)
25generate(0.687824, -0.539065, -0.486123), (-0.539064, -0.827834, 0.155263), (-0.486124, 0.155263, -0.85999)
26generate(0.314327, 0.607616, 0.729391), (-0.510202, 0.75606, -0.409967), (-0.800561, -0.243277, 0.547654)
27generate(0.177956, 0.983984, 0.010443), (0.158975, -0.018275, -0.987112), (-0.971112, 0.177323, -0.159682)
28generate(0.177956, 0.158976, -0.971112), (0.983982, -0.018275, 0.177323), (0.010443, -0.987114, -0.159681)
29generate(-0.26615, -0.165009, 0.949703), (0.944887, 0.150216, 0.290901), (-0.190662, 0.974787, 0.115934)
30generate(-0.266151, 0.944888, -0.190662), (-0.165008, 0.150217, 0.974785), (0.949703, 0.290901, 0.115934)
31generate(0.288005, -0.312965, -0.905045), (-0.952109, 0.007741, -0.305659), (0.102666, 0.949734, -0.295746)
32generate(-0.199811, 0.318997, 0.926454), (-0.97676, -0.139683, -0.162565), (0.077553, -0.937407, 0.339494)
33generate(-0.289897, -0.948674, -0.12643), (-0.948672, 0.267392, 0.168902), (-0.12643, 0.168903, -0.977494)
34generate(-0.413105, 0.599058, -0.685918), (-0.908882, -0.223832, 0.351905), (0.057286, 0.768789, 0.636937)
35generate(-0.64032, 0.61304, 0.462797), (-0.499883, -0.790045, 0.354899), (0.583195, -0.004101, 0.812325)
36generate(-0.759766, -0.012522, -0.65008), (-0.517514, 0.616931, 0.592942), (0.393629, 0.786922, -0.475206)
37generate(-0.599735, -0.66834, 0.440056), (-0.668339, 0.115944, -0.734768), (0.440056, -0.734769, -0.516209)
38generate(-0.273636, -0.675558, -0.684655), (-0.37972, 0.729877, -0.568418), (0.883708, 0.104442, -0.456241)
39generate(-0.361831, 0.431333, -0.826462), (0.436227, 0.861819, 0.258805), (0.823887, -0.266886, -0.499988)
40generate(-0.199811, -0.976761, 0.077552), (0.318997, -0.139683, -0.937405), (0.926454, -0.162565, 0.339494)
41generate(-0.454454, 0.849539, -0.267882), (0.849538, 0.322921, -0.417149), (-0.267882, -0.41715, -0.868467)
42generate(-0.434959, -0.723721, -0.535768), (0.899089, -0.38179, -0.214199), (-0.049525, -0.574868, 0.816749)
43generate(-0.795127, -0.217913, -0.565944), (0.472941, 0.361349, -0.803591), (0.379615, -0.906614, -0.184262)
44generate(-0.640319, -0.499883, 0.583195), (0.613039, -0.790045, -0.0041), (0.462798, 0.3549, 0.812325)
45generate(-0.720583, 0.644677, 0.255266), (0.644676, 0.487389, 0.588941), (0.255266, 0.588941, -0.766807)
46generate(-0.759765, -0.517515, 0.393629), (-0.012522, 0.616931, 0.78692), (-0.65008, 0.592944, -0.475206)
47generate(-0.795127, 0.472942, 0.379614), (-0.217913, 0.361349, -0.906613), (-0.565944, -0.803592, -0.184262)
48generate(-0.884535, -0.038158, -0.464911), (-0.038158, -0.98739, 0.153641), (-0.46491, 0.153641, 0.871925)
49generate(-0.967241, -0.105612, 0.230857), (-0.105612, -0.659556, -0.744203), (0.230858, -0.744204, 0.626797)
50generate(-0.986388, 0.096051, 0.133489), (0.096051, -0.322428, 0.941711), (0.13349, 0.941713, 0.308816)
51generate(-0.995863, -0.090468, 0.008453), (-0.090468, 0.978591, -0.184864), (0.008453, -0.184865, -0.982728)
52generate(-0.434959, 0.899091, -0.049526), (-0.72372, -0.381789, -0.574867), (-0.535768, -0.214199, 0.816749)
53generate(-0.465918, -0.559202, -0.685727), (-0.559201, -0.414507, 0.717972), (-0.685727, 0.717974, -0.119575)
54generate(-0.273636, -0.37972, 0.883708), (-0.675557, 0.729877, 0.104442), (-0.684656, -0.568419, -0.456241)
55generate(0.288006, -0.95211, 0.102667), (-0.312964, 0.007741, 0.949733), (-0.905045, -0.305659, -0.295747)
56generate(0.113625, 0.368775, -0.92255), (-0.453205, -0.807088, -0.378444), (-0.884138, 0.461108, 0.075424)
57generate(-0.555788, 0.427526, -0.712973), (0.427525, -0.588543, -0.68618), (-0.712973, -0.686181, 0.144331)
58generate(-0.413105, -0.908883, 0.057286), (0.599057, -0.223832, 0.768788), (-0.685917, 0.351906, 0.636936)
59generate(-0.36183, 0.436227, 0.823887), (0.431332, 0.861819, -0.266885), (-0.826462, 0.258805, -0.499988)
60generate(0.113625, -0.453206, -0.884138), (0.368775, -0.807089, 0.461107), (-0.92255, -0.378444, 0.075424)

-
要素

#1: タンパク質
Capsid protein / CP / Coat protein / 64 kDa capsid protein / 7 kDa capsid protein


分子量: 63434.230 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 1-575 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicoverpa armigera stunt virus (ウイルス)
遺伝子: capsid protein / プラスミド: pVL941 / 細胞株 (発現宿主): SF21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q82462
#2: タンパク質
Capsid protein / CP / Coat protein / 64 kDa capsid protein / 7 kDa capsid protein


分子量: 7321.584 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 576-647 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicoverpa armigera stunt virus (ウイルス)
遺伝子: capsid protein / プラスミド: pVL941 / 細胞株 (発現宿主): SF21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q82462
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 62

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2 ul of 8mg/ml virus solution (50mM NaAce pH 5.0) added to 2 ul of 100mM bicine pH 8.0, 1.0% PEG8000, 150mM CaAce, 350-400mM NaCl. Trapezoid crystals appear in 2 days and grow for 3 weeks, ...詳細: 2 ul of 8mg/ml virus solution (50mM NaAce pH 5.0) added to 2 ul of 100mM bicine pH 8.0, 1.0% PEG8000, 150mM CaAce, 350-400mM NaCl. Trapezoid crystals appear in 2 days and grow for 3 weeks, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-110.979
シンクロトロンAPS 14-BM-C20.9
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 3151CCD
ADSC QUANTUM 42CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.91
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 1807513 / Num. obs: 1807513 / % possible obs: 27.3 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 1.2 % / Biso Wilson estimate: 35.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Χ2: 2.378 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.591.10.3322.1803871.47112.1
2.59-2.691.10.288881241.54813.3
2.69-2.821.10.2761010391.75215.3
2.82-2.961.10.2851276881.8519.3
2.96-3.151.20.271706052.02925.8
3.15-3.391.20.2241915062.13128.9
3.39-3.731.20.1922178732.33332.9
3.73-4.271.20.1682499782.49537.8
4.27-5.381.20.1342782952.57242.1
5.38-401.20.0923020182.73145.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
GLRF位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OHF

1ohf


解像度: 2.5→40 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: NOT USED / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rwork0.237 --
all0.24 1807472 -
obs0.24 1807472 27.3 %
溶媒の処理溶媒モデル: CNS / Bsol: 77.2284 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 140.48 Å2 / Biso mean: 40.5781 Å2 / Biso min: 13.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.921 Å2-0.487 Å23.506 Å2
2---2.112 Å2-1.564 Å2
3---0.191 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17902 0 4 1309 19215
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.619
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3941.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9012
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4912
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.0382.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: 60-FOLD ICOSAHEDRAL CONSTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.3356 -
obs-101707
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る