PDB-3s6h: Crystal structure of native mmNAGS/k

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s6h

タイトル

Crystal structure of native mmNAGS/k

要素

N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase

キーワード

TRANSFERASE / synthase and kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-glutamate N-acetyltransferase activity / acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / L-arginine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Maricaulis maris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.102 Å

データ登録者

Shi, D. / Li, Y. / Cabrera-Luque, J. / Jin, Z. / Yu, X. / Allewell, N.M. / Tuchman, M.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: A Novel N-acetylglutamate synthase architecture revealed by the crystal structure of the bifunctional enzyme from Maricaulis maris.
著者: Shi, D. / Li, Y. / Cabrera-Luque, J. / Jin, Z. / Yu, X. / Zhao, G. / Haskins, N. / Allewell, N.M. / Tuchman, M.

履歴

登録	2011年5月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s6h.cif.gz	682.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s6h.ent.gz	573.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s6h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/3s6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/3s6h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s6gSC 3s6kC 3s7yC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3s6g-2 3s6g-3 3s7y-d 5ia0-d 5ksw-d 4lsx-2 4zfo-d 6uqr-d 2vzb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (4)
#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (1)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (3)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
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グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase

B: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase

X: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase

Y: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase

ヘテロ分子

202 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase

X: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 2 ポリマー
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2

B: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase

Y: N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	114.587, 118.211, 152.279
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	N-acetylglutamate kinase / N-acetylglutamate synthase 分子量: 50050.512 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Maricaulis maris (バクテリア) / 株: MCS10 / 遺伝子: argA/B, Mmar10_0365 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta 2 参照: UniProt: Q0ASS9, amino-acid N-acetyltransferase, acetylglutamate kinase
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.25 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG3350, 200 mM NaCl and 100 mM Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月3日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 38113 / Num. obs: 36398 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 8.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
3.1-3.21	5.8	0.607	1	76.2
3.21-3.34	6	0.463	1	84.5
3.34-3.49	6.3	0.352	1	94.9
3.49-3.68	6.9	0.275	1	99.6
3.68-3.91	7.3	0.195	1	100
3.91-4.21	7.4	0.131	1	100
4.21-4.63	7.4	0.089	1	100
4.63-5.3	7.4	0.084	1	100
5.3-6.67	7.3	0.083	1	100
6.67-50	6.9	0.043	1	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3S6G

3s6g

解像度: 3.102→32.8 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / SU ML: 0.94 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2972	1812	4.99 %
R_work	0.1864	-	-
obs	0.1919	36336	95.38 %
all	-	38099	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 57.108 Å² / k_sol: 0.274 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-18.9595 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-13.7765 Å²	-0 Å²
3-	-	-	32.736 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.102→32.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13136	0	116	6	13258

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	13496
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.278	18363
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.057	5006
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	2109
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2412

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.102-3.1858	0.3488	99	0.2356	2024	X-RAY DIFFRACTION	74
3.1858-3.2795	0.352	118	0.2296	2228	X-RAY DIFFRACTION	82
3.2795-3.3853	0.3615	124	0.2595	2425	X-RAY DIFFRACTION	88
3.3853-3.5061	0.3653	139	0.2367	2651	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5061-3.6463	0.3315	149	0.2219	2728	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6463-3.812	0.2949	144	0.1921	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.812-4.0127	0.3146	145	0.1757	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0127-4.2636	0.2928	150	0.1529	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2636-4.592	0.2212	146	0.1268	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
4.592-5.0526	0.2532	148	0.1471	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0526-5.7803	0.2793	145	0.2032	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7803-7.2694	0.3613	146	0.2115	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2694-32.8019	0.2886	159	0.1868	2948	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5027	-2.3203	-0.31	2.4727	0.6576	6.7612	-0.0433	0.3542	0.2675	-0.9924	-0.357	-0.7087	-0.6065	0.8528	0.4986	0.931	-0.0445	0.0412	0.4549	0.2074	0.3771	39.6296	-3.6568	78.0518
2	5.1908	0.1987	1.1265	3.6307	0.0067	1.5063	0.2477	-0.7849	-0.3292	0.5431	-0.3082	-0.0531	-0.1806	0.3223	-0.0017	0.4819	-0.1031	-0.016	0.7617	-0.1023	0.2722	43.9982	-5.9495	107.258
3	8.8613	0.8823	-0.8785	6.1683	1.4704	1.8033	0.5622	-0.5258	-0.9707	-0.0616	-0.5198	0.2815	0.0843	-0.5168	-0.0527	0.4236	0.0109	-0.039	0.5453	-0.0072	0.3422	27.2494	-16.0469	96.9684
4	2.9499	-0.6929	-2.3099	4.1523	1.1059	2.3665	-0.1309	0.4692	0.8415	-0.2652	0.2607	0.5169	-0.2246	-0.1943	-0.133	0.4105	-0.1232	-0.2027	0.3716	0.1251	0.6482	6.9748	-15.9195	80.175
5	6.4351	-1.8768	1.2687	7.8999	-0.0952	3.5465	-0.0133	1.2312	-0.4447	-0.0843	-0.4604	-0.2997	-0.2627	0.5243	0.4671	0.4597	-0.1945	-0.0609	0.6854	-0.1313	0.5225	10.7746	-29.4132	71.8239
6	5.5677	-0.5866	-1.5486	5.7429	-2.9853	2.0006	-0.3476	0.6071	-1.6229	-2.0525	-1.395	0.7315	1.4616	0.3752	1.4216	1.4039	0.4602	-0.0967	1.0906	-0.3801	1.4465	77.1853	8.4615	83.6003
7	4.8836	0.6382	0.0969	2.1392	-1.7899	3.7003	-0.1922	-0.4606	0.6866	0.1775	0.0595	0.1359	0.0575	0.1916	0.1122	0.8699	-0.4171	-0.4759	1.0758	0.3516	0.5948	58.6409	11.7955	108.9472
8	4.1854	1.3452	-0.5436	5.2532	0.4164	0.3699	0.0634	-0.8293	0.407	-0.0577	0.1161	-0.2676	-0.204	0.3217	-0.0363	0.8087	-0.3492	-0.294	1.1982	0.1729	0.5713	77.6656	22.2155	105.0845
9	1.3885	-0.7039	0.4727	6.5765	-0.6743	1.823	0.1389	-0.3134	-0.2424	0.2736	-0.4298	-2.0423	-0.1896	0.4592	0.4806	0.637	-0.0946	-0.2833	0.7735	0.648	1.6185	101.5676	23.2406	96.876
10	2.5875	1.5237	0.8585	6.9481	-1.7576	2.0218	0.3281	-0.3957	-0.6362	0.1781	-0.6699	-2.2449	0.2691	0.5028	0.4274	0.6133	-0.131	-0.0551	0.757	0.5712	1.2777	98.4992	35.1922	85.7446
11	4.293	-3.969	-2.4433	7.9483	-0.4626	7.0001	-0.4472	0.5278	0.433	0.8505	0.1239	-0.0743	-0.3821	0.1167	0.3511	0.6725	0.3944	-0.2359	0.8274	-0.1348	0.953	51.1414	-17.7461	74.7364
12	2.6616	0.7979	-1.6678	6.0989	-1.4864	1.6547	-0.2916	0.532	0.1083	-0.8901	0.2451	-0.1791	0.2659	-0.4699	0.0762	0.4422	-0.0044	0.0932	0.6727	-0.2807	0.3437	51.1557	-6.388	46.6006
13	5.3502	3.7006	0.4873	2.5606	0.3983	0.6977	-0.0733	0.2416	-0.2381	-0.3585	0.4542	0.7134	-0.1651	-0.1128	-0.166	0.597	0.0045	-0.0387	0.7702	-0.2456	0.6866	39.1143	-24.1711	52.7041
14	4.967	0.6081	-0.4145	4.0229	0.0615	6.3632	0.1848	0.1807	-0.7803	-0.2173	-0.0242	-0.8609	0.4235	-0.122	-0.1391	0.5496	-0.0144	-0.0489	0.5173	-0.2001	0.9685	36.3401	-46.5432	65.1168
15	4.8076	-1.7176	-2.8597	6.6574	-2.8372	4.1646	0.3698	-0.2825	-0.6947	0.7509	-0.5393	1.3922	0.179	-0.1791	0.1854	0.4481	-0.2879	0.2071	0.5031	-0.18	0.8332	22.557	-42.1607	73.0545
16	3.3807	-2.8431	-0.1173	8.5319	-2.685	6.1514	-1.0529	-0.3276	-0.263	0.3871	0.3997	1.0602	-2.0901	0.8998	1.0378	1.1818	0.0277	-0.4415	1.1688	0.2111	0.9717	67.7895	21.2871	76.3104
17	2.7983	1.431	-0.0736	4.9545	0.0109	4.4649	0.4334	-0.1131	-0.1867	-0.3925	0.0299	-0.6913	-0.6713	0.6532	-0.5387	0.6749	-0.0752	0.0618	0.5721	-0.2161	1.1765	70.4461	5.8087	49.0093
18	4.9141	2.2789	-0.9013	4.5066	2.0725	2.8434	-0.555	0.2566	-2.0101	-0.9849	0.452	-1.7475	-0.3912	1.1501	0.1354	0.8924	-0.3878	0.2578	0.9483	-0.3058	1.4459	81.1738	23.9724	55.2485
19	4.857	-0.484	1.3494	3.0843	-2.4988	7.4687	-0.2049	0.2694	-0.2004	-0.3262	0.1131	0.8693	0.4083	-0.5556	0.081	0.4074	0.0427	0.0241	0.2901	0.0374	0.6501	74.7042	47.1981	69.1827
20	3.9284	-0.4829	0.2189	4.5008	-1.7939	4.8295	0.038	-0.2079	0.187	0.9081	-0.2119	-0.4765	-0.3085	-0.2295	0.1675	0.8358	-0.0716	-0.0604	0.4777	0.0452	0.6704	85.2601	45.7881	81.7708

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 5:35)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 36:204)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 205:291)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 292:381)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 382:440)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 5:35)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 36:204)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 205:291)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 292:381)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 382:439)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain X and resid 5:35)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain X and resid 36:204)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain X and resid 205:291)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain X and resid 292:381)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain X and resid 382:439)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain Y and resid 10:31)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain Y and resid 40:204)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain Y and resid 205:291)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain Y and resid 292:381)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain Y and resid 382:440)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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