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- PDB-3s64: Saposin-like protein Ac-SLP-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s64
タイトルSaposin-like protein Ac-SLP-1
要素Saposin-like protein 1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Saposin / Lipid-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Saposin-like / NK-Lysin / Saposin (B) Domains / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Saposin-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Ancylostoma caninum (いぬこうちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.301 Å
データ登録者Willis, C. / Wang, C.K. / Osman, A. / Simon, A. / Mulvenna, J. / Pickering, D. / Riboldi-Tunicliffe, A. / Jones, M.K. / Loukas, A. / Hofmann, A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Insights into the membrane interactions of the saposin-like proteins Na-SLP-1 and Ac-SLP-1 from human and dog hookworm.
著者: Willis, C. / Wang, C.K. / Osman, A. / Simon, A. / Pickering, D. / Mulvenna, J. / Riboldi-Tunicliffe, A. / Jones, M.K. / Loukas, A. / Hofmann, A.
履歴
登録2011年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Saposin-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9753
ポリマ－9,5441
非ポリマー4302
水57632
1
A: Saposin-like protein 1
ヘテロ分子

A: Saposin-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9496
ポリマ－19,0892
非ポリマー8614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/31
Buried area1610 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area8470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.053, 72.053, 90.888
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Saposin-like protein 1 / Ac-SLP-1


分子量: 9544.258 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 18-104 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ancylostoma caninum (いぬこうちゅう)
遺伝子: SLP1 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q0MRQ4
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.53 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 1.35M sodium citrate, 0.1M HEPES, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→37 Å / Num. obs: 6649 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.7 % / Biso Wilson estimate: 49 Å2
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 14.9 % / Rsym value: 0.461 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.301→23.585 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2522 535 4.57 %RANDOM
Rwork0.2249 ---
obs0.2261 6313 99.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.5 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.2479 Å2-0 Å2-0 Å2
2--7.2479 Å20 Å2
3----14.4957 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.301→23.585 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数606 0 28 32 666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008643
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.183866
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.618258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078102
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004107
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.3014-2.53280.34021450.27092778
2.5328-2.89870.32161270.25442814
2.8987-3.64990.28781150.22392791
3.6499-23.58620.20791480.20652791

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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