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万見
- PDB-3s5c: Crystal Structure of a Hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase (L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s5c
タイトルCrystal Structure of a Hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase (LinA) Type2
要素LinA
キーワードTRANSFERASE / hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase
機能・相同性SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / LinA
機能・相同性情報
生物種uncultured organism (環境試料)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kukshal, V. / Macwan, A.S. / Kumar, A. / Ramachandran, R.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase (LinA-type2): mutational analysis, thermostability and enantioselectivity
著者: Macwan, A.S. / Kukshal, V. / Srivastava, N. / Javed, S. / Kumar, A. / Ramachandran, R.
履歴
登録2011年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: LinA
A: LinA
C: LinA
D: LinA
E: LinA
F: LinA
G: LinA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,3487
ポリマ－121,3487
非ポリマー00
水00
1
B: LinA

B: LinA

B: LinA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0063
ポリマ－52,0063
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area17870 Å2
手法PISA
2
A: LinA
C: LinA
E: LinA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0063
ポリマ－52,0063
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area18980 Å2
手法PISA
3
D: LinA
F: LinA
G: LinA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0063
ポリマ－52,0063
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area18820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.529, 162.529, 186.282
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質
LinA / Hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase


分子量: 17335.467 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence was isolated from bacteria from a soil sample, metagenome source. It shows very high identity with the LinA from Sphingobium japonicum UT26 whose sequence is in PDB id: 3A76.
由来: (組換発現) uncultured organism (環境試料) / プラスミド: pET-26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B5ANU3, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-ハロゲン化物リアーゼ類; -

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.97 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2% PEG 8000,0.1 M trisodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→30.72 Å / Num. all: 18690 / Num. obs: 18690 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 8.7 / Observed criterion σ(I): 8.7 / Rmerge(I) obs: 0.239
反射 シェル解像度: 3.5→3.69 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.663 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2656 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A76

3a76


解像度: 3.5→30.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 31.762 / SU ML: 0.486 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.662 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2708 969 5.2 %RANDOM
Rwork0.1788 ---
all0.1834 18669 --
obs0.1834 18669 98.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.35 Å2 / Biso mean: 50.1874 Å2 / Biso min: 18.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→30.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8266 0 0 0 8266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0228472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3761.93811526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.69651042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.15324.296419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.256151326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2751549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.491.55171
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93728254
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.97233301
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7444.53272
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 78 -
Rwork0.23 1245 -
all-1323 -
obs--97.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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