PDB-2chc: Structure of Rv3472(D26N), a function unknown protein from Mycoba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2chc

タイトル

Structure of Rv3472(D26N), a function unknown protein from Mycobacterium tuberculosis

要素

PROTEIN RV3472

キーワード

HYPOTHETICAL PROTEIN / RV3472 /

MYCOBACTERIUM (マイコバクテリウム属) /

TUBERCULOSIS (結核)

機能・相同性

SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / SnoaL-like domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Ma, Q. / Wilmanns, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Rv3472(D26N), a Function Unknown Protein from Mycobacterium Tuberculosis
著者: Ma, Q. / Wilmanns, M.

履歴

登録	2006年3月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年6月28日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2018年3月7日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.4	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.6	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2chc.cif.gz	109.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2chc.ent.gz	86.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2chc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/2chc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/2chc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3s5c-1 4mzw-d 2xcd-2 3s5c-3 2xcd-1 1vyq-d 3a76-d 4gb5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEIN RV3472

B: PROTEIN RV3472

C: PROTEIN RV3472

55.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.339, 91.917, 191.987
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	PROTEIN RV3472 分子量: 18617.898 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLySS / 参照: UniProt: O06337
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 26 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 26 TO ASN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 26 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 26 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ASP 26 TO ASN
配列の詳細	SOME RESIDUES ARE ALTERED DUE TO GENE CONSTRUCTION METHOD. ATOMS WITH VERY POOR ELECTRON DENSITY ...SOME RESIDUES ARE ALTERED DUE TO GENE CONSTRUCTION METHOD. ATOMS WITH VERY POOR ELECTRON DENSITY ARE NOT BUILT INTO THE MODEL.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 7.4 詳細: 0.1M HEPES PH7.4, 0.2M MGCL2, 25% PEG400, 20 DEGREES C, pH 7.40

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8424
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月1日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: TRIANGULAR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8424 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→37.3 Å / Num. obs: 60209 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 23.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 24.67
反射シェル	解像度: 1.69→1.79 Å / 冗長度: 5.71 % / R_merge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 5.23 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ARP/wARP		モデル構築
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXD		位相決定
SHELXE		位相決定
直接法		位相決定
ARP/wARP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.69→37.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 3.356 / SU ML: 0.056 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.199	2971	4.9 %	THIN SHELLS
R_work	0.164	-	-	-
obs	0.166	57236	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→37.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3668	0	0	327	3995

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.021	3745
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3480
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.755	1.936	5085
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.895	3	7909
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.287	5	486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.501	21.716	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.029	15	566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.434	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	858
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	3636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	2598
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	192
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.247	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.3	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.204	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.344	1.5	2430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.146	2	3777
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.112	3	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.895	4.5	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.69→1.73 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.293	110
R_work	0.217	4185

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9114	0.1995	0.1676	1.5902	0.3834	1.2094	0.0356	-0.0638	0.0976	0.1096	-0.0693	0.0438	-0.0535	-0.0687	0.0337	-0.0552	0.0053	-0.0017	-0.0519	0.0062	-0.03	24.6886	32.8549	79.2823
2	1.7112	0.0067	0.4756	2.6488	0.5383	0.4888	0.0014	0.2198	0.122	-0.5251	-0.1183	0.1096	-0.0207	0.1016	0.1169	0.0793	0.0675	-0.0026	0.009	0.0682	-0.044	20.2827	37.8053	62.2178
3	1.1986	-0.3205	0.3029	1.2504	-0.0149	1.3389	0.0571	0.1086	0.021	0.0426	-0.0128	-0.2009	0.0242	0.1511	-0.0444	-0.0494	0.0155	-0.0012	-0.032	0.0046	-0.04	38.754	15.6729	70.3106
4	1.4813	0.1453	-0.2868	0.1248	-0.4414	1.6606	-0.0274	0.3723	-0.2663	-0.0487	0.0226	-0.0147	0.3154	0.0112	0.0048	0.0285	0.0265	0.0191	0.0644	-0.0595	-0.0603	32.2944	9.8603	55.4221
5	1.3476	0.5017	0.0094	1.6758	0.1654	0.7053	0.11	-0.1011	-0.1396	0.1731	-0.0716	-0.0101	0.1589	-0.0756	-0.0384	-0.0252	-0.0365	-0.0039	-0.0549	0.0137	-0.0498	17.9751	9.5276	81.7803
6	1.3718	1.746	-0.2357	2.239	-0.2052	0.5785	-0.1776	0.159	0.1488	-0.1102	0.1351	0.3768	0.106	-0.1413	0.0425	-0.0408	-0.0406	-0.0503	0.0413	0.0325	0.1095	5.4581	11.2074	69.6019

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 129
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	130 - 167
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	6 - 129
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	130 - 166
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	7 - 129
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	130 - 165

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