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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gb5 | ||||||
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Title | Crystal structure of Kfla4162 protein from Kribbella flavida | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Michalska, K. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of Kfla4162 protein from Kribbella flavida (CASP Target) Authors: Michalska, K. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 72.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 57.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. |
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Components
#1: Protein | Mass: 17390.771 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: Chemical | ChemComp-PO4 / ![]() | ||
#3: Chemical | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.92 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: 0.2 M NaCl, 0.1 M NaH2PO4/K2HPO4, pH 6.2, 50% PEG200, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jun 28, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.55→50 Å / Num. all: 22603 / Num. obs: 22441 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 24.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.58 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1110 / % possible all: 98.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Details: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED AT THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→28.974 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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