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万見
- PDB-3s46: The crystal structure of alanine racemase from streptococcus pneu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s46
タイトルThe crystal structure of alanine racemase from streptococcus pneumoniae
要素Alanine racemase
キーワードISOMERASE / ALPHA/BETA BARREL / EXTENDED BETA-STRAND DOMAIN / PYRIDOXAL PHOSPHATE COFACTOR / ALANINE RACEMASE / CARBAMYLATED LYSINE
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 ...Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / Alanine racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Im, H. / Sharpe, M.L. / Strych, U. / Davlieva, M. / Krause, K.L.
引用ジャーナル: BMC MICROBIOL. / 年: 2011
タイトル: The crystal structure of alanine racemase from Streptococcus pneumoniae, a target for structure-based drug design.
著者: Im, H. / Sharpe, M.L. / Strych, U. / Davlieva, M. / Krause, K.L.
履歴
登録2011年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2011年6月22日ID: 3MUB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine racemase
B: Alanine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4553
ポリマ－80,3332
非ポリマー1221
水9,134507
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area25870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.973, 119.973, 118.099
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Alanine racemase


分子量: 40166.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: R800 / 遺伝子: alaR, alr, SP_1698 / プラスミド: pET17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A2W8, alanine racemase
#2: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 1.2M Na Citrate, 0.1M MES, 10% GLYCEROL, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→23.03 Å / Num. obs: 66748 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 33.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 21.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SFT

1sft


解像度: 2→23.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.2003 / WRfactor Rwork: 0.1677 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8794 / SU B: 8.274 / SU ML: 0.099 / SU R Cruickshank DPI: 0.1361 / SU Rfree: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2003 3379 5.1 %RANDOM
Rwork0.1677 ---
obs0.1693 63336 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.35 Å2 / Biso mean: 42.7069 Å2 / Biso min: 17.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20.09 Å2-0 Å2
2--0.18 Å2-0 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→23.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5638 0 9 507 6154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4481.9717837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7315732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.0124.938243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.90515953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3741526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6681.53646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18625874
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03532112
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0824.51962
LS精密化 シェル解像度: 1.996→2.048 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 236 -
Rwork0.322 4412 -
all-4648 -
obs-4412 95.4 %
精密化 TLS

T11: 0.1384 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.47970.16290.49690.342-0.0941.2513-0.17760.16540.1991-0.0308-0.0144-0.0338-0.22910.19030.1920.0561-0.04760.21890.0420.309427.79864.368-19.193
21.78920.12440.68160.4369-0.02771.3413-0.2014-0.56220.22170.0233-0.01160.0513-0.2549-0.44310.2130.2197-0.05770.407-0.11850.27888.21464.677-1.369
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 367
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 367

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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