PDB-3s3r: Structure of cathepsin B1 from Schistosoma mansoni in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s3r

タイトル

Structure of cathepsin B1 from Schistosoma mansoni in complex with K11777 inhibitor

要素

Cathepsin B-like peptidase (C01 family)

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / peptidase / digestive tract / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Rezacova, P. / Jilkova, A. / Brynda, J. / Horn, M. / Mares, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for Inhibition of Cathepsin B Drug Target from the Human Blood Fluke, Schistosoma mansoni.
著者: Jilkova, A. / Rezacova, P. / Lepsik, M. / Horn, M. / Vachova, J. / Fanfrlik, J. / Brynda, J. / McKerrow, J.H. / Caffrey, C.R. / Mares, M.

履歴

登録	2011年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月26日	Group: Database references
改定 1.2	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3s3r.ent.gz	262.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3s3r_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s3r_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
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CIF形式データ	3s3r_validation.cif.gz	40.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/3s3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/3s3r	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3qsdSC 3s3qC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ogr-1 6yi7-d 5ogq-3 5ogr-3 5ogq-1 5ogr-2 3qsd-d 2uz2-d 6ruk-d 2e6v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Cathepsin B-like peptidase (C01 family)

B: Cathepsin B-like peptidase (C01 family)

C: Cathepsin B-like peptidase (C01 family)

ヘテロ分子

87.3 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Cathepsin B-like peptidase (C01 family)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cathepsin B-like peptidase (C01 family)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cathepsin B-like peptidase (C01 family)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.633, 103.121, 100.697
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	71 - 325
2	1	1	6	B	71 - 325
3	1	1	6	C	71 - 325

#1: タンパク質	Cathepsin B-like peptidase (C01 family) / Cathepsin B1 isotype 1 分子量: 28507.256 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 87-340 / 変異: T168A, T283A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: cb1.1, Smp_103610 / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: Q8MNY2, cathepsin B
#2: 化合物	ChemComp-0IW / Nalpha-[(4-methylpiperazin-1-yl)carbonyl]-N-[(3S)-1-phenyl-5-(phenylsulfonyl)pentan-3-yl]-L-phenylalaninamide / APC-3316, bound form / 4-Methylpiperazine-1-carboxylic acid [1-[(3-benzenesulfonyl-1-phenethylallyl)carbamoyl]-2-phenylethyl]amide, bound form タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 576.749 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₀N₄O₄S / 参照: MePip-Phe-HphVSPh
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	LIGAND 0IW HAD A DOUBLE BOND BETWEEN ATOMS C11 AND C21 WHICH OPENS UP TO FORM A LINK WITH THE CYS 100

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: reservoir: 0.2 M Ammonium Acetate pH6.2, 0.1 M Na Citrate, 30% PEG 1500, protein buffer and concentration: 10 mM Na-acetate pH 5.5, Cpr = 6 mg/ml, protein: reservoir = 1:1, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: reservoir: 0.2 M Ammonium Acetate pH6.2, 0.1 M Na Citrate, 30% PEG 1500, protein buffer and concentration: 10 mM Na-acetate pH 5.5, Cpr = 6 mg/ml, protein: reservoir = 1:1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.8 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: reservoir: 0.2 M Ammonium Acetate pH6.2, 0.1 M Na Citrate, 30% PEG 1500, protein buffer and concentration: 10 mM Na-acetate pH 5.5, Cpr = 6 mg/ml, protein: reservoir = 1:1, VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月16日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si111 double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 24266 / Num. obs: 24218 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 69.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 21.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique all: 1184 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
REFMAC	5.3.0037	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC	5.3.0037	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3QSD

3qsd

解像度: 2.64→36.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 29.377 / SU ML: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.379 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27142	1236	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20462	-	-	-
obs	0.20815	22916	98.83 %	-
all	-	23187	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.508 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.64→36.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5953	0	123	66	6142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	6262
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.287	1.961	8458
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.878	5	754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.74	23.759	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.835	15	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.363	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	833
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4801
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	2877
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	4229
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.198	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.139	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.348	1.5	3857
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.588	2	6002
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.937	3	2860
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.491	4.5	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1954 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
loose positional	0.52	5
loose positional	0.47	0
loose positional	0.47	0
loose thermal	1.65	10
loose thermal	1.39	0.01
loose thermal	1.51	0

LS精密化シェル

解像度: 2.637→2.705 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	76	-
R_work	0.291	1432	-
obs	-	-	85.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.471	-0.3473	1.1202	4.0553	3.5539	9.8768	-0.2744	-0.2344	0.2796	0.4096	-0.0062	-0.0521	0.2418	-0.3658	0.2805	-0.0003	-0.0261	-0.0437	-0.1465	0.0385	0.0761	-0.767	-10.029	-1.922
2	3.5446	2.5363	6.2848	57.296	24.2163	18.7834	-0.4383	-1.575	0.0188	2.1163	-1.3523	2.4615	0.8256	-2.7815	1.7907	0.2411	0.0226	0.1458	0.511	-0.1578	0.2999	-11.794	-10.848	1.463
3	3.1854	0.1367	0.1133	3.7374	1.9543	5.9739	0.1196	0.0874	-0.2104	0.0419	-0.2251	0.3703	1.048	-1.0296	0.1056	0.0977	-0.1765	-0.0057	0.0989	0.0039	0.0551	-9.118	-16.722	-13.656
4	3.0227	-1.3278	-0.1732	4.7491	0.2938	5.9543	-0.143	0.0701	-0.3256	0.2733	0.0008	0.3369	1.3517	-0.5754	0.1422	0.34	-0.1497	0.0149	-0.0205	0.0412	0.0132	-5.846	-20.843	-8.977
5	4.2438	-1.6685	-0.4304	2.7915	0.9414	10.5859	-0.0698	-0.107	0.3953	-0.0949	0.0606	-0.3071	-0.1645	0.8039	0.0091	-0.1626	-0.0763	-0.0453	-0.1772	0.0541	0.1672	7.128	-6.597	-9.325
6	1.7208	0.8391	0.8926	4.3764	0.057	6.7059	-0.0731	0.2268	0.3062	0.1862	-0.0867	-0.7244	0.0451	1.1655	0.1597	-0.0913	0.0126	-0.0783	0.0596	0.0858	0.2341	11.864	-8.353	-8.12
7	4.8594	-0.8231	0.3448	4.3945	0.3886	6.7666	-0.0324	0.1284	0.6147	-0.0227	-0.1011	-0.634	-0.1849	0.4633	0.1335	-0.0547	-0.0265	-0.0254	-0.088	0.0466	0.0812	6.609	-6.083	-8.326
8	3.2936	-1.2302	-1.7232	3.2135	0.2369	4.9353	-0.5644	-0.5416	-0.1618	0.347	0.0372	0.0193	0.7006	0.0262	0.5271	0.1428	0.1548	-0.107	0.2165	-0.1172	0.0649	-0.262	-11.753	31.94
9	52.2359	8.1795	47.6439	28.3475	7.3372	43.4561	-2.8616	3.2551	-2.9989	3.2335	2.1982	-3.5537	2.6999	-4.3087	0.6634	0.6947	0.6233	-0.0301	0.5777	-0.5435	0.351	5.155	-22.177	38.422
10	4.6544	1.7106	-1.0325	0.996	-1.9404	9.8582	-0.3691	0.0113	-0.0947	-0.2243	0.0756	-0.339	1.1283	0.8752	0.2935	0.2957	0.3993	-0.063	0.2312	-0.1267	0.0914	9.546	-16.853	19.95
11	4.5426	-0.8824	-0.3097	2.5878	-0.1396	6.0929	-0.1868	-0.2866	0.3702	0.2589	-0.0569	-0.349	0.4685	0.9822	0.2436	0.1669	0.2703	-0.1256	0.3197	-0.124	0.1219	9.716	-10.428	26.194
12	2.5276	-0.4783	0.3149	0.2057	0.9919	9.6382	-0.2009	0.0522	0.3165	-0.1326	-0.0753	0.227	-0.4616	-0.4365	0.2761	0.0519	0.2059	-0.1031	0.1695	-0.1866	0.1261	-6.119	-3.329	23.007
13	1.2042	-0.2183	-0.8043	0.74	0.9337	6.5778	0.0266	-0.0293	0.4188	-0.0793	-0.0914	0.2678	-0.628	-0.7128	0.0648	0.1297	0.2725	-0.1539	0.2728	-0.1668	0.176	-10.246	-3.099	24.781
14	2.4434	0.7239	0.8782	5.9682	0.9842	6.578	-0.1855	-0.3123	0.2143	-0.0725	-0.1783	0.1232	0.2433	-0.7557	0.3638	0.0489	0.1524	-0.0426	0.2028	-0.161	0.0449	-5.899	-6.93	25.684
15	6.3506	-0.6285	4.5809	3.3851	-3.2486	11.2437	0.0459	0.1972	0.0547	0.0369	-0.4403	-0.1016	0.3282	0.5268	0.3945	0.0017	0.0553	0.08	-0.0732	0.0137	0.0235	0.891	-10.609	-35.227
16	8.8245	-1.5162	2.9804	4.3376	-5.3283	11.6794	-1.3532	-0.5671	1.0634	0.3917	-0.0286	-0.3046	-2.3999	-0.2102	1.3819	0.3131	-0.0454	-0.2158	0.0101	0.088	0.3416	0.765	0.283	-41.383
17	8.5506	-2.0982	5.8336	1.6898	1.5236	15.4678	-1.2152	-0.0098	2.2591	-0.4421	0.2246	-0.1081	-1.8283	0.6002	0.9907	0.1983	-0.085	-0.2141	0.0939	0.0194	0.5298	-0.434	-0.109	-43.736
18	8.009	-0.4841	3.8066	4.1253	0.4209	8.8849	-0.8623	-0.4189	1.1915	-0.1803	-0.0063	0.19	-0.8633	-0.4012	0.8685	0.1684	0.088	-0.068	0.1048	-0.008	0.1147	-3.955	-2.956	-41.592
19	7.548	1.0343	7.7539	5.295	1.7927	14.9468	0.1391	0.4748	-0.3847	-0.5652	-0.2388	0.1601	0.9772	0.4842	0.0996	0.1918	0.2057	0.1686	-0.0065	-0.0123	0.0552	0.656	-17.296	-45.286
20	5.6952	-2.3251	4.2792	1.7755	0.8468	11.3668	0.9986	0.1054	-0.947	-0.0492	-0.3385	0.4334	2.7831	-0.2592	-0.6602	0.6929	-0.0266	-0.0297	0.0346	-0.0267	0.2764	-4.263	-23.008	-42.205
21	5.9822	0.2376	2.2976	4.8742	-0.5524	11.8157	0.2459	0.8746	-0.5895	-0.176	-0.1302	-0.0966	1.9699	0.3974	-0.1158	0.2931	0.1166	0.0211	0.0465	0.0296	0.0902	0.767	-18.719	-41.599

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	70 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	115 - 126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	127 - 166
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	167 - 229
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	230 - 256
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	257 - 294
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	295 - 323
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	70 - 114
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	115 - 123
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	124 - 161
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	162 - 236
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	237 - 258
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	259 - 290
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	291 - 323
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	71 - 114
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	115 - 141
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	142 - 167
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	168 - 236
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	237 - 250
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	251 - 293
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	294 - 323

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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