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- PDB-3s2y: Crystal structure of a chromate/uranium reductase from Gluconacet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s2y
タイトルCrystal structure of a chromate/uranium reductase from Gluconacetobacter hansenii
要素Chromate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / chromate reductase / uranium reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chromate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Gluconacetobacter hansenii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.244 Å
データ登録者Jin, H. / Zhang, Y. / Buchko, G.W. / Li, P. / Squier, T.C. / Robinson, H. / Varnum, S.M. / Long, P.E.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structure Determination and Functional Analysis of a Chromate Reductase from Gluconacetobacter hansenii.
著者: Jin, H. / Zhang, Y. / Buchko, G.W. / Varnum, S.M. / Robinson, H. / Squier, T.C. / Long, P.E.
履歴
登録2011年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromate reductase
B: Chromate reductase
C: Chromate reductase
D: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,46812
ポリマ－85,3424
非ポリマー2,1268
水5,909328
1
A: Chromate reductase
ヘテロ分子

A: Chromate reductase
ヘテロ分子

D: Chromate reductase
ヘテロ分子

D: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,23810
ポリマ－85,3424
非ポリマー1,8966
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation2_566-x,y+1,-z+11
Buried area13620 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area25270 Å2
手法PISA
2
A: Chromate reductase
ヘテロ分子

A: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6546
ポリマ－42,6712
非ポリマー9844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area4850 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area15030 Å2
手法PISA
3
B: Chromate reductase
C: Chromate reductase
ヘテロ分子

B: Chromate reductase
C: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,69714
ポリマ－85,3424
非ポリマー2,35610
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area14450 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area25240 Å2
手法PISA
4
B: Chromate reductase
C: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8497
ポリマ－42,6712
非ポリマー1,1785
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area14580 Å2
手法PISA
5
D: Chromate reductase
ヘテロ分子

D: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5844
ポリマ－42,6712
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area4560 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.677, 90.051, 95.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-260-

HOH

21D-232-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Chromate reductase


分子量: 21335.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gluconacetobacter hansenii (バクテリア)
株: ATCC 23769 / 遺伝子: GXY_09224 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D5QFC5
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG4000, 10% isopropanol, hepes 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射最低解像度: 50 Å / Num. all: 43812 / Num. obs: 41698 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RTT

1rtt


解像度: 2.244→45.822 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2383 2114 5.07 %
Rwork0.1934 --
obs0.1958 41698 99.03 %
all-43812 -
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.153 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0714 Å2-0 Å2-0.0661 Å2
2--0.0348 Å2-0 Å2
3----0.1061 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.244→45.822 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5460 0 140 328 5928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1317842
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6872056
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071928
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006995
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2445-2.29670.33791340.2662353X-RAY DIFFRACTION89
2.2967-2.35410.33151520.25472557X-RAY DIFFRACTION98
2.3541-2.41780.31921460.24722631X-RAY DIFFRACTION99
2.4178-2.48890.33881280.24652675X-RAY DIFFRACTION100
2.4889-2.56920.29611320.22312684X-RAY DIFFRACTION100
2.5692-2.6610.27261260.19422641X-RAY DIFFRACTION100
2.661-2.76760.23511720.19812609X-RAY DIFFRACTION100
2.7676-2.89350.30121190.18812720X-RAY DIFFRACTION100
2.8935-3.0460.25991380.19622627X-RAY DIFFRACTION100
3.046-3.23680.23191370.18742690X-RAY DIFFRACTION100
3.2368-3.48670.23781400.1842646X-RAY DIFFRACTION100
3.4867-3.83740.241400.18372680X-RAY DIFFRACTION100
3.8374-4.39230.21821440.16292684X-RAY DIFFRACTION100
4.3923-5.53230.18161560.17822652X-RAY DIFFRACTION100
5.5323-45.83120.20241500.19552735X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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