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万見
- PDB-1rtt: Crystal structure determination of a putative NADH-dependent redu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rtt
タイトルCrystal structure determination of a putative NADH-dependent reductase using sulfur anomalous signal
要素conserved hypothetical protein
キーワードStructural genomics / unknown function / Protein Structure Initiative / SAD with sulfur / putative reductase / PSI / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN reductase (NADPH) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / 酸化還元酵素 / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(P)H-dependent FMN reductase PA1204
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Agarwal, R. / Swaminathan, S. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2006
タイトル: Structure determination of an FMN reductase from Pseudomonas aeruginosa PA01 using sulfur anomalous signal.
著者: Agarwal, R. / Bonanno, J.B. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2003年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2152
ポリマ－21,1191
非ポリマー961
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.071, 70.386, 85.382
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 conserved hypothetical protein


分子量: 21118.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4D4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Calcium acetate, Sodium Cacodylate, PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X12C11.7
シンクロトロンNSLS X12C21.1
検出器
タイプID検出器日付詳細
BRANDEIS - B41CCD2003年11月1日Mirrors
BRANDEIS - B42CCD2003年11月1日Mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GraphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GraphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.71
21.11
反射解像度: 1.28→33.04 Å / Num. all: 44069 / Num. obs: 44069 / % possible obs: 85.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 10 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 21.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.28→33.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 495941.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Though this is a hypothetical flavin mononucleotide reductase protein, FMN is not seen in the structure.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1341 3 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 44069 85.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.6353 Å2 / ksol: 0.369441 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 12.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--1.72 Å20 Å2
3----1.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.08 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→33.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1330 0 5 164 1499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
LS精密化 シェル解像度: 1.28→1.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 105 3 %
Rwork0.234 3354 -
obs--40.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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