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- PDB-3s2h: RNA Polymerase II Initiation Complex with a 6-nt RNA containing a... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 3s2h
タイトルRNA Polymerase II Initiation Complex with a 6-nt RNA containing a 2[prime]-iodo ATP
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...) x 5
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 5
  • DNA (5'-D(*CP*TP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*CP*GP*AP*TP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*GP*(2IA))-3')
キーワードTRANSCRIPTION/RNA/DNA / RNA polymerase II / initiation complex / TRANSCRIPTION-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / termination of RNA polymerase I transcription / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / transcription by RNA polymerase III / Dual incision in TC-NER / translesion synthesis / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / transcription-coupled nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / DNA-directed RNA polymerase activity / peroxisome / ribosome biogenesis / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / protein dimerization activity / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase ii, chain L / Gyrase A; domain 2 - #140 / RPB5-like RNA polymerase subunit / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 ...Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase ii, chain L / Gyrase A; domain 2 - #140 / RPB5-like RNA polymerase subunit / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / N-terminal domain of TfIIb - #10 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Enzyme I; Chain A, domain 2 / N-terminal domain of TfIIb / Rubrerythrin, domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / Gyrase A; domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Homeodomain-like / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / Beta Complex / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 ...DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Liu, X. / Bushnell, D.A. / Silva, D.A. / Huang, X. / Kornberg, R.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Initiation complex structure and promoter proofreading.
著者: Liu, X. / Bushnell, D.A. / Silva, D.A. / Huang, X. / Kornberg, R.D.
履歴
登録2011年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
B: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
R: RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*GP*(2IA))-3')
T: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*CP*GP*AP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)481,12521
ポリマ－480,57812
非ポリマー5489
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60850 Å2
ΔGint-311 kcal/mol
Surface area143240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.533, 221.608, 194.056
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.670, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 5種, 5分子 ABCIK

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / RNA polymerase II subunit 1 / RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III ...RNA polymerase II subunit 1 / RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA polymerase II subunit B220


分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / RNA polymerase II subunit 2 / B150 / DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide


分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II subunit 3 / RNA polymerase II subunit B3 / B44.5 / DNA-directed RNA polymerase II ...RNA polymerase II subunit 3 / RNA polymerase II subunit B3 / B44.5 / DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide


分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P16370
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / B12.6 / DNA-directed RNA polymerase II 14.2 kDa polypeptide / DNA- ...RNA polymerase II subunit B9 / B12.6 / DNA-directed RNA polymerase II 14.2 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase II subunit 9


分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P27999
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / RNA polymerase II subunit B11 / B13.6 / DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide


分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P38902

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DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL

#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / ABC27 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / ABC27 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 27 kDa polypeptide


分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P20434
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / ABC23 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / ABC23 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 23 kDa polypeptide


分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P20435
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-directed RNA polymerases I ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 14.5 kDa polypeptide


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P20436
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / ABC8 / DNA-directed RNA polymerases I ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / ABC8 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 8.3 kDa polypeptide


分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P22139
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha


分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: CB010 / 参照: UniProt: P40422

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RNA鎖 / DNA鎖 , 2種, 2分子 RT

#11: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*GP*(2IA))-3')


分子量: 2088.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 6-nt RNA containing a 2[prime]-iodo ATP
#12: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*AP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*CP*GP*AP*TP*G)-3')


分子量: 8863.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Template DNA

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非ポリマー , 2種, 9分子

#13: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#14: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

構成要素の詳細AN ADDITIONAL DNA CHAIN (14-NT) IN THE CRYSTAL BUT THE WHOLE CHAIN IS DISORDERED AND THUS NOT ...AN ADDITIONAL DNA CHAIN (14-NT) IN THE CRYSTAL BUT THE WHOLE CHAIN IS DISORDERED AND THUS NOT PRESENT IN THE MODEL: GATGGCTATTCGTC

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 5.9-6.1, 50mM dioxane, 9-11% PEG 6,000, 15mM DTT, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 100015 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 1.338 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.3-3.423.90.84779781.336177.6
3.42-3.554.50.66692671.333189.4
3.55-3.7260.489100591.457197.3
3.72-3.917.20.365103331.3131100
3.91-4.167.30.239103741.2941100
4.16-4.487.50.16103571.2671100
4.48-4.937.60.127103771.2831100
4.93-5.647.60.125103541.3051100
5.64-7.17.60.097104121.3081100
7.1-507.50.035105041.504199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NVQ

2nvq


解像度: 3.3→49.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9199 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2396 4987 4.99 %RANDOM
Rwork0.1905 ---
obs0.1929 99969 --
原子変位パラメータBiso max: 300 Å2 / Biso mean: 130.5574 Å2 / Biso min: 52.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--24.905 Å20 Å226.3277 Å2
2--2.8433 Å20 Å2
3---22.0617 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.883 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→49.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28292 373 9 0 28674
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d10584SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes767HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4135HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it29229HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3855SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance32HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle45HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact33801SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d29229HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg39546HARMONIC21.21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.37
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.17
LS精密化 シェル解像度: 3.29→3.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3226 295 5.51 %
Rwork0.2634 5061 -
all0.2666 5356 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.03890.37140.86891.7622-0.01661.92440.04980.23880.1938-0.1231-0.0241-0.3596-0.07070.5377-0.02570.0738-0.014-0.1173-0.11450.1518-0.175748.6651-32.359237.2795
20.4412-0.49131.3371.0926-1.29851.8631-0.05650.0901-0.00020.30140.059-0.20630.23890.5627-0.00250.18840.1658-0.0681-0.304-0.0724-0.341529.9598-64.100168.5798
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精密化 TLSグループ
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1X-RAY DIFFRACTION1{ A|3 - A|346 A|1395 - A|1445 B|1151 - B|1224 }A3 - 346
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6X-RAY DIFFRACTION2{ A|809 - A|1141 A|1275 - A|1394 E|2 - E|215 F|72 - F|155 }E2 - 215
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11X-RAY DIFFRACTION3{ A|347 - A|808 B|20 - B|217 C|3 - C|268 B|406 - B|1150 J|1 - J|101 K|1 - K|114 L|25 - L|105 H|2 - H|146 I|40 - I|120 }B406 - 1150
12X-RAY DIFFRACTION3{ A|347 - A|808 B|20 - B|217 C|3 - C|268 B|406 - B|1150 J|1 - J|101 K|1 - K|114 L|25 - L|105 H|2 - H|146 I|40 - I|120 }J1 - 101
13X-RAY DIFFRACTION3{ A|347 - A|808 B|20 - B|217 C|3 - C|268 B|406 - B|1150 J|1 - J|101 K|1 - K|114 L|25 - L|105 H|2 - H|146 I|40 - I|120 }K1 - 114
14X-RAY DIFFRACTION3{ A|347 - A|808 B|20 - B|217 C|3 - C|268 B|406 - B|1150 J|1 - J|101 K|1 - K|114 L|25 - L|105 H|2 - H|146 I|40 - I|120 }L25 - 105
15X-RAY DIFFRACTION3{ A|347 - A|808 B|20 - B|217 C|3 - C|268 B|406 - B|1150 J|1 - J|101 K|1 - K|114 L|25 - L|105 H|2 - H|146 I|40 - I|120 }H2 - 146
16X-RAY DIFFRACTION3{ A|347 - A|808 B|20 - B|217 C|3 - C|268 B|406 - B|1150 J|1 - J|101 K|1 - K|114 L|25 - L|105 H|2 - H|146 I|40 - I|120 }I40 - 120
17X-RAY DIFFRACTION4{ A|1142 - A|1272 B|218 - B|405 I|2 - I|39 }A1142 - 1272
18X-RAY DIFFRACTION4{ A|1142 - A|1272 B|218 - B|405 I|2 - I|39 }B218 - 405
19X-RAY DIFFRACTION4{ A|1142 - A|1272 B|218 - B|405 I|2 - I|39 }I2 - 39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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