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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3s28 | |||||||||
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タイトル | The crystal structure of sucrose synthase-1 in complex with a breakdown product of the UDP-glucose | |||||||||
要素 | Sucrose synthase 1スクロースシンターゼ | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / Sucrose metabolism / sugar donar complex / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / GT-B fold / Glycosyltansferase / UDP-glucose (ウリジン二リン酸グルコース) / cytosol (細胞質基質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 スクロースシンターゼ / response to flooding / sucrose synthase activity / response to mannitol / response to sorbitol / sucrose metabolic process / response to sucrose / response to water deprivation / 原形質連絡 / response to osmotic stress ...スクロースシンターゼ / response to flooding / sucrose synthase activity / response to mannitol / response to sorbitol / sucrose metabolic process / response to sucrose / response to water deprivation / 原形質連絡 / response to osmotic stress / response to glucose / response to cold / cellular response to hypoxia / response to hypoxia / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Zheng, Y. / Garavito, R.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: The Structure of Sucrose Synthase-1 from Arabidopsis thaliana and Its Functional Implications. 著者: Zheng, Y. / Anderson, S. / Zhang, Y. / Garavito, R.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3s28.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3s28.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3s28.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/3s28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/3s28 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 94178.617 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 株: col / 遺伝子: At5g20830, SUS1, T1M15.230 / プラスミド: pET17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta(DE3) / 参照: UniProt: P49040, スクロースシンターゼ |
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-糖 , 2種, 16分子
#3: 糖 | ChemComp-LCN / #4: 糖 | ChemComp-NHF / |
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-非ポリマー , 5種, 490分子
#2: 化合物 | ChemComp-UDP / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-MLA / #7: 化合物 | ChemComp-K / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 1.85-1.90 M AMMONIUM SULFATE, 80-100 MM SODIUM CITRATE pH 6.1, 0.15 M SODIUM POTASSIUM TARTRATE, 150 mM SUCROSE, 5 mM URIDINE DIPHOSPHATE GLUCOSE, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月7日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→185.269 Å / Num. all: 263585 / Num. obs: 263585 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 9.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3S27 解像度: 2.8→24.976 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / FOM work R set: 0.8349 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.04 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 174.61 Å2 / Biso mean: 47.6281 Å2 / Biso min: 13.31 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→24.976 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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