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- PDB-3s23: Crystal structure of cerulenin bound Xanthomonas campestri oleA (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s23
タイトルCrystal structure of cerulenin bound Xanthomonas campestri oleA (co-crystal) Xe Derivative
要素3-oxoacyl-[ACP] synthase III
キーワードTRANSFERASE / Non-decarboxylative Claisen Condensation Reaction
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-CoA:acyl-CoA alkyltransferase / secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CER / : / XENON / Acyl-CoA:acyl-CoA alkyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9484 Å
データ登録者Goblirsch, B.R. / Wilmot, C.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Xanthomonas campestris OleA Reveal Features That Promote Head-to-Head Condensation of Two Long-Chain Fatty Acids.
著者: Goblirsch, B.R. / Frias, J.A. / Wackett, L.P. / Wilmot, C.M.
履歴
登録2011年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月6日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[ACP] synthase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2028
ポリマ－37,4201
非ポリマー7827
水2,396133
1
A: 3-oxoacyl-[ACP] synthase III
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[ACP] synthase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,40416
ポリマ－74,8402
非ポリマー1,56414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area7510 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area26030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.027, 90.027, 69.513
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[ACP] synthase III


分子量: 37419.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
遺伝子: fabH, XCC0212 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PDX2

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非ポリマー , 5種, 140分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CER / (2S, 3R)-3-HYDROXY-4-OXO-7,10-TRANS,TRANS-DODECADIENAMIDE / CERULENIN


分子量: 225.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19NO3 / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 17% PEG 4000, 80 manganese chloride, 100 mM MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月19日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.948→50 Å / Num. all: 24115 / Num. obs: 24115 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 55
反射 シェル解像度: 1.948→1.98 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.7_650位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3S21

3s21


解像度: 1.9484→31.745 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2171 1225 5.16 %
Rwork0.18 --
obs0.1819 23739 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.763 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0183 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.0183 Å2-0 Å2
3----0.0365 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9484→31.745 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2532 0 32 133 2697
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082676
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0063637
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4241003
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004469
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9484-2.02640.25341390.20042344X-RAY DIFFRACTION94
2.0264-2.11860.25411300.18732416X-RAY DIFFRACTION96
2.1186-2.23020.22431490.18172470X-RAY DIFFRACTION98
2.2302-2.36990.21781290.18362509X-RAY DIFFRACTION99
2.3699-2.55280.24161460.18112467X-RAY DIFFRACTION99
2.5528-2.80960.21021330.18382530X-RAY DIFFRACTION100
2.8096-3.21580.25911400.17432532X-RAY DIFFRACTION100
3.2158-4.05030.21171350.17362570X-RAY DIFFRACTION100
4.0503-31.74920.1781240.18042676X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 47.9877 Å / Origin y: 0.9476 Å / Origin z: -3.5482 Å
111213212223313233
T0.2112 Å2-0.085 Å20.0508 Å2-0.1405 Å2-0.027 Å2--0.0994 Å2
L1.003 °20.8776 °20.5155 °2-1.9421 °20.901 °2--0.742 °2
S-0.1945 Å °0.2325 Å °-0.0745 Å °-0.3695 Å °0.3105 Å °-0.1648 Å °-0.194 Å °0.1431 Å °0.1151 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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