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- PDB-3s22: AMP-C BETA-LACTAMASE (PSEUDOMONAS AERUGINOSA) in complex with an ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3s22 | ||||||
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Title | AMP-C BETA-LACTAMASE (PSEUDOMONAS AERUGINOSA) in complex with an inhibitor | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / Hydrolase / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex | ||||||
Function / homology | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Scapin, G. / Lu, J. / Fitzgerald, P.M.D. / Sharma, N. | ||||||
![]() | ![]() Title: Side chain SAR of bicyclic Beta-lactamase inhibitors (BLIs). 2. N-Alkylated and open chain analogs of MK-8712 Authors: Chen, H. / Blizzard, T.A. / Kim, S. / Wu, J. / Young, K. / Park, Y.W. / Ogawa, A.M. / Raghoobar, S. / Painter, R.E. / Wisniewski, D. / Hairston, N. / Fitzgerald, P. / Sharma, N. / Scapin, G. ...Authors: Chen, H. / Blizzard, T.A. / Kim, S. / Wu, J. / Young, K. / Park, Y.W. / Ogawa, A.M. / Raghoobar, S. / Painter, R.E. / Wisniewski, D. / Hairston, N. / Fitzgerald, P. / Sharma, N. / Scapin, G. / Lu, J. / Hermes, J. / Hammond, M.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 154.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 126.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 660.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 662.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 40637.848 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: R397A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-3S2 / [( |
#3: Chemical | ChemComp-CL / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Nonpolymer details | THE STARTING MATERIAL IS A CLOSED RING BETA-LACTAMASE INHIBITOR, THAT REACTS WITH SER90 TO BECOME ...THE STARTING MATERIAL IS A CLOSED RING BETA-LACTAMASE INHIBITOR, THAT REACTS WITH SER90 TO BECOME THE OPEN RING COMPOUND, 3S2 |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 18% PEG 3350, 10% 2-propanol, 100 mM Imidazole, micro seeding, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jul 11, 2007 |
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. all: 42109 / Num. obs: 40341 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.106 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.208 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.65→1.739 Å / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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