PDB-3s19: Crystal Structure of the R262L mutant of 7-cyano-7-deazaguanine r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s19

タイトル

Crystal Structure of the R262L mutant of 7-cyano-7-deazaguanine reductase, QueF from Vibrio cholerae complexed with preQ0

要素

NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta structure / tunneling fold / reductase / cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

preQ1 synthase / preQ1 synthase activity / queuosine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.5009 Å

データ登録者

Kim, Y. / Zhou, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the R262L mutant of 7-cyano-7-deazaguanine reductase, QueF from Vibrio cholerae complexed with preQ0
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID

履歴

登録	2011年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s19.cif.gz	500.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s19.ent.gz	414.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s19.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3s19_validation.pdf.gz	499.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s19_full_validation.pdf.gz	526 KB	表示
XML形式データ	3s19_validation.xml.gz	56 KB	表示
CIF形式データ	3s19_validation.cif.gz	82.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/3s19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/3s19	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3bp1S 3rj4 3rzp 4ghm 4iqi S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rj4-d 4fmd-2 2hs0-d 4fmc-1 3kae-2 3rzp-1 4fmd-3 5xn6-3 6k6l-d 2i91-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP01750

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase

B: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase

C: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase

D: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase

ヘテロ分子

134 kDa, 4 ポリマー
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1

A: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase

B: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase

D: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.326, 71.330, 71.328
Angle α, β, γ (deg.)	109.98, 119.51, 99.50
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 7-cyano-7-carbaguanine reductase / NADPH-dependent nitrile oxidoreductase / PreQ(0) reductase 分子量: 33271.285 Da / 分子数: 4 / 変異: R256L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: N16961 / 遺伝子: queF, VC_0902 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q9KTK0, preQ1 synthase
#2: 化合物	ChemComp-PRF / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / 2-アミノ-5-(アミノメチル)-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4(3H)-オン分子量: 179.179 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₉N₅O
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.6 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Citrate pH 5.5, 20 % PEG3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月10日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 155040 / Num. obs: 155040 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 13.32 Å² / R_sym value: 0.03 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique all: 4801 / R_sym value: 0.11 / % possible all: 57.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_725)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BP1

3bp1

解像度: 1.5009→30.979 Å / SU ML: 0.35 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.176	7763	5.01 %	random
R_work	0.152	-	-	-
all	0.153	155035	-	-
obs	0.153	155035	92.35 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.967 Å² / k_sol: 0.373 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.064 Å²	-1.3741 Å²	1.4786 Å²
2-	-	-2.0978 Å²	-3.1062 Å²
3-	-	-	3.1618 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5009→30.979 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8342	0	76	1192	9610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10055
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.443	13889
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.819	3810
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.105	1460
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1930

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.5009-1.518	0.2143	138	0.1831	2964	3112	54
1.518-1.5358	0.1955	159	0.1985	3221	3380	62
1.5358-1.5546	0.2178	183	0.1907	3696	3879	68
1.5546-1.5742	0.2376	210	0.1835	4107	4317	78
1.5742-1.595	0.2056	264	0.1599	4948	5212	93
1.595-1.6168	0.192	259	0.1657	5046	5305	95
1.6168-1.6399	0.1691	258	0.1665	5037	5295	95
1.6399-1.6644	0.2114	284	0.1575	5061	5345	96
1.6644-1.6904	0.1827	267	0.1555	5076	5343	96
1.6904-1.7181	0.1791	270	0.1569	5068	5338	96
1.7181-1.7477	0.1855	288	0.1422	5143	5431	96
1.7477-1.7795	0.1713	286	0.1403	5114	5400	96
1.7795-1.8137	0.1753	303	0.1466	4988	5291	96
1.8137-1.8507	0.185	295	0.1508	5074	5369	96
1.8507-1.891	0.1814	275	0.1555	5174	5449	96
1.891-1.935	0.1818	277	0.1448	5164	5441	97
1.935-1.9833	0.1618	276	0.1419	5180	5456	97
1.9833-2.037	0.188	276	0.1485	5093	5469	97
2.037-2.0969	0.1915	259	0.1549	5220	5479	97
2.0969-2.1645	0.1792	233	0.1537	5159	5392	97
2.1645-2.2419	0.1813	281	0.1518	5130	5411	97
2.2419-2.3316	0.173	273	0.151	5165	5438	98
2.3316-2.4377	0.1798	294	0.1488	5213	5507	98
2.4377-2.5662	0.1833	271	0.1618	5230	5501	98
2.5662-2.7268	0.1785	240	0.1551	5213	5453	98
2.7268-2.9372	0.1845	287	0.1589	5174	5461	98
2.9372-3.2325	0.1926	258	0.1552	5289	5547	98
3.2325-3.6996	0.1575	268	0.1351	5221	5489	99
3.6996-4.6586	0.135	259	0.1277	5203	5462	98
4.6586-30.9856	0.1793	272	0.1696	4901	5173	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7541	0.0275	-0.2682	2.7059	2.5217	3.8058	-0.1059	0.0543	-0.0786	-0.0766	-0.2464	0.3556	-0.0463	-0.4489	0.145	0.1316	-0.0365	0.0214	0.1437	-0.0063	0.1358	-22.9464	-31.7696	10.1265
2	0.5902	0.0377	-0.0771	0.7112	0.2709	1.0451	0.0371	0.0271	-0.1813	-0.0561	-0.0483	-0.0533	0.104	-0.1131	0.021	0.1166	-0.0175	0.0062	0.077	0.0181	0.1125	-12.59	-30.9695	6.3977
3	0.3248	0.191	-0.2091	0.7465	0.255	0.654	-0.043	-0.0044	-0.093	0.1164	0.0059	-0.0174	0.1495	0.0263	0.0265	0.1131	0.0061	0.0041	0.0876	0.0239	0.0816	-10.3465	-24.9342	13.8302
4	1.2693	0.2371	0.5984	0.4878	-0.0542	1.4072	-0.0938	0.1306	-0.0838	-0.1445	0.046	0.0033	0.0314	0.0699	0.0393	0.1813	-0.0141	0.0058	0.1246	-0.0191	0.1089	-11.4051	-24.0089	-19.8317
5	0.3878	0.1642	0.2868	0.4434	-0.3037	0.695	0.0114	0.1799	-0.1904	-0.1109	-0.0449	0.051	0.1457	-0.0963	-0.0022	0.132	-0.0181	0.0087	0.1344	-0.0463	0.1233	-12.938	-31.5882	-15.8691
6	0.8322	-0.731	0.1454	2.0395	0.39	1.2515	-0.0582	0.0246	-0.0428	0.0724	0.0667	-0.0095	0.1624	-0.0264	0.0435	0.0868	-0.0092	0.0117	0.0843	0.0018	0.0984	-10.5249	-28.6831	-11.8377
7	0.4965	-0.039	0.1006	1.2252	-0.1954	1.8718	0.0075	0.0605	-0.1253	-0.0843	-0.0432	0.1038	0.1669	-0.0499	0.0094	0.1164	-0.0263	0.0037	0.1131	-0.02	0.1103	-15.2972	-34.0566	-14.2787
8	0.4633	-0.3529	-0.0074	1.6424	0.7265	0.8597	-0.0242	0.0182	-0.0856	0.0586	0.0203	-0.1053	0.0902	0.0492	0.006	0.1036	0.0031	0.013	0.0938	0.0002	0.0945	-7.3323	-29.1828	-4.178
9	0.6487	-0.1583	-0.0294	0.7204	0.1762	0.5715	0.0184	0.031	0.0533	-0.0715	-0.0455	0.077	-0.0436	-0.1005	0.0308	0.063	0.0059	-0.0139	0.0826	0.0026	0.0611	-19.9108	-2.4252	-7.5863
10	0.4302	0.1411	0.0811	0.5767	0.3616	0.6847	0.0143	-0.0817	0.0181	0.0251	-0.0302	0.0473	-0.041	-0.0233	0.0089	0.06	-0.0103	-0.0023	0.0615	0.0062	0.0376	-12.7456	1.3947	14.0318
11	0.6671	-0.2025	-0.0793	0.8163	0.0617	0.5843	0.0242	0.0978	0.0157	-0.1744	-0.0208	-0.084	-0.0143	-0.0027	0.0202	0.0915	0.0018	0.0069	0.0583	0.0208	0.041	8.5158	11.1805	-18.4163
12	0.3818	-0.0389	-0.0976	0.4262	0.1284	0.3642	0.007	0.0345	0.0056	-0.0476	-0.0184	-0.012	-0.0628	-0.0191	0.0062	0.079	0.0007	0.0018	0.0753	0.0068	0.0755	6.867	11.2939	-8.987
13	0.3909	-0.0508	-0.0945	1.0202	0.1231	0.3223	-0.0037	0.0235	-0.0558	-0.0935	-0.0138	-0.0521	-0.0047	0.0339	0.0235	0.0667	0.0052	-0.0059	0.0625	0.0101	0.0843	15.209	-3.8299	-9.8601
14	1.1546	-0.8482	-0.229	2.6879	0.5828	0.7122	0.1438	0.0489	0.2121	-0.3064	-0.0223	-0.1857	-0.1154	0.0983	-0.0047	0.0947	-0.0253	0.0241	0.1171	-0.0097	0.1907	32.0125	24.3124	4.7896
15	0.8074	-0.3403	-0.1301	1.132	0.1347	0.574	0.0519	-0.0943	0.1472	0.0798	-0.0543	-0.1051	-0.1312	0.0027	-0.0828	0.0873	-0.0098	-0.0199	0.1063	-0.0152	0.1181	24.312	19.5505	10.778
16	0.5255	-0.0729	-0.1434	1.1252	0.5098	0.2936	0.0048	-0.0715	0.072	0.0664	0.0634	-0.125	0.0131	0.0716	-0.0565	0.0684	0.0071	-0.0176	0.1232	-0.0143	0.1077	29.4339	12.0046	8.6917
17	1.5813	0.2554	0.4601	0.0632	0.0649	0.3404	-0.0067	-0.2098	0.054	0.0792	-0.0018	0.0546	-0.0481	0.0025	-0.0366	0.1198	0.0019	-0.0084	0.1314	0.0105	0.095	17.7146	9.3918	13.1832
18	0.9525	-0.3229	0.0795	1.2786	-0.6067	0.918	0.0117	-0.0719	0.1407	0.0454	0.034	0.1997	-0.1065	-0.0531	-0.0692	0.1224	0.0138	-0.0036	0.1018	-0.0175	0.1689	1.0761	32.0359	4.9481
19	1.0877	0.0615	0.168	0.5479	-0.358	0.2739	0.036	0.012	0.1828	0.0093	-0.0305	-0.034	-0.1527	0.0012	0.0042	0.1177	-0.0004	0.0176	0.08	0.0002	0.1381	10.417	34.4658	5.8467
20	0.4943	-0.1944	-0.1445	0.7751	0.4954	1.145	0.0105	-0.0742	0.1143	0.1099	0.0592	-0.0412	-0.028	0.0527	-0.0278	0.0973	-0.0045	0.0132	0.1048	-0.0178	0.0945	7.4412	30.5011	10.4844
21	1.2627	-0.5436	0.4976	1.2713	0.208	0.8673	-0.0071	-0.0284	0.1937	-0.0525	0.0067	-0.1021	-0.1848	0.0416	-0.0011	0.1131	-0.0085	0.016	0.0879	-0.0035	0.1569	11.169	37.2473	8.431
22	0.8841	-0.6696	-0.5728	1.9825	1.4079	2.0763	0.0612	-0.0722	0.1044	0.0549	0.0471	-0.1516	-0.0574	0.0612	-0.0825	0.0838	-0.0021	0.0066	0.0902	-0.0091	0.0948	14.176	26.6884	11.0872
23	0.3878	0.5842	0.5098	1.2551	0.6308	0.7206	0.0635	-0.2079	0.0406	0.27	-0.1147	0.1022	0.1552	-0.1083	0.0017	0.1447	0.004	0.0121	0.1702	-0.0139	0.1133	10.7491	20.5143	15.2296

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 27:47)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 48:75)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 76:147)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 148:167)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 168:198)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 199:212)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 213:248)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 249:287)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 29:147)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 148:287)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq 29:75)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resseq 76:167)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resseq 168:287)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resseq 27:48)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resseq 49:75)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resseq 76:128)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resseq 129:147)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resseq 148:167)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resseq 168:199)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resseq 200:212)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resseq 213:248)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resseq 249:272)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resseq 273:287)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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