ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CrystalClearデータ収集 PHASER位相決定 REFMAC5.5.0110精密化 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 3S0L解像度 : 2.2→35.3 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.959 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.941 / SU B : 11.702 / SU ML : 0.141 / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 0.247 / ESU R Free : 0.195 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2229 1319 5.1 % RANDOM Rwork 0.17652 - - - obs 0.17896 24713 98.12 % - all - 26032 - -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 37.726 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.08 Å2 0.04 Å2 0 Å2 2- - 0.08 Å2 0 Å2 3- - - -0.12 Å2
Refine analyze Luzzati coordinate error obs : 0.2435 Å / Luzzati d res low obs : 27.72 Å精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.2→35.3 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 3588 0 18 138 3744
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 33) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.011 0.022 3692 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_dX-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.325 1.954 4984 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.542 5 446 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg28.95 23.444 180 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg16.153 15 600 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg16.449 15 20 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.096 0.2 510 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.005 0.021 2866 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_otherX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.575 1.5 2218 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.118 2 3558 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it1.832 3 1474 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it2.967 4.5 1426 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restrX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_freeX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded
LS精密化 シェル 解像度 : 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.281 93 - Rwork 0.218 1813 - obs - - 97.84 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.8661 0.4688 -0.3165 1.5796 0.1466 0.6365 -0.0555 0.1377 -0.136 -0.0521 0.0662 -0.0895 0.0256 0.0603 -0.0108 0.038 0.0025 0.0091 0.0854 -0.0106 0.0308 23.4473 -4.0219 21.1447 2 1.3499 -0.2932 0.1587 1.3212 0.2257 1.5679 0.0472 -0.1442 -0.0113 0.0371 -0.0751 0.1069 -0.0196 -0.1036 0.0279 0.0412 -0.0238 -0.0024 0.0953 -0.0057 0.0119 19.9896 16.8204 54.0495
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A4 - 227 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B4 - 227