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万見
- PDB-3s03: The crystal structure of the periplasmic domain of Helicobacter p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s03
タイトルThe crystal structure of the periplasmic domain of Helicobacter pylori MotB (residues 97-256, P43).
要素Motility protein B
キーワードMOTOR PROTEIN / peptidoglycan binding / flagellar rotation / chemotaxis / bacterial flagellar motor / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum stator complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / chemotaxis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Motility protein B-like, N-terminal domain / Membrane MotB of proton-channel complex MotA/MotB / OmpA-like domain / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Motility protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Roujeinikova, A.R.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Role of the MotB linker in the assembly and activation of the bacterial flagellar motor.
著者: O'Neill, J. / Xie, M. / Hijnen, M. / Roujeinikova, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Cloning, purification and crystallization of MotB, a stator component of the proton-driven bacterial flagellar motor.
著者: O'Neill, J. / Roujeinikova, A.
履歴
登録2011年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Motility protein B
B: Motility protein B
C: Motility protein B
D: Motility protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,17811
ポリマ－75,5064
非ポリマー6727
水2,612145
1
A: Motility protein B
D: Motility protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9454
ポリマ－37,7532
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area15210 Å2
手法PISA
2
B: Motility protein B
C: Motility protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2337
ポリマ－37,7532
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area15100 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11260 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area25340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.669, 71.669, 126.236
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質
Motility protein B / Chemotaxis protein MotB


分子量: 18876.377 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN (UNP Residues 98-257) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP_0816, motB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P56427
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100 mM citric acid pH 5.0, 0.8 M Ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→71.67 Å / Num. all: 18607 / Num. obs: 18607 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.5-2.643.40.3192.4955628160.31987.7
2.64-2.83.40.2443.1906226380.24487.2
2.8-2.993.40.1864836224470.18686.5
2.99-3.233.50.1484.7796122830.14886.5
3.23-3.543.50.1275.2723820560.12785.1
3.54-3.953.50.1146659118600.11484.4
3.95-4.563.60.1066.1574616010.10682.8
4.56-5.593.70.0887.5496113560.08882.1
5.59-7.913.70.0778.3382210250.07780.3
7.91-71.6113.80.069.919725250.0674.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.1データスケーリング
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→71.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 24.386 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.395 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2843 981 5.3 %RANDOM
Rwork0.2251 ---
obs0.2281 18571 84.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.46 Å2 / Biso mean: 50.13 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.37 Å20 Å20 Å2
2--1.37 Å20 Å2
3----2.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→71.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4484 0 35 145 4664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1751.9656215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5935556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.88124.825228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.63715817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3851529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.5051.52814
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.40724563
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.16631779
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.8014.51652
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 90 -
Rwork0.38 1327 -
all-1417 -
obs--86.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3294-0.03410.05080.25160.07860.0395-0.02110.0386-0.01970.06390.00220.0399-0.00170.01040.0190.14190.0034-0.0070.15130.02850.034110.6770.738-8.96
20.23580.03360.01360.56950.34690.32780.01610.0188-0.05980.015-0.014-0.0274-0.01130.0359-0.0020.12750.0107-0.00750.14810.01070.034821.207-9.741-6.41
30.59630.0177-0.01421.1929-0.4080.1457-0.0669-0.08030.11710.08420.0627-0.0767-0.0009-0.01650.00430.14920.0091-0.07340.0994-0.02810.052331.30825.1228.563
40.8278-0.00240.10610.61150.1450.0575-0.0298-0.00110.01690.0680.0465-0.1301-0.0149-0.0146-0.01670.18830.0049-0.0770.11090.00170.050442.87115.1978.903
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A106 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2B106 - 251
3X-RAY DIFFRACTION3C106 - 251
4X-RAY DIFFRACTION4D103 - 251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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