ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB SCALA3.3.1データスケーリング Show REFMAC5.5.0072精密化 Show PDB_EXTRACT3.1 データ抽出 Show MOSFLMデータ削減 PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 2.5→65.65 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.94 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.892 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.5 / SU B : 15.099 / SU ML : 0.153 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.305 / ESU R Free : 0.245 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLYRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2408 851 5.1 % RANDOM Rwork 0.181 - - - obs 0.184 15909 99.85 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 56.32 Å2 / Biso mean : 24.237 Å2 / Biso min : 2.67 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.74 Å2 0.37 Å2 0 Å2 2- - 0.74 Å2 0 Å2 3- - - -1.11 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.5→65.65 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2358 0 0 153 2511
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.015 0.022 2428 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.505 1.957 3289 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.588 5 297 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg36.666 24.919 124 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg18.452 15 440 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg22.451 15 16 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.107 0.2 370 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.007 0.021 1852 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.826 1.5 1487 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.677 2 2427 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.584 3 941 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it4.492 4.5 862
LS精密化 シェル 解像度 : 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.253 64 - Rwork 0.214 1118 - all - 1182 - obs - - 100 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.5208 -0.1171 -0.2341 0.0884 -0.0805 0.3976 0.0224 0.0008 -0.0217 -0.0001 0.0055 0.022 -0.0282 -0.033 -0.0279 0.0351 -0.0035 -0.0006 0.0491 -0.0047 0.0296 42.492 -19.713 5.573 2 0.5467 -0.2365 0.4372 0.1944 -0.1643 0.6737 -0.0019 0.0132 -0.0431 -0.0106 0.0096 0.0314 -0.0261 -0.0619 -0.0077 0.0252 -0.0055 0.0127 0.0357 -0.0012 0.0279 43.614 -20.588 -9.144
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A107 - 251 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B107 - 252