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- PDB-3rzp: Crystal Structure of the C194A mutant of 7-cyano-7-deazaguanine r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rzp
タイトルCrystal Structure of the C194A mutant of 7-cyano-7-deazaguanine reductase, QueF from Vibrio cholerae complexed with preQ1
要素NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta structure / tunneling fold / reductase / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


preQ1 synthase / preQ1 synthase activity / queuosine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, QueF type 2 / NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal / Nitrile reductase, 7-cyano-7-deazaguanine-reductase N-term / NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase QueF / QueF-like protein / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kim, Y. / Zhou, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the C194A mutant of 7-cyano-7-deazaguanine reductase, QueF from Vibrio cholerae complexed with preQ1
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID
履歴
登録2011年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
B: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
C: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
D: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,03410
ポリマ－133,1334
非ポリマー9016
水8,467470
1
A: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
B: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0175
ポリマ－66,5672
非ポリマー4503
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area19480 Å2
手法PISA
2
C: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
D: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0175
ポリマ－66,5672
非ポリマー4503
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area19870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.316, 71.192, 71.463
Angle α, β, γ (deg.)110.43, 119.22, 99.33
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 7-cyano-7-carbaguanine reductase / NADPH-dependent nitrile oxidoreductase / PreQ(0) reductase


分子量: 33283.262 Da / 分子数: 4 / 変異: C194A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: N16961 / 遺伝子: queF, VC_0902 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q9KTK0, preQ1 synthase
#2: 化合物
ChemComp-PRF / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / 2-アミノ-5-(アミノメチル)-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4(3H)-オン


分子量: 179.179 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5O
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.6 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 68972 / Num. obs: 68972 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 32.69 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3394 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_725)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BP1

3bp1


解像度: 2→35.024 Å / SU ML: 0.51 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 3446 5.07 %random
Rwork0.171 ---
all0.174 67907 --
obs0.174 67907 95.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.782 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4282 Å2-6.8809 Å23.7935 Å2
2---5.7593 Å20.3931 Å2
3---10.1875 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.024 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8230 0 64 470 8764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078710
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21711872
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7263225
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0981270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051589
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2-2.02740.33981500.27282440259091
2.0274-2.05640.29581350.25212556269194
2.0564-2.0870.32341340.24312603273796
2.087-2.11970.30131230.22522620274396
2.1197-2.15440.26391410.21512628276997
2.1544-2.19150.27351280.20792569269797
2.1915-2.23140.28061500.20252626277697
2.2314-2.27430.27511270.19042591271897
2.2743-2.32070.23871380.18732658279697
2.3207-2.37120.25671370.17962629276697
2.3712-2.42630.28131490.1832548279797
2.4263-2.4870.22351420.18232666280897
2.487-2.55420.25551540.17382640279498
2.5542-2.62930.26281440.18862568271297
2.6293-2.71420.27391360.18312675281197
2.7142-2.81110.26241230.18132577270097
2.8111-2.92360.24391410.17822615275697
2.9236-3.05660.21871430.1822594273797
3.0566-3.21770.23631340.16892629276396
3.2177-3.41910.21721390.15612596273596
3.4191-3.68280.20681160.15472543265994
3.6828-4.0530.18331510.14412488263993
4.053-4.63830.15831330.13412427256090
4.6383-5.83940.16571460.14952511265794
5.8394-35.02950.19821320.1752464259691
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5459-1.2385-0.83214.73641.78612.40320.22560.01130.7043-0.49280.1174-0.4806-0.38250.2079-0.28770.2835-0.07140.01850.3353-0.00510.395531.835825.70476.0322
22.4357-1.3198-0.49073.37171.38441.62640.078-0.2390.30420.0175-0.0545-0.1944-0.2690.1378-0.06920.326-0.0775-0.03150.34680.01170.252524.015417.80110.3933
31.5326-0.08710.19361.62550.21020.668-0.0196-0.2510.14650.13170.00030.0193-0.066-0.041-0.01240.2223-0.00030.00650.2864-0.01940.193820.544416.40898.1105
40.73710.13820.89622.09430.3891.1081-0.0361-0.19430.4620.17270.13810.1083-0.2934-0.0248-0.10370.39950.03750.03710.3735-0.06030.57035.649536.22639.0708
51.4321-0.27590.13772.19030.4821.65960.007-0.14850.33480.1193-0.0356-0.0894-0.1652-0.00990.01770.25960.018-0.01370.3043-0.03840.374611.401830.42559.9373
62.5193-2.2515-1.18227.69291.84631.93170.26160.0460.2873-0.8125-0.0262-0.836-0.2318-0.0706-0.12790.3871-0.0383-0.02740.33950.07510.208812.25714.4268-22.7816
71.3931-0.8585-0.4435.04441.35581.2624-0.07550.1027-0.0033-0.27740.08630.0184-0.0165-0.04990.01650.309-0.021-0.0310.31450.0410.28875.825911.7603-13.942
80.8052-0.0455-0.94632.13650.67811.4253-0.02110.03850.2085-0.26090.00310.2796-0.1725-0.0735-0.04770.31820.0176-0.06030.28080.03890.2826.22219.6369-13.7375
92.0309-0.8946-2.39863.46752.93725.53360.1090.49730.1289-0.305-0.08940.4089-0.3012-0.83470.01140.35250.0633-0.09350.43580.08840.3841-0.994119.6948-17.1336
100.6580.15530.75210.65060.35864.5559-0.0468-0.00330.14550.1492-0.17610.13470.4346-0.59060.19130.2937-0.0232-0.02430.3805-0.010.3973-1.202514.182-8.0764
112.2448-1.713-1.25851.9440.75670.9424-0.0742-0.0378-0.25850.22960.07930.04910.07680.10510.10590.3454-0.01870.00940.3049-0.03850.448514.5755-3.79863.0567
122.3365-0.2562-0.48741.82710.46311.5023-0.25290.3467-0.4389-0.07360.106-0.33050.31480.0350.14070.31150.03090.03750.27760.0210.394620.4125-12.7621-8.644
130.1699-0.22710.18750.43-0.12190.6834-0.10370.1258-0.0066-0.5706-0.0965-0.3537-0.31980.04370.11430.3316-0.00770.03350.26770.01950.354418.23330.1732-7.6268
141.103-0.7910.57732.4223-0.50231.1218-0.08170.2005-0.0971-0.3630.0702-0.34540.13160.03220.04680.30010.01460.04460.32020.00640.292119.2663-6.2073-12.0245
150.9469-0.22330.23622.84981.39441.4822-0.1312-0.1106-0.04240.2678-0.09540.17960.1735-0.14970.24740.2567-0.01190.01630.30310.01880.26348.51011.1215-7.8947
161.58330.85761.23114.49294.41568.02330.0342-0.08720.0508-0.0188-0.49680.47880.2178-0.53460.30250.27640.0532-0.07030.30310.01760.4246-29.19120.3175-2.7942
170.39630.37530.11991.33680.91832.34820.1750.04790.09380.0538-0.0824-0.01550.0165-0.1631-0.0010.30560.01390.0040.29330.03740.3239-18.25982.1897-0.7212
180.7912-0.0991-0.47670.99071.00721.2187-0.19620.101-0.0651-0.4024-0.01220.2446-0.0416-0.02840.12940.3262-0.014-0.06880.2760.03130.2394-21.4318-7.2648-11.2699
194.5287-3.1605-2.15375.27612.86943.27520.21410.75650.1068-0.6302-0.19810.1138-0.4738-0.20380.10610.39730.0052-0.07870.40330.0620.2579-21.011-0.8985-15.817
201.7604-1.15210.28172.4033-0.21190.32720.11620.10510.328-0.46980.1098-0.5003-0.03370.1079-0.18210.3445-0.03030.01920.3857-0.00340.3458-8.6889-4.8352-9.3426
212.1268-0.1078-0.29461.25980.73673.11610.0836-0.24580.16220.12460.08630.1690.08870.0836-0.09910.3371-0.0595-0.00430.3588-0.04040.3444-9.1464-4.174621.0006
222.2446-0.3509-0.52310.38710.00120.6429-0.0343-0.23760.23140.018-0.00070.2851-0.126-0.0019-0.12550.3124-0.05520.03760.3647-0.04450.312-11.87831.870718.3487
231.30710.91110.65521.50070.67031.49590.0371-0.220.26360.1104-0.01360.2034-0.079-0.0647-0.04930.25060.01490.01940.3151-0.00330.2883-14.193.341816.1295
240.5433-0.323-0.01544.03781.85641.77490.05830.0040.1951-0.0940.1215-0.5141-0.07680.1749-0.18370.2586-0.00170.02980.29730.03050.2796-10.42680.81064.7613
252.12690.8018-0.16644.45813.5157.5056-0.16810.0572-0.13740.2084-0.38270.64720.538-0.88410.58890.2918-0.04890.02720.33630.01210.4113-22.3786-32.65679.1129
260.9611-0.3944-0.60672.341.0313.3615-0.06390.0451-0.218-0.0279-0.12410.14240.2263-0.05990.10260.2629-0.0066-0.02520.26330.04110.3183-11.4364-27.85338.1448
270.88320.3333-0.34092.04790.68112.1519-0.0682-0.0307-0.15530.1724-0.01030.03010.20110.14730.03490.30840.01890.00960.29610.05830.2379-13.341-25.914415.0456
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291.96080.44880.88761.98250.14842.1728-0.10620.30130.2204-0.7080.05030.12220.12270.07940.03570.5882-0.02640.05250.4046-0.02860.3183-12.3879-23.664-19.6994
303.130.38391.01252.8804-0.35421.20750.06610.4447-0.3295-0.4352-0.0043-0.18910.20240.08030.00690.4618-0.01660.07120.372-0.02440.3528-10.8859-31.3341-18.4804
311.4442-0.2048-0.04172.11440.26132.2503-0.00370.1658-0.284-0.39380.01170.02630.3268-0.0449-0.01830.4467-0.06420.02330.3028-0.01540.2659-13.9716-32.3109-14.13
321.77130.0781-0.19593.049-0.08432.544-0.00520.0247-0.1368-0.1066-0.0267-0.39180.19840.22180.02330.30640.00970.0090.32940.01660.2266-7.2385-28.0896-4.1055
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 29:48)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 49:75)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 76:167)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 168:200)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 201:287)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 29:47)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 48:75)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 76:112)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 113:128)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 129:142)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 143:162)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 163:187)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 188:212)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 213:248)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 249:287)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resseq 29:47)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resseq 48:70)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resseq 71:112)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resseq 113:128)
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resseq 129:147)
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resseq 148:167)
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resseq 168:200)
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resseq 201:248)
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resseq 249:287)
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resseq 27:48)
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resseq 49:75)
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resseq 76:128)
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resseq 129:147)
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resseq 148:167)
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resseq 168:200)
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resseq 201:248)
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resseq 249:287)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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