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- PDB-3ryk: 1.63 Angstrom resolution crystal structure of dTDP-4-dehydrorhamn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ryk
タイトル1.63 Angstrom resolution crystal structure of dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase (rfbC) from Bacillus anthracis str. Ames with TDP and PPi bound
要素dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
キーワードISOMERASE / dTDP-4-dehydrorhamnose 3 / 5-epimerase / rhamnose pathway / structural genomics / infectious diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / jelly roll-like topology / The enzyme epimerizes at two carbon centers / the 3 and 5 positions of the sugar ring
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE 2- / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis str. Ames (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.631 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Kuhn, M. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Structure of the Bacillus anthracis dTDP-L-rhamnose-biosynthetic enzyme dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase (RfbC).
著者: Shornikov, A. / Tran, H. / Macias, J. / Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Anderson, W.F. / Kuhn, M.L.
履歴
登録2011年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02017年6月21日Group: Advisory / Atomic model / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_distant_solvent_atoms / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.22017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 2.32018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
B: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4814
ポリマ－46,9032
非ポリマー5782
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.652, 86.652, 45.101
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質 dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase


分子量: 23451.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. Ames (炭疽菌)
株: Bacillus anthracis str. Ames / 遺伝子: BAS1136, BA_1229, GBAA_1229, rfbC / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/Magic
参照: UniProt: Q81TP1, UniProt: A0A6L7H6N0*PLUS, dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
#2: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#3: 化合物 ChemComp-TYD / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / TDP


分子量: 402.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O11P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Protein: 7.5 mg/mL in 10 mM Tris/HCl pH 8.3, 0.5 M NaCl, 5 mM BME. Crystallization condition: The JCSG+ suite (condition A3(#3): 0.2 M di-Ammonium citrate pH 5.0, 20 % w/v PEG3350). ...詳細: Protein: 7.5 mg/mL in 10 mM Tris/HCl pH 8.3, 0.5 M NaCl, 5 mM BME. Crystallization condition: The JCSG+ suite (condition A3(#3): 0.2 M di-Ammonium citrate pH 5.0, 20 % w/v PEG3350). Crystallized at 1:1 v/v ratio. Cryo: soak in The JCSG+ A3. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月17日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si(111) Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.303
11-H, H+K, -L20.298
11K, H, -L30.199
11-h,-k,l40.2
反射解像度: 1.63→30 Å / Num. all: 47039 / Num. obs: 47039 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 26.53
反射 シェル解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / Num. unique all: 2273 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DZR

1dzr


解像度: 1.631→28.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 5.946 / SU ML: 0.073 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.015 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16006 2425 5.2 %RANDOM
Rwork0.12299 ---
obs0.12476 44611 99.75 %-
all-44611 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.231 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.55 Å2-0 Å20 Å2
2---19.55 Å2-0 Å2
3---39.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.631→28.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2814 0 34 266 3114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223001
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022024
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8521.9684091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9834952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.4275364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.87924.074135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg5.83115515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.3751514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2481.51796
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4721.5716
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.89722934
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.09331205
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4414.51157
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.25235025
LS精密化 シェル解像度: 1.631→1.674 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 201 -
Rwork0.153 3149 -
obs-3149 96.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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