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万見
- PDB-3ry9: Crystal Structure of the Resurrected Ancestral Glucocorticoid Rec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ry9
タイトルCrystal Structure of the Resurrected Ancestral Glucocorticoid Receptor 1 in complex with DOC
要素Ancestral Glucocorticoid Receptor 1
キーワードSTEROID BINDING PROTEIN / resurrected protein / steroid receptor / nuclear receptor / common ancestor / evolution
機能・相同性Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / DESOXYCORTICOSTERONE
機能・相同性情報
生物種artificial gene (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Ortlund, E.A.
引用ジャーナル: PLoS Genet / 年: 2011
タイトル: Mechanisms for the evolution of a derived function in the ancestral glucocorticoid receptor.
著者: Carroll, S.M. / Ortlund, E.A. / Thornton, J.W.
履歴
登録2011年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ancestral Glucocorticoid Receptor 1
B: Ancestral Glucocorticoid Receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4637
ポリマ－57,5952
非ポリマー8685
水4,306239
1
A: Ancestral Glucocorticoid Receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2203
ポリマ－28,7981
非ポリマー4232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ancestral Glucocorticoid Receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2434
ポリマ－28,7981
非ポリマー4463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.421, 49.144, 100.369
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ancestral Glucocorticoid Receptor 1 / AncGR1


分子量: 28797.551 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / 遺伝子: resurrected gene / プラスミド: pLIC_MBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-1CA / DESOXYCORTICOSTERONE / 4-PREGNEN-21-OL-3,20-DIONE / DOC / 21-HYDROXYPROGESTERONE / デオキシコルチコステロン


分子量: 330.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O3 / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.17 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.5-2.8 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月8日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→96.674 Å / Num. all: 48182 / Num. obs: 48012 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 29.488 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / % possible all: 78.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Q3Y

2q3y


解像度: 1.95→96.67 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.21607 2432 RANDOM
Rwork0.18123 --
all0.183 45580 -
obs-45420 -
原子変位パラメータBiso max: 105.4 Å2 / Biso mean: 29.4878 Å2 / Biso min: 12.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.132 Å0.284 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→96.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3963 0 61 239 4263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.093

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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