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万見
- PDB-3rwm: Crystal Structure of Ypt32 in Complex with GppNHp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rwm
タイトルCrystal Structure of Ypt32 in Complex with GppNHp
要素GTP-binding protein YPT32/YPT11
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Ypt32 / Rab GTPase / vesicle trafficking / Effectors / Myo2p / GppNHp
機能・相同性
機能・相同性情報


Anchoring of the basal body to the plasma membrane / RAB geranylgeranylation / early endosome to Golgi transport / cellular bud neck / exocytosis / vesicle-mediated transport / recycling endosome / autophagy / protein transport / mitochondrial outer membrane ...Anchoring of the basal body to the plasma membrane / RAB geranylgeranylation / early endosome to Golgi transport / cellular bud neck / exocytosis / vesicle-mediated transport / recycling endosome / autophagy / protein transport / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...: / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / GTP-binding protein YPT32/YPT11
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sultana, A. / Dregger, C. / Jin, Y. / Franklin, E. / Weisman, L.S. / Khan, A.R.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2011
タイトル: The activation cycle of Rab GTPase Ypt32 reveals structural determinants of effector recruitment and GDI binding.
著者: Sultana, A. / Jin, Y. / Dregger, C. / Franklin, E. / Weisman, L.S. / Khan, A.R.
履歴
登録2011年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月9日Group: Database references
改定 1.22011年12月14日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: GTP-binding protein YPT32/YPT11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6724
ポリマ－20,6031
非ポリマー1,0693
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.090, 49.890, 90.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GTP-binding protein YPT32/YPT11 / Rab GTPase YPT32


分子量: 20603.062 Da / 分子数: 1 / 変異: Q72L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YGL210W, YPT11, YPT32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P51996
#2: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 6000, MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月11日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.33 Å / Num. obs: 14958 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 17.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 23.57
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 9.635 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 757 5.1 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.196 14958 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.928 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.28 Å2-0 Å20 Å2
2--1.57 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1415 0 65 192 1672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.262
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.487
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.871
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.367
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.109
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 52 -
Rwork0.254 1039 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0849-0.9314-0.195511.79972.46880.51670.0245-0.02650.01320.0761-0.0242-0.02510.0164-0.0037-0.00030.0878-0.04920.02850.0817-0.03090.0426-5.338718.26428.3309
24.42980.1457-1.3110.6758-0.08281.64860.1082-0.36480.16660.0496-0.194-0.0397-0.26020.32570.08580.059-0.0594-0.0180.1150.01490.03979.66814.641114.861
37.98820.43882.90493.42121.12422.29160.214-0.20630.9172-0.1198-0.252-0.0295-0.44210.35620.0380.2994-0.23990.12340.317-0.11550.287416.177423.7199.7506
46.8921-0.0675-3.60991.6771-0.48184.14380.2277-0.61970.29090.2258-0.1960.2342-0.22220.1705-0.03170.099-0.05090.00880.1031-0.07160.07882.338414.923120.2179
53.99621.817-5.66121.1801-3.864312.73040-0.4858-0.17140.0745-0.182-0.0682-0.25490.49920.18190.0668-0.0548-0.05390.30210.13620.081223.568110.088923.2501
63.68420.2774-3.4270.63160.15363.4669-0.0473-0.4959-0.2375-0.0298-0.1141-0.11740.02250.41990.16140.0236-0.0141-0.01240.13980.09280.068614.34597.828213.8111
73.79641.1298-2.94540.411-0.65047.6057-0.1981-0.6099-0.6379-0.0902-0.1477-0.12680.40170.54640.34580.09720.05990.01310.17940.1730.2118.31111.213614.6627
82.26881.062-1.36184.5954-4.18794.54240.01040.132-0.11230.04390.0510.0217-0.12270.0348-0.06140.022-0.01540.00640.06280.01050.038411.37110.30833.2095
94.14472.6076-5.63264.1493-3.43818.6037-0.62370.2639-0.7412-0.44060.0338-0.28750.8629-0.08730.58990.1176-0.04160.06850.1431-0.13050.387512.60130.27460.722
102.5583-0.0639-0.70230.297-0.06541.3929-0.1110.0096-0.1413-0.0972-0.05820.05860.0748-0.06510.16930.06170.00460.00050.0411-0.00570.07082.81489.20668.5922
1112.436111.47020.260910.79870.68951.1236-0.20710.64360.3171-0.33290.38630.1981-0.4207-0.2858-0.17920.18010.07710.03380.2730.10030.0731-9.864-1.451221.6054
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B6 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2B12 - 35
3X-RAY DIFFRACTION3B36 - 47
4X-RAY DIFFRACTION4B48 - 70
5X-RAY DIFFRACTION5B71 - 81
6X-RAY DIFFRACTION6B82 - 97
7X-RAY DIFFRACTION7B98 - 119
8X-RAY DIFFRACTION8B120 - 131
9X-RAY DIFFRACTION9B132 - 149
10X-RAY DIFFRACTION10B150 - 175
11X-RAY DIFFRACTION11B176 - 184

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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